占领伊犁后，沙俄的侵略步伐并没有放慢。10月份，沙俄军队便伪装成商队准备偷袭乌鲁木齐。在玛纳斯以西的石河子一代，被新疆民团领袖徐学功伏击，逃回后反诬商队被中方劫掠。此时，陕甘内乱还在平复中，中国军队中最善战的湘军根本无法西征。武器最精良的淮军，则在李鸿章的统领下，或处在维护社会稳定或积极发展海防中。

　　左宗棠授命处理此案后，经过轻重缓急的原则，按照总理衙门的意见赔偿了事。但清廷对此也有所警觉，在左宗棠等人的建议下，清廷综合了满汉官员间的势力划分、湘军淮军势力制衡、自身实力等多重因素，并没有向左宗棠充分授权，主要采取了以下措施：
　　命伊犁将军荣全赶赴伊犁进行外交谈判；
　　驻扎在甘肃高台的乌鲁木齐提督成禄立刻出关，会同驻扎在甘肃安西的哈密帮办大臣景廉商谈收复乌鲁木齐的军事计划；
　　驻扎在陕西的刘铭传部淮军向西绕兰州北路，由甘凉肃一带出关收复新疆。
　　其后，清政府要求左宗棠负总责，节制诸军，并命左宗棠迅速派精兵前往肃州接替成禄的防务。
　　针对荣全的谈判，沙俄政府为军方拟定了五大谈判方针：
　　1.向荣将军讲明伊犁地区之现状及俄国为中国而保护该地区所作之努力；
　　2.向荣将军声明，只能等待中国军队抵达后（先是说等到清廷收复乌鲁木齐后再归还，后又说解放新疆之后再归还），才能将该地区交还中国当局；

　　3.向中国全权代表了解，中国将采取何种措施来管理伊犁地区，主要是何时、如何实现这些措施。
　　4.不要向中国方面提出赔偿军费要求，努力取得最广泛的自由贸易条件，以代替军费的赔偿。
　　5.在未收到有关划界的特别指示之前，谈判中不得涉及与中国划分有利于俄方的边界问题。
　　沙俄方面，在屡次推脱交还伊犁的同时，沙俄与阿古柏继续合作，并在1872年与阿古柏签署了自由通商协约，规定自由通商、进口税2.5%等。
　　日期：2012-01-10 23:37:54
　　此时的左宗棠认为：此时的中国正如大病初愈的人无法与俄对抗。敌方虽然有困难，但依然也非常强大。景廉、成禄等人难以胜任（刘铭传称病而去），但俄国是可以战胜的。只要平复陕甘后，派一得力干将与俄作战，仍然能够战胜沙俄。要想战胜沙俄，必须拥有稳定的后防、充足的粮食供给、先进的武器，因此，1869年正式用兵西北的同时，左宗棠便开始构建西北的民生、洋务运动。

　　到了1872年10月收复西宁后，西北战事可以说已经胜利。为此，左宗棠的主要精力放在了解决陕甘民生问题上，其实左宗棠也正是准备采用武力收复新疆。到了1874年左宗棠已经把所有精力都放在了解决新疆的身上，两年后，后勤问题基本解决完毕之后，左宗棠派刘锦棠于1876年进军新疆。
　　在西征新疆之前，为了迷惑沙俄方面。对于沙俄以军事帮助加粮草供给作为诱饵，希望清廷日后消灭阿古柏政权后，能够对侵占伊犁甚至进一步对新疆的蚕食能够报以消极态度。但是，左宗棠识破了沙俄的阴谋。可是，如果全部拒绝的话，势必沙俄会转向阿古柏一边，因此，左宗棠同意向沙俄买粮，用以向沙俄表示友好，暂时迷惑沙俄吊他的胃口。

　　对于左宗棠的这次作为，历来有所争论，然而，仅从降低沙俄对阿古柏政权的支持上讲，对于西征的进展是有好处的。
　　日期：2012-01-11 20:37:30
　　左宗棠数次推迟解放伊犁
　　沙俄是一个必须重视的对手，因此，左宗棠也不会轻易与之武力对抗。而且，在此之前中俄双方也进行过接触，沙俄“代收”的谎言也确实迷惑了不少清朝官员。为此，左宗棠对于外交谈判也并不排斥，毕竟如果在西北战事没有平息、新疆没有收复的情况下，不以外交谈判作为手段的话，沙俄大举侵华，那么，对于清廷来说绝对是难以承受之重。

