没多久，桓修就要还镇，刘裕在这段时间内已经桓玄的底细摸的差不多了。桓玄有大抱负，无大胸襟，狂妄自大，不信任臣下，事无巨细皆由已出。而且桓玄喜欢自作聪明，臣下有事上奏，但凡奏中有错字病句，桓玄都亲自指摘，然后严惩相关人员，以示自己圣明神算。当然这些都不算是大毛病，还有桓玄治下疏于法治，有功未必赏，有过未必罚，全看自己的心情。比纪纲不治更加严重的是桓玄初登大宝，便大兴土木，建造宫殿，大肆刮地皮，弄的百姓苦不堪言。官吏与百姓皆受够了桓玄的窝囊气，上下离心，这也是桓玄最终失败的主要原因之一。

　　刘裕没有与桓修同还，而是借口金疮复发骑不得马，坐船与何无忌同还，行间二人密谋起义事宜。回到京口之后，刘裕暗中结交四方豪杰，准备向桓修下手。刘裕这几年战功显赫，在江湖上传遍了大名，所以各路豪杰均以刘裕为马首。
　　彭城人刘毅与青州主簿孟昶素有大志，也都不稀罕桓玄，都想乱中取事，谋得大富贵。刘毅与何无忌是朋友，便来找何无忌议事，何无忌还没摸清刘毅的底牌，先试探性的问：“桓玄拥甲数十万，岂能轻易战胜？”刘毅抉然道：“桓玄无道残民，海内沸然，纵其百万，犹不足惧！只是需要一个英雄带头发难才可成大事。”
　　何无忌想让刘裕出头，再探刘毅的口风：“英雄者，当有气吞八荒，胸怀今古者可称之。英雄非在貂蝉之列，草野之中亦有英雄。”刘毅豁然起身道：“熙熙攘攘间，吾独许一人为英雄。下邳太守刘裕，武功殊绝，韬略纵横，方今豪杰，谁不闻他英名？要灭桓玄，非刘裕不可。”何无忌大笑，但没有说破，回来告诉刘裕。刘裕在满足了自己的虚荣心后，联系刘毅，共同谋划于密室。

　　视刘裕为英雄的并不只有刘毅，还有青州主簿孟昶，孟昶在桓玄那里没有混出个模样，怀恨来到京口见刘裕，谋成大业。刘裕喜欢让人拍他的马屁，故意问孟昶：“京口龙蟠虎距之地，已有英雄乘势起于此地，公听说过这事没有？”孟昶笑：“将军何必问我，江东英雄，非将军而谁？” 众人一拍即合，结为义党。
　　根据《宋书》的记载，相约起义者，不算刘裕，主要人物共27人，计有：何无忌、刘毅、弟刘道怜、魏咏之、魏欣之、魏顺之、檀凭之、檀韶、檀袛、檀隆、檀道济、檀范之、刘藩、孟昶、孟怀玉、向弥、管义之、周安穆、刘蔚、刘珪之、臧熹、臧宝符、臧穆生、童茂宗、周道民、田演、范清，并义士数百人，而其中最有名的当属后来的宋室长城檀道济。

　　有件趣事说来甚是好笑，刘裕先让何无忌密草讨桓玄檄，何无忌出于谨慎，在晚上躲到屏风后面去写檄文。何无忌以为这样万无一失，可他没想到他的母亲，也就是刘牢之的姐姐，觉得儿子近来做来鬼鬼祟祟，心中起疑，便爬上房外的大榆树，朝里偷看。可能何无忌背对着窗户写，而且何母的眼力甚好，能看清数米外儿子写的字，知道了儿子的心思。激动的跳下树闯进屋去，差点没把何无忌吓死。

　　何母边哭边说：“汝舅为桓玄所害，苦无人报仇，儿今日能灭桓玄。我复何恨！”何母到底是见过大世面的，便问儿子与他同谋的还有谁？她好给儿子参谋参谋。何无忌惊魂未定的答道：“是下邳太守刘裕。”看来刘裕的大名确实不是吹出来的，何母一听是刘裕，大喜过望，她知道刘裕的本事。
　　一切准备就绪……

