左良玉不敢再和大顺军发生正面冲突，因此左良玉在三月二十三日借口接到“太子” 朱慈烺的密谕，打着“清君侧”的口号东下南京，同时放火烧了武昌城。左良玉以前一定没说过慌话，要么怎么说慌话这么没水平，在逃跑时编得这个慌话也太蹩脚了，真正的太子朱慈烺现在应该在阴间和崇祯团聚了，怎么可能给左良玉“密谕”，莫非左良玉有通灵的本领。事实上左良玉是利用当时南京闹得沸沸洋洋的南太子案（下文会讲到），既便是这样左良玉的逃跑行为也说不过去，首先南太子案中的“太子”是假的，假太子的真名叫王之明，根本不是朱慈烺，再次就是既便这个“南太子”是真的，他也不可能给左良玉密谕。左良玉接到太子密谕，说白了就是给左良玉的逃跑找一个好借口。

　　李自成带领大顺军进驻被烧的武昌城后不久，阿济格带着清军也到了武昌城外，阿济格把武昌围了个水泄不通（围武昌城数匝），白旺的预测实现了，让人想不到的是会来得这么快。
　　武昌被围后刘宗敏、田见秀多次出城迎战阿济格，但是都被阿济格打败，非常狼狈地逃回武昌城。
　　在武昌和阿济格决战是没戏了，李自成决定放弃武昌继续东下。这时，大顺军的处境已经相当困难，日子很不好过。大顺军既无后方提供后勤给养，又要保护着随行的家眷，十几万人要吃饭吧，于是十几万大军就开始就地取粮（说白了就是抢粮），这时东线南撤的大顺军也忘了自己是义军，干起了土匪的勾当，没办法这都是让事给逼出来的。从那之后大顺军出现了混乱和指挥不灵的情况——将军找不到士兵，士兵找不到将军，这对处境很艰难的东线南撤大顺军无疑是雪上加霜。

　　1645年四月初清军在阳新富池口又追上了大顺军，清军趁大顺军没有防备，冲入大顺军的营寨，阿济格也不管三七二十一，冲进去就是一阵乱砍，砍完了就撤出大顺军的营寨，阿济格的这种战法很是烦人。在富池口李自成军又一次被阿济格打败，从这之后东线南撤的大顺军的士气就更低了。
　　1645年四月末，清军在江西九江口又追上了大顺军，清军又一次冲入大顺军的营寨，当然阿济格还是用老办法——一阵乱冲，一阵乱砍，结果李自成自然又是一次大败。这一次李自成损失很大，大将刘宗敏、军师宋献策和李自成的二位叔叔被俘。其中大将刘宗敏和李自成的二位叔叔当场就被阿济格杀害。
　　大顺军的军师宋献策曾经是个江湖骗子，干的勾当就是给人解解字、算算卜、说说好话，像宋献策这样的江湖骗子们是没有真才实学的，但是他们的嘴上功夫的确了得，能把死的说成活的，能把坏事说的好事，反正拍马屁和吹牛一样，也不用上税，那就拍吧，捡着好听的说，你想听什么他就说什么。而宋献策凭借着当初当江湖子时练得满嘴跑火车的本始，在这时救了自己一命。

　　我想阿济格要杀宋献策的时候，宋献策一定说了些什么周易八卦、奇门遁甲之类的话，然后告诉阿济格，自己知道时运，再拍一拍阿济格的马屁，估计阿济格立马就舍不得杀宋献策了。在不知道打雷、打闪是怎么回事的古代，像宋献策这样的江湖骗子那可是“人才中的人才”。就这样江湖骗子宋献策，凭借多年的江湖行骗经验，救了自己一命。后来宋献策投靠了清朝又干起了老本行，接着编那些连自己都不信的鬼话。

