刘松山战死后，朝廷震惊，左宗棠认为是自己十数年来最大的败仗。清廷怕左氏年老体衰很想命李鸿章代替左宗棠，李鸿章刚到潼关，因为左宗棠一方面坚称战事已无李鸿章没有必要再来，一方面“天津教案”爆发，李鸿章迅速前往天津协助曾国藩处理此事。
　　左宗棠一方面排斥李鸿章相助，一方面迅速提请让刘松棠的侄子刘锦棠为新统帅，继续令刘部主攻金积寨。1871年1月6日马化漋投降，历时1年3个多月的金积堡战役完结。是役，左宗棠认为是领兵十多年来损失最为严重的一次。
　　金积堡被收复后，陕甘情形为之一变，河州马占鳌急忙请降，但他却拒绝交出武器。而新疆伊斯兰教领袖妥得璘接到求援后，派数千兵马准备进入陕甘。陕甘形势大变后马占鳌、马永福等多地起义领袖再次发动叛乱。经过来来往往的谈判不成之后，9月16日左宗棠率军驻扎定西县向马占鳌发动进攻。1872年元月，马占鳌投降。左宗棠奏请清廷封赏了马占鳌后便缩编马部为三营，由马占鳌率领。

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　　1872年8月18日，被封为陕甘总督7年后，左宗棠第一次来到了总督驻地兰州。9月中旬，左宗棠命刘锦棠率部进攻青海三马。其后，马永福及陕西回军的一些首领投降。1872年11月攻占西宁后，马桂源、马本源兄弟撤退到今天的青海省化隆，1873年2月马氏兄弟被捉。
　　陕甘回民起义只剩下肃州（酒泉）一个中心，酒泉马文禄部收罗陕甘回民起义中的被击溃武装，同时，新疆维吾尔族援军也准备开赴肃州。彼时，俄国已经入侵新疆，一方面他们与阿古柏沆瀣一气，一方面屠杀回民起义。因为，许多在新回民起义军都支持祖国统一，为此，俄方对他们举起了屠刀。
　　清廷派成禄讲和，因为身处战乱地区，淮军刘铭传部奉命进兵西北、新疆为成禄开辟安全通道。1872年1月7日徐占彪部到达高台后向肃州发动进攻，到了1873年9月左宗棠亲自到达肃州，刘锦棠部驰援，最终于10月18日攻入肃州。入城后，刘锦棠部焚城将城中4500多已经投降的成年回族同胞残杀。
　　对于这一恶行，左宗棠是否应该承担统帅责任呢？作为陕甘总督，左宗棠必须承担历史责任。这次事件与左宗棠历来正确的民族政策主张严重不合。其主要原因在于：双方因军事战争杀红了眼，肃州之战长达1年9个月，清军损失严重，报复之心强烈，左宗棠作为统帅没有看到兵将情绪变化本身就是失职。
　　左宗棠1868年9月进入陕西，1873年10月肃州被攻占历时五年。而此前，回民起义自1862年5月开始也历时6年。前后长达十一年的陕甘回民起义，因为清廷的残暴统治、因为民族风俗和汉回居住地纷争等引发的冲突没有得到恰当处理，作为同属中华民族的汉回同胞发生了严重冲突。这是任何有良知的人都不愿意看到的。