日期：2007-11-10　18:15:03

　　六
　　晋元兴三年（公元404年）二月，刘裕借口打猎，把弟兄们光明正大的召集了起来，然后何无忌穿着传诏服，扬言有大楚皇帝诏来，走在最前面，等到进了将军府，何无忌大喝动手，数百人亮刃狂刺府吏，人多惊散。还没等桓修弄清楚怎么回事，人头就已经落地。说来桓修对刘裕很不错，刘裕到底还念旧情，大哭一场，收尸厚葬。
　　当然不排除刘裕做秀的可能，反正桓修已经死了，顺手还能捞个美名。如果桓修提前有警觉，两军对垒间，刘裕就不太可能念什么旧情。所谓感情，在权力的诱惑面前，基本上没有什么抵抗力。
　　没多久，城中闻变，抚军司马刁弘带着本部来城下看情况。刘裕刚起事，势力尚弱，不便与刁弘血拼，便登城边吓唬带煽动：“江州刺史郭昶之已经迎还主上，刘裕身受密诏，显诛逆贼。贼首桓玄已经授首大航，大晋已经重兴。公等世食司马之禄，忍与晋为敌乎？”刁弘本也和桓玄不是一条船的人，信以为真，退了回去，没多久就被刘裕命令刘毅给灭了。

　　京口是军事重镇，刘裕初得京口，主要负责军事，事务繁忙，所以刘裕急需一个帮手，便问何无忌：“城中事多，需一个干练能员做主簿，你推荐一个吧。”何无忌推荐了琅琊主簿刘穆之，刘穆之小字道民，东莞（今山东莒县）人，是晋宋之际的重要人物。刘裕建宋的首功之臣。以至于后来刘穆之的死，客观上改变了中国历史的走向，所以《宋书》头一个被收入诸臣列传的便是刘穆之。

　　刘裕知道有刘穆之这号人物，便请了过来，感觉魏晋时的人物说话喜欢兜圈子，刘裕明明要用刘穆之，却偏偏不直说，转着圈的问：“桓玄构逆，义府初建。裕才寡薄，须得一主簿，不知道刘公有没有合适的人选？”刘穆之当然知道刘裕要的就是他，不然何必请他来。也不客气：“公初举大义，仓促之间，须是用人之际，道民小才，犹不避嫌自荐，主准备到外地上任，离开这个是非之地，可就在这个节骨眼上，桓玄致书刘迈，问京口刘裕的情况。刘迈以为事泄，吓的次日天还没亮簿之务，非道民而谁？”刘裕要的就是他这句话，大笑：“公愿助刘裕，今日大事必成！”遂命刘穆之做主簿，参与军机。

　　随后，孟昶和刘毅等人率数十个不要命的弟兄闯入桓修弟桓弘宅，将正在吃粥的桓弘一刀劈死。扫清了京口的桓氏势力后，下一步需要做的就是过江与桓玄较量。为了能统一指挥义军，需要一位盟主，其实众人也无须多想，除了刘裕，还没有第二个人在能力和威望上比得过他，便一致推举刘裕为义师盟主。
　　而此时的桓玄已经知道了刘裕起兵的消息，消息的来源有些复杂，刘裕刚灭桓修时，派心腹周安穆去找刘毅的哥哥刘迈，想让刘迈就近接受。可刘迈胆小怕事，担心桓玄要知道他弟弟造反，会拿他开刀。刘迈本来已经，就来找桓玄自首了，把刘裕等人起事的经过全盘供了再来。桓玄性情多疑，他担心刘迈会对自己不利，便诛杀了刘迈以及其党。

　　其实刘迈无兵无谋，就算他暗中接应，也不会对刘裕的事业起到多大的作用，真正能起决定作用，还是军事上的较量，话说再多都没用，灭了对方的军队，这才是上道。
　　当然刘裕知道桓玄手下有强兵，自己只有千把个弟兄，但刘裕的对手却不是几十万楚兵，而只是个无才无德无器量的桓玄而已。两军决战，比的是主帅谋略，而不是兵多强，马多壮。
　　刘裕在京口自称总督徐州事，刘裕不管桓玄吹牛，在京口自称总督徐州事，东晋徐州的辖境大致是今江苏省淮河以南、长江以北的地区，也就是苏中地区。留孟昶守京口本部，檀凭之副之。随后，刘裕带着一千七百个弟兄从京口慷慨出师，为了壮壮声势，刘裕传檄四方，声称益州刺史毛璩已经攻破了桓玄的老巢荆州，江州刺史郭昶之迎还了司马皇帝，桓玄已经行将崩溃。古代交通不便，信息闭塞，打起信息战来更方便一些，反正是真是假，没多少人知道。

　　而桓玄听说刘裕反了，大惊失色，桓谦劝桓玄趁刘裕实力尚弱，一举灭之。桓玄摇头道：“刘裕既反，必将轻锐直行，奇袭于我，我当重兵顿于蒋山（即著名的南京钟山），乱兵及至蒋山，已成强弩之末，刘裕不过有千把个乌合，哪见过什么大场面。等他们看到大军威武时，肯定会吓的尿了裤子，自然也就退了。何劳我们动手？”桓玄真有本事，也不想想，如果刘裕手下真这么胆小，又怎么敢杀掉桓修？