　　这种江湖骗子历史上有得是，这并不是江湖骗子的本领有多大，而是统治者愿意听江湖骗子编的鬼话，有市场，就一定有从事这一行的人。记不记得这样一个故事，有个将军造反，梦见自己衣服的袖子长了，于是他找了个算命的，算了算。别说，这个算命的还真会说，他说这表示您将会垂拱而治，天下一定是您的，将军一高兴就重赏了这个算命的。过了不久，这个将军的叛乱就被镇压下去了，于是以前的皇帝也找到这个算命的，这个皇帝不是要算命，而是要和这个算命的算帐，以前的皇帝就问算命的，袖子长怎么来着，怎么解释？别说，这个算命的不但会说话，而且脑子反应也快，他马上说，这是说那个叛将不得出手，出手必被捉，他的叛乱一定不会成功。皇帝也听得也高兴了，又重赏了这个算命的。有时候我在想，这那是算命呀，这分明就是玩命呀。而这些江湖骗子的格言就是：玩得就是刺激，玩得就是心跳，江湖骗子，骗子中的MBA，oh yeah。

　　在这之后，大顺军的丞相牛金星认为跟着大顺混已经没有希望了，于是同儿子牛佺，当了逃兵，叛逃投降了清军。后来牛佺被委任为清朝黄州知府，而牛金星没得到清朝的任何好处。这个牛金星的马屁功夫不比宋献策差，当李自成进北京的时候，走到承天门，李自成手发三箭射承天门的扁，谁知道那一天李自成的射术大失水准，仅中一箭，当时的场面尴尬极了，用一句话来形容——当时的气氛凝固了。牛金星一看拍马屁的机会来了，再看看那一箭正中“天”字，脑子转了几转说：“太好了，天意，正射天字，说明闯王您是真正的天子，还说明大顺兴是天意，闯王您一定能定鼎天下。”当时的场面马上从山雨欲来，变为了风和日丽，李自成阴着的脸也晴了，大笑起来。

　　经过这几役之后，东线的大顺军实力大损，人心大乱，李自成为打南京准备的船也被阿济格抢走了，没了船在南方就等于没了一切，因此现在李自成再去打南京已经不可能了，再说了多铎已经快到南京城了，自己离南京还远着呢，再去打南京就等于送羊入虎口，那是不明白着让多绎去宰吗，为了不挨宰南京还是不要去了。
　　李自成不得不改变了进军的方向，准备穿过江西西北部转入湖南，在湖南打天下。1645年五月四日，李自成走到湖北通山县的九宫山牛嵴岭时，突然遭到当地地主武装的突袭。据说当时下着雨，而李自成的身边只有义子张鼐和二十余名侍卫，这是李自成带着义子前去九宫山侦查地形，因此没有太多的军队跟随。
　　当地地主武装不知道这就是大顺军，更不知道大顺军老大李自成就在这二十余人之中，他们认为这就是客商呢，因为他们每人都有一匹好马，当地地主武装认为发财的机会来了，想打劫所谓的客商，因此就一拥而上。混战中，李自成和随从侍卫们都被杀死，张鼐和一名姓刘的侍卫逃出，张鼐向大顺军主力报告了这一恶耗。大顺军立即对当地地主武装给予以报复性打击，全歼了当地的地主武装。据说是一个叫程九伯的农民用锄头把李自成给锄死的，如果真是那样，李自成死得可够冤的。

　　在很长的一短时间里，这个叫程九伯的农民没敢承认过是他干死了李自成，因为他亲眼见到了大顺军报复当地地主武装的场面，心里有阴影很害怕，他怕大顺军找他报复，直到清朝统治时期，程九伯才承认是自己干死了李自成，满清统治者为了表彰程九伯“孤身杀贼”，马上分给了他不少地，从此程九伯从农民阶级变成了地主阶级。
　　关于李自成，民间还有许多种说法，其中流传最广的就是李自当了和尚，还有说法就是李自成隐居了起来。其实民间的说法是极不正确的，首先李自成虽然吃了好几个败仗，损失不小，但自己手下还有好几万人马；西线的李过、高一功还有一定的军事实力，现在怎么也比当初一开始打天下时处境要好吧，李自成还没到山穷水尽的地步，怎么可能绝望到去当和尚、去隐居呢？再次从李自成的以往表现来看，李自成算得上是一代枭雄，枭雄只可能战死沙场，不可能苟且偷生。最后就算李自成真的打算去当了和尚，那他也应该安排好大顺军的后事，最起码要指定一个新的领导人，大顺军可是李自成一辈子的心血，他不可能不关心自己走后大顺军的兴亡；最后一点就是李自成认死理的性格就决定了他不可能出家当和尚。