阿尔布雷希特六世是1461年入侵下奥地利的，一度占据维也纳，腓特烈逃之夭夭。但1463年，他与世长辞。腓特烈班师回朝重新回到维也纳，上下奥地利重归皇帝统治。
　　波西米亚的博迪布拉德是温和的胡斯派成员，誓死守护对圣杯派有利的《布拉格协定》（天主教圣餐礼仪，主礼教士可以领饼和酒，教徒只能领饼，不得领酒。面饼和葡萄酒相当于耶稣的肉和血。《布拉格协定》却规定教徒与主礼教士有同样的权利），明显是与教皇作对。但腓特烈皇帝不仅承认博迪布拉德的国王之位，而且还把他当作副手去看待。博迪布拉德于1471年死去，因无合适继承人，波西米亚王国则再次表达了对皇帝的臣服。

　　给皇帝带来最大威胁的是科维努斯。尽管皇帝对他的匈牙利王位也表达了承认的态度，但这个科维努斯在1462年打败土耳其人获取波斯尼亚后，还是把战火烧到了奥地利和波西米亚。他先是在1466年与博迪布拉德交战，在对手死后，又于1478年夺取了摩拉维亚、西里西亚、卢萨蒂亚，简直拥有了全部波西米亚。这还不够，1482年，他竟然向腓特烈皇帝宣战，横扫奥地利，使维也纳于1485年又一次陷落。皇帝腓特烈狼狈不堪，在强大对手的阴影下，他偏安于林茨，似乎败局已定。

　　但皇帝腓特烈有先见之明，他擅长用法律手段解决问题。因为科维努斯没有合法的子嗣，腓特烈抓住机会和他于1463年签订《普雷斯堡条约》，条约规定如果匈牙利和波西米亚如果出现继承问题，哈布斯堡家族将有权接管。1526年波西米亚国王和匈牙利国王路易在莫哈奇之战身亡，腓特烈三世的孙子查理五世正式把波西米亚、匈牙利和奥地利并于哈布斯堡王朝，并将一直持续到1919年。

　　当然科维努斯一死，王位并未回到腓特烈手中，雅盖洛家族的乌拉斯洛二世获得了匈牙利和波西米亚。
　　那么哈布斯堡家族如何对付雅盖洛家族呢？
　　——联姻。
　　不过与雅盖洛家族联姻的要到腓特烈的儿子那一代，先说说腓特烈这时的联姻事件。
　　尽管腓特烈三世时的哈布斯堡家族仍然贫弱，而且被内忧外患弄得狼狈不堪，但不得不承认他的联姻政策是水平一流的。勃艮第位于帝国的西方，散布在今天的德国和法国之间，从法国的南方一直到荷兰沿岸。勃艮第中间被洛林分割成两个部分：Upperlands即上部地带位于南方，是勃艮第本身；Netherlands即下部地带，就是尼德兰。勃艮第虽然在法律上没有王国地位，却是15世纪的欧洲强国，十分富有。

　　1465年继位的大胆查理，野心勃勃，四处挑衅。勃艮第本属法国国王管辖，但这位大胆查理却从不服从管制，经常与法国作战。同时他还进攻德意志的科隆，腓特烈不得不组织自胡斯战争以来规模最大的一支帝国军队迫使大胆查理退兵。
　　这样一来大胆查理和腓特烈三世就产生了矛盾。解决这个矛盾的人是腓特烈监护的另一个弟弟西格蒙德。西格蒙德之所以要给两个家族牵线，是因为他所统辖的蒂罗尔地区屡屡受到瑞士人的袭击，他想如果两个家族如果达成政治婚姻，就能获得近邻勃艮第的帮助，夹击瑞士人。
　　于是1473年，大胆查理提出把自己唯一的女儿玛丽亚嫁给腓特烈三世的儿子马克西米连，9月底这一对年轻人在特列尔订婚。但婚事的确定并不顺利。大胆查理率军进攻瑞士，却受到了挫折——他御下的那支重装甲骑士军队，根本不是使用长矛的瑞士步兵的对手。西格蒙德改变了立场，次年他在康斯坦茨以“永久解决”的方式同瑞士人签订了和约，从而结束了哈布斯堡在瑞士的权益。这次婚姻久拖不办，直到两年之后的1476年5月才达成。

　　大胆查理于次年1月南希之战阵亡，法国军队开进勃艮第，腓特烈立即采取了决定性的反击措施。马克西米连匆忙赶往勃艮第，以确保同玛丽亚的婚约。4个月之后，这对新人完婚，勃艮第和尼德兰至此落入哈布斯堡家族手中。又过了10个月，玛丽亚生下了一个儿子——菲利普。不幸的是1482年玛丽亚因骑马外出发生意外而去世。马克西米连独守勃艮第，为此他不得不在随后的15年里同法国以及荷兰领主们进行战争。特别富有戏剧性的是，1488年，他被荷兰人俘虏，差一点被布鲁日的市民交给根特的市民处决。腓特烈三世为了儿子不得不又召集了一次庞大的军队，迫使法国人和荷兰人屈服，释放马克西米连。1493年，三方签署《森里斯和约》，马克西米连在勃艮第的地位终于得到了阿图瓦人和弗兰德人的认可，统治得以最终确立。几个月后，78岁的父皇腓特烈三世寿终正寝。