说起法国的宗教改革，首先要提一下出生于1450年的勒费弗.德.埃唐普，此人出身低微，容貌平凡，但学识广博，品德正直，他致力于古典作家作品的翻译和校订。1508年，勒费弗尔发表一篇呼吁书，提出阅读《圣经》原文，他认为，罗马教廷指定的拉丁文译本已使《圣经》面目全非，因此应还《圣经》以本来面目，之后，他先后翻译出版了《新约圣经》和《保罗书信》的拉丁文新译本，宣扬灵魂得救单靠“因信称义”的思想，反对“善功赎罪”，“圣礼得救”和圣餐“实体转化说”等，这些思想还在马丁.路德发动宗教改革之前，对路德产生相当影响。

　　1523年，勒费弗尔又将《新约》译成法文，并抨击教会的腐败，他的思想对加尔文和其他许多人文主义者影响很大，巴黎索邦神学院指控他为异端，1525年他逃往斯特拉斯堡，后来受到弗朗索瓦一世的姐姐玛格丽特的庇护，此后一直跟着她，直到1537年去世。
　　1516年，勒费弗尔的弟子纪尧姆.布里索内被任命为莫城主教，在玛格丽特的支持下，他组织了莫城小组，发动起宗教改革，将圣徒的雕塑和画像从教堂里撤除，用法语作祷告，宣扬信仰得救，否认圣餐的实体转化说，甚至像路德一样在教堂张贴告示指控教皇，称他为“反基督者”。但1521年，索邦神学院宣布路德有罪时，布里索内让他的党羽站在教廷那一边。于是，他们的改革就流产了。

　　尽管如此，路德的思想还是在法国迅速传播开来，由于印刷业的发展，来自德国的路德著作，在法国到处都可买到，不满现状的人们，把《新约》当成革命经典，1523年，一位名叫勒格雷的莫城梳羊毛工人，因张贴“教皇是基督叛徒”的标语，被赶出莫城，他迁移到梅斯后，把那里的圣像捣毁了，结果受到火刑。1526年至1527年，有不少人，以“亵渎神明”或拒向玛利亚及圣徒祷告等罪，在巴黎遭受火刑。

　　法国的新教开始以路德教派为主，但后来，瑞士宗教改革的浪潮冲击法国，加尔文由于是法国人，其语言文字和思想逻辑，更能让法国人产生共鸣，他的学说越来越受到人们欢迎，加尔文坐镇日内瓦，不断向法国派出传教士，以至于后来，加尔文派占据主流，到1550年，法国的新教徒几乎全是加尔文派。
　　至于弗朗索瓦一世，其实对新教倒没太大成见，他自己就是个怀疑派，怀疑教皇的权威，怀疑赎罪券的买卖，怀疑炼狱的存在，他和母亲路易丝，姐姐玛格丽特，就经常阅读圣经，有时候，还会以赞赏的态度谈论路德，玛格丽特1521年写信给布里索内时说，“国王和母后，对宗教改革颇具好感”。
　　但弗朗索瓦考虑更多的是他的统治，1516年，他和教皇利奥十世签署政教协定（博洛尼亚条约），规定法国教会神职人员由法王任命，教会收入大部分归国王，这些条款，已使法国天主教实际上脱离了教皇统治，国王成为法国教会的真正首领。多少国家，不知道流了多少血才争取到基督教国家化，弗朗索瓦不费吹灰之力就得到了，对统治者来说，宗教改革两个最重要的目的，即政治和经济独立，法国都有了，而宗教改革的副作用——人民分裂，秩序混乱，也不容忽视，这样，法王对宗教改革便不那么热心。