　　所以，左宗棠在加快解决西北问题的同时，并没有反对对沙俄的外交谈判，还对此经常献计献策。1872年4月13日开始，中俄双方开始正式谈判。在第一轮谈判中，沙俄认为：中国军队目前难以永久性地守护住伊犁，沙俄军队一撤必然再次丢失。因此，不如等乱世平息后再给，这样就不会有再丢失的风险。
　　稍后，总理大臣奕䜣在5月29日与沙俄方面交涉，驻北京的沙俄东正教教会则转达了沙俄政府“收复”伊犁的目的：防止因变乱造成通商困难，因此，沙俄才出兵。
　　6月16日奕䜣前往东正教会，诘问为何沙俄军队还在向前推动。沙俄方面的回答是愿意代替中国出兵收复喀什和玛纳斯。奕䜣闻听坚决反对。6月19日奕䜣再次前往教会与沙俄磋商。就这样，双方的外交战一直延续到了1873年。
　　1873年阴历二月，左宗棠向清廷建议武力收回伊犁。1875年清廷于3月28日任命左宗棠为钦差大臣，督办新疆事务。1876年阴历六月二十六日，刘锦棠收复了乌鲁木齐，左宗棠立刻派人与沙俄外交接触，要求交还伊犁。在沙俄反悔之后，左宗棠开始采用经济手段对沙俄进行制裁，禁止与沙俄进行贸易。然而，左宗棠对于武力收复伊犁的主张，面临着以下几个方面的冲击：

　　日期：2012-01-11 21:58:54
　　A.朝廷内部“片面海防派”在李鸿章的鼓噪下，仍然为左宗棠增加着障碍；
　　B.英国和沙俄的国际反动势力的威胁；
　　C.内部激进派要求迅速武力占领伊犁的意见，例如金顺、刘锦棠等将领；
　　D.清廷最高统治者对于西征军费花费巨大的忧虑。
　　上述四个阻碍，左宗棠必须进行彻底斗争。在此情况下，首先对于激进派左宗棠进行了说服。告诉他们：只有待南疆稳定之后，方能解决伊犁问题。如果仓促武力解决，沙俄假如举兵相抗，南疆再乱必然腹背受敌。因此，左宗棠继续坚持自己的用兵特色：缓进急攻。

　　对于英俄两国，左宗棠采取了麻痹沙俄、回击英国的战略。因为，英国当时虽有吞噬西北之心，但其主要精力还是在西南地区与法国竞争。因此，在西北地区是断然不会与沙俄发生剧烈冲突。为此，英国采用的是外交干预。
　　在弱肉强势的19世纪，丛林法则下外交只能靠实力说话。英国在西北势力几乎可以忽略不计的情况下，左宗棠对英国及中国的代理人李鸿章、郭嵩焘之流进行的是直接反击。对于沙俄则是待南疆稳定之后开始逐步强硬。
　　对于沙俄方面，左宗棠的策略就是用战绩说话。刘锦棠的快速进军也打乱了沙俄的如意算盘。1876年授命刺探阿古柏、中国军情的库罗帕，来到了南疆希望阿古柏割让领土以换取沙俄的保护。但不想左宗棠进军神速，1877年十一月就歼灭了阿古柏及其残部。而这时，土俄战争爆发，驻扎伊犁的沙俄军队也被抽调一部，开赴了土耳其战场。

　　日期：2012-01-11 22:34:39
　　沙俄非常惧怕金顺要求趁机夺取伊犁，金顺也有此打算，然而，左宗棠却阻止了金顺的进军计划。左宗棠认为：新疆北路兵力恐怕不足以对沙俄一战，况且收复领土是堂堂正正的事情没必要偷袭。即使成功了，沙俄有了开战借口，恐发生全面战争，对大局不利。
　　其后，刘锦棠又因为想进入沙俄境捉拿白彦虎，趁机收复伊犁。1878年陕甘民族起义中的领袖白彦虎，因为陕甘战败。他先是逃到新疆帮助阿古柏，其后又逃入沙俄寻求庇护。刘锦棠、金顺等便要求武力进入俄境搜索白彦虎。