就在左宗棠离开福州，准备北上进京陛见之际，陕西巡抚刘蓉统帅的一万四千名湘军在陕西华州被西捻军击败，陕甘局势进一步恶化，朝廷丢掉了面子，免去了左宗棠进京朝见之礼，命左宗棠直接赶赴陕甘任所，同时加授左宗棠为钦差大臣，督办陕甘军务。
　　左宗棠在北上赴任的路途中，对进兵西北的战略早已胸有成竹，也就是说，他的平西战争提前打响了。他认为，以地势论，中原为主，官陇为轻；以平贼论，剿捻宜急，剿回宜缓；以用兵次第论，欲靖西陲，必先清腹地，然后客军无后顾之忧，饷道无中梗之患。在战术上，他认为要抵御捻军强大的马队，他提出训练马队和制造炮车，后经实践，炮车成效不足，他认识到唯多用火器，方能制胜，所以他从香港购置上好洋枪二千杆，又从浙江调拨进口火药五万斤。

　　左宗棠原拟定带兵六千入陕甘，随着前线战局的不断恶化，他又追加六千兵力，组成一万二千人的军团。此外又调高连升部从广东北上。他特别重视后勤补给，他在西安设甘肃总粮台，在武昌设陕甘后路总粮台，又奏请朝廷让闽、粤、浙省协饷陕甘，他在上海设采办转运局，并让转运局委员胡雪岩与洋商借银一百二十万两。
　　同治六年﹙1867年﹚二月二十日，楚军从汉口三路进兵入陕作战。左宗棠亲自率领中路军驻守陕西潼关，试图将西捻军就地歼灭在陕西，堵住西捻军突破潼关入河南，与东捻军会和，威胁中原。同时为了防堵西捻军东渡黄河，左宗棠在秦、晋、豫交界处的黄河断部署了三个防区，分段防守，在左宗棠的四面围堵下，西捻军被迫向陕北进军，打开进入山西的通道，此时陕甘回民在绥德、韩城等地频频得手，这样西捻军自南而北，陕甘回民自西向东，从横交错，互相配合，左宗棠招架不住，在一千多里的防线上，面对机动灵活的西捻军，他常常是捕风捉影。

　　当西捻军控制了陕北延川、绥德之后，突然接到东捻军张宗禹的求援信，东捻军正受困于李鸿章的河防之围中。为了缓解东捻军的困境，西捻军拟东渡黄河，入三晋之地，直捣京师，以收围魏救赵之效。
　　同治六年﹙1867年﹚十一月二十三日，西捻军趁着黄河封冻之际，东渡黄河，从陕北宜川入晋，然后经河南窜入直隶，于同治七年﹙1868年﹚正月十三日，直逼卢沟桥，朝廷吓得直哆嗦。急调左宗棠赴保定督师，此时李鸿章率领着他的淮军用倒守运河的河防战术剿灭了东捻军，东捻军首领尊王赖文光在扬州被杀。所以，腾出手来的李鸿章将淮军投入到了围堵西捻军的战场上来，崇厚在天津也加强了防务，一时间，集中在山东、直隶、河南的清军达十万之众，然而即便如此，西捻军在张宗禹的率领下凭借着运动战，奔突数千里，往来自如，西捻军强大的马队牵着十万清军的鼻子走。三月，西捻军被赶到了山东，李鸿章抓住机会，用对付东捻军的老办法，即用河防对抗西捻军的马队，他的河防部署就像一张密不透风的网。西以运河为防线，并导入黄河水，调用内河水师日夜巡逻，并在运河西岸筑长墙，派民团配合清军固守，堵住西捻军的西路出口；在北线以减河为防线，将运河之水导入减河，在减河北岸筑长墙，崇厚派天津洋枪队和地方民团固守；在南线凭黄河天险，封锁所有渡口，由山东地方官兵把守；为断西捻军的东部海路出口，禁止所有渔船出海。难道是天意如此，正逢雨季，黄河、运河水势猛涨，西捻军处在了一片汪洋之中，西捻军引以为傲的马队机动性大打折扣，西捻军四面突围，而在他们的四面都是站起来的水墙，李鸿章“河运长围”之术真是屡试不爽，西捻军插翅难逃，跌入了万劫不复的深渊，同治七年﹙1868年﹚六月二十八日，西捻军全军覆没，首领张宗禹生死不明。至此捻军起义完全失败。朝廷论功行赏，左宗棠被授太子太保衔。