　　这一事件皆因双方上层的政治和物质利益纷争导致，任何一个有良知的人都应该切记以历史为鉴，让一些别有用心的挑唆如雨洗尘埃一般。其间，双方中都出现过“偏狭民族主义”，结果造成误会、仇恨越来越深。这种教训应该为今人吸取，但愿这种事情永远不要再次出现。中华民族的团结高于一切。
　　其后，左宗棠遇到了如何安置回民和汉民难民的问题，为此，左宗棠受到了陕甘四省的一些满汉官民的咒骂，但历史证明他做得是对的。
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　　回民起义原因综述
　　陕甘回民起义原因之一就是苛捐杂税。镇压太平天国运动开始后，“京饷及各处军营饷银均赖山陕两省接济”，到了1854年就连咸丰皇帝都认为山陕等省的税已经够多了，恐怕再加已经很难。因此，要求陕西地方官劝捐，对于数额的要求最低是百万两，越多越好。陕西地方当局为了完成政治任务，真是到了不择手段的地步。
　　例如“当千钱”的发行，把1000个制钱改为大钱30个。但道理说，币值越大铜钱就应该更大更重，但实际上新旧大小钱相差不多。结果仅铸币获利就达30倍。1858年，巡抚曾望颜在西安设立厘金总局，全省各地厘金局广布，对商人征收的货物税1%到2.2%。同时，为了保证军粮，赋粮一斤之外，附加军面四到七斤不等。1860年，为了镇压地方上的农民暴动，开始举办团练，仅凤翔郡就有数十万民兵。而这些民兵由于没有财政拨款，军饷严重不足后民兵们就做起了官方认可的土匪。

　　陕甘回民起义原因之二就是民族政策错误。对于回民起义的原因，左宗棠有正确的认识。陕甘回民起义的源头就是清政府的错误，陕甘总督和甘肃巡抚75%都是满人，剩余25%人则由汉人充当。而满人之所以立国二百多年，其根本原因是满足了汉人的基本要求，没有汉人的支持，满人是不可能长久立国的。因此，在国政上，清政府采取的措施就是“扶汉抑回”。

　　请注意，不要以为，这是指的汉族全体，其实，此处的“汉”。指的仅是汉族地主、士绅、中高级知识分子而已。普通汉民不要说汉人为皇帝的时候都不怎么受重视，更不要说其他民族的同胞做皇帝了。因此，普通汉民并非是清廷扶住的对象。
　　早在咸丰八年（1858年）甘肃布政使张集馨就说过：凡有争讼殴斗事件发生，地方官都不问曲直、不分是非地压制回民而偏袒汉民，而一些汉民更是有恃无恐，随意欺凌回民。由此，造成回民仇恨加深。
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　　请注意，此处的汉民大多数都是汉族地主士绅，平常的老百姓并不是问题发生的关键甚至不是主要原因。例如对于土地的争夺。汉族大地主不但兼并汉人穷人的土地同样也兼并回民的，同样回民的大地主也兼并汉人的土地。所以，汉回冲突主要是汉回各自上层的争斗。
　　陕甘回民起义原因之三就是民族风俗。汉回民间的冲突主要出现在民族风俗上，而这需要政府首先事前宣传各自特殊风俗以防出现误会；其次，就是事发后就事论事、不偏不袒。所以说，政府在风俗问题上同样负主要责任。
　　正是这种长达几十年的积怨，等到太平军出现后便爆发了。
　　1862年夏太平军西北远征军在陈德才、赖文光率领下攻打西安的时候，因为回民在升山村砍竹爆发了汉回冲突。团练武装开始发出“秦不留回”的鸡毛传帖。本已经紧张的汉民关系终于引发成回民对自身存亡的极度担忧。西安有传言说汉人要有大举动。8月26日渭南回民郭克裕进入凤翔城后被捉，回民集众要求释放。

　　团练借此机会散布“回民即将造反”的谣言。为此，8月28日回民集中于东关马家巷口，以崔伟为首领宣布起义。崔伟是陕甘回民起义“十八营”之一，其统帅下的回民起义最能佐证上述观点。崔伟的起义是为了争夺民族生存权，而起义的目的就是推翻清政府。当地许多汉人都加入了起义队伍，汉回一同向欺压剥削他们的清政府发动了进攻。

　　起义之初，回民派人向各地汉民解释此次起义皆是因官府和团练要妄图杀回民导致。希望，各地汉民理解。在此期间，当地不少汉民和四川川勇参加了回民起义。
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　　28日进攻凤翔城的时候，团练因为惧怕回民相应，诱杀城内48家回民。自此，在团练和官府的鼓噪下，汉回矛盾越来越深。到了1864年崔伟和凤翔回民起义成为“十八营”中的一营。而为了支持回民起义，1866年陶茂林和雷正官、兰州督标等部下官兵先后哗变拒绝与回民对抗。