　　对弗朗索瓦一世来说，新教是他手上的一枚棋子，怎样使用全看形势变化。起初由于他对新教思想感兴趣，伊拉斯漠关于教会应由国王管理的主张又同他的意图正好吻合。他不仅对莫城的宗教改革运动听之任之，还准许路德教传入法国。当路易•德•贝尔奎恩因翻译路德作品被捕时，玛格丽特曾通过国王将其释放，不过，德国农民起义发生后，他意识到新教可能造成的严重后果，即命令主教在法国根绝路德一切活动。等他从马德里恢复自由身，为了感激姐姐的营救，他又下令废止对勒费弗尔及奥列龙主教鲁塞尔的放逐令。但不久，由于急于筹备赎金，他答应教士反对异教，1532年，他因讨厌克雷芒七世与查理五世合作，与德国路德派诸侯谈和，对国内新教采取宽容态度，准许新教徒鲁塞尔在王宫卢浮宫公开布道。同一年，他与克雷芒重归于好，，又立刻严厉镇压新教徒。1534年，法国新旧两派教会斗争激化，两派都在巴黎大街上张贴海报攻击对方，广大市民也卷入了这场斗争。激进的新教徒在海报中痛斥罗马教会的弥撒是亵渎神灵，神职人员是“假先知、骗子、豺狼，假牧人、叛徒，盗贼，谋害灵魂的刽子手，崇拜偶像，说谎，比魔鬼还坏”。1534年10月18日，这类海报甚至贴到了国王寝宫的大门上。弗朗索瓦勃然大怒，下令把所有嫌疑分子抓起来，法国监狱人满为患。半年中，巴黎就有80名新教徒被烧死。1535年，弗朗索瓦态度又变，但1538年他与查理五世讲和之后，他再也不姑息新教徒了。赋予教会法庭以与政府法庭同等的权力；巴黎大学神学院制定了《二十五条信纲》驳斥新教，由国王及御前会议批准颁发全国，命令所有教会及学校遵行；巴黎大学神学院还编订禁书目录，其中包括《圣经》新译本及加尔文，路德等人的著作，1545年，弗朗索瓦一世下令对法国西南部世代坚持韦尔多信仰的农民进行镇压，两月之内把22个村庄夷为平地，被杀者达3000多人。700名壮汉被罚去做苦工。

　　但这个残酷镇压于事无补，新教教义被烈士鲜血染红后，信仰的人反而越来越多，弗朗索瓦去世时，已有三十三个城市和十七个省尽是新教徒。新教教堂处处可见，从日内瓦接受着加尔文的指导。
　　如果说弗朗索瓦一世对新教还有点秘密同情，亨利二世则一点都没有，他从小就信仰天主教，赴西班牙成为人质后，这种信仰日益坚定，他周围的人们，如迪安娜，蒙莫朗西，吉斯家族，虽然相互不和，在宗教方面的态度却出奇一致，全都是坚定的天主教徒，这对他不能不产生影响。他登基不久，就在巴黎高等法院专门设立一个法庭，用以迫害新教徒，人称“火焰法庭”。短短两年，火焰法庭就判处异端分子500多人，所烧死的新教徒，即达60余人之多。1551年，发布的夏多布里昂敕令，宣布凡印刷、出售或持有异端图书者，均应从重判刑；坚持异端信仰者格杀勿论，检举异端者，可获异端所有财物的三分之一，任何法官，如对异端宽大，均会遭受检举。

　　1557年，法国与教皇结盟对抗腓力二世之时，在洛林红衣主教的极力主张和保罗四世的请求下，亨利二世决定按西班牙模式在法国建立宗教裁判所，任命了三名大宗教法官，即波旁、洛林和夏蒂荣红衣主教，夏蒂荣红衣主教是科利尼和安得洛的哥哥，人们已经怀疑他是否信仰天主教，这次任命是否是陷害他的陷阱。高等法院拒绝通过建立宗教裁判所的法令，但最后被迫屈服于国王的命令。

　　同时，国王又发布了贡比涅法令，对所有公开或私下场合承认任何异端信条的人处以死刑。监狱里挤满了可疑的异端分子，很多人被判死刑，以残酷刑罚处死，有的被吊起来，用小火烤死，有的处死前割断舌头，以免他们在火中还唱圣歌、念祈祷文激起围观者的同情心。