　　日期：2011-03-16　22:13:04
　　如果说满清王朝对汉人还算客气的话，那么对待陕甘回民简直是在防止家贼。朝廷在陕甘长期推行“以汉制回，护汉抑回”的民族压迫政策，回汉矛盾异常尖锐，常常发生回汉仇杀事件。当太平天国、云南回民在南国揭竿而起的时候，作为响应，陕甘回民也拿起手中的武器来回应朝廷的无德。陕甘的回军主要分为五大股。陕西董志原的十八营，甘肃有四股，灵州马化龙部，河州马占鳖部，西宁马永福、马桂源、马本源部，肃州马文禄部。

　　朝廷为了把农民军一鼓荡平，让刚刚剿灭西捻军的左宗棠乘胜追击，围剿陕甘回军。两宫皇太后召见左宗棠，询问时间表，左宗棠伸出一只手，非五年不能办。左宗棠镇压陕甘回军的基本战略是“剿抚兼顾”。
　　同治七年﹙1868年﹚十月十三日，左宗棠抵达西安，把枪口首先对准陕西董志原部和陕西土匪董福祥部。左宗棠双管齐下，一边剿回，一边剿匪。十二月十八日，在延安定边镇靖堡，清军全歼董福祥部，左宗棠集中兵力对付董志原的十八营，董志原率残部逃至甘肃金积堡，陕西回军被全部肃清。甘肃的四支回军在左宗棠“剿抚兼施”的政策下不堪一击，要么被杀，要么被招降，不过这也是一个比较漫长的过程，左宗棠对剿回五年不办的预期显然没有夸大其辞。从同治七年﹙1868年﹚左宗棠抵达西安到同治十二年﹙1873年﹚，左宗棠抵达甘肃肃州，亲自指挥，用大炮轰开回军最后一个堡垒，前后正好五年左右，左宗棠替朝廷平定陕甘，当然他的顶子也更加鲜艳了，朝廷给了他一个协办大学士的头衔，也算是入阁拜相了。太平天国、捻军相继失败，陕甘回军也只是强弩之末，面对穷凶极恶的清军特别是曾国藩、左宗棠、李鸿章这些得力悍将，当然只有死路一条。

　　日期：2011-03-16　23:07:21
　　左宗棠在镇压陕甘回军的战争中手段是残忍的，不过他所采用的“剿抚兼施”之策也有其独到之处。左宗棠站在比较公正的立场，对回汉矛盾作出了比较合理的解释，他说，陕回之祸，由于汉回构陷已久，起衅之故，实由汉民。他坚决反对陕甘官绅对回民的剿洗政策，他反复强调，秦陇大局而言，其终必归于抚。同时，他提出朝廷若要在西北寻求长治久安，必须稳固西北社会秩序，恢复农业生产，缓和民族矛盾。所以说左宗棠不是打了就走的野蛮将军，在本质上他是一个治理一方百姓的能手。左宗棠在平回的战争中积极招安，战争结束后，他又积极善后，编制户口，安顿流民，引导生产，维护回民传统，对于汉回之争折中办理，白骨露野的大漠荒原开始吹来一股复活的春风。平定西北是手段，治理西北才是根本，这是左宗棠镇压陕甘回军的着眼点，也是他塞防理论的价值核心。

　　日期：2011-03-17　09:40:05