既然马士英和在南京周围驻守的军队都支持朱由崧，那么在这场帝位之争上胜利者明显是福王朱由崧。本来礼部还打算去广西接桂王来南京，看来这下免了，不用大老远去广西接桂王了，直接去淮安就行了，那多近呀。
　　有一点马士英要马上解决，他必须找出一个文臣来支持朱由崧，马士英、高杰、黄得功、刘良佐、卢九德这一帮子人都是大老粗，欺压老百姓个个是好手，但是朱由崧要想登基，就必得到一个文臣的支持，如果没有文臣的支持，在朱由崧登基那一天一定会闹出笑话的，皇帝登基可非常讲究的，可不能像座山雕摆百鸡宴一样怎么粗鲁怎么来。

　　这时马士英就想到了一个人，那就是在江南第一文臣史可法，当初史可法给马士英的一封信中烈举了朱由崧“贪”、“淫”、“酗酒”、“不孝”、“虐下”、“不读书”、“干预有司”的七宗罪，先不说朱由崧有没有这七宗罪，就说史可法给马士英的信上说的内容完全够得上是人身攻击，人身攻击罪也不大，但是如果攻击的是特定的对像——比如皇帝，那罪可就大了。马士英就拿着史可法为拥立桂王而列举福王七宗罪的来信作为把柄，要挟史可法，让史可法拥立朱由崧，史可法又被马士英给阴了，人身攻击福王的书信落在马士英手里，你可以说你没说过，但白纸黑字，你不能说你没写过吧，话可以乱说，字据可不能乱写呀。现在史可法唯一能做的就是跟看着福王朱由崧乘船前往南京外，除此之外他没有第二个选择。现在史可法可满肚的苦水呀，这并不是最苦的，最苦的是他这一肚子苦水还不能向别人倾诉。

　　钱谦益、吕大器等东林党的骨干现在也没闲着，他们虽然在表面上已经见风使舵了，但是他们始终没有放弃整倒朱由崧的努力，他们利用东林党人在文臣中的势力大造舆论，当然幕后主使钱大益和吕大器这些老狐狸们是不会出面的。钱谦益、吕大器等人的地下工作成绩还是相当出色的，不久之后南京的朝野风言风语就多了起来，当时南京的主流舆论对朱由崧极为不利。

　　马士英知道后马上通电（写信）南京发表声明：我听说南京许多大臣对拥立朱由崧很有意见，我这个人就喜欢以德服人，我现在马上带五万人马去南京，以防不测（臣谨勒兵五万，驻扎江干，以备非常，志危险也），我马上就去南京以德服人，反对的站出来，我用兵以德服你。
　　秀才遇到兵，有理说不清。这就等于一个大学教授遇到了一个流氓。所有的民主在暴力面前都一钱不值，还是枪杆子里面出政权——心有方鸣修改。
　　多少历史事实证明毛主席的话是多么多么地正确，自从马士英通告南京后，南京的东林党人们就老实多了。
　　朱由崧当皇帝，这己经是板上锭钉的事了，怎么着也改不了了，于是许多大臣就开始表示拥立朱由崧，这时许多大臣都开始演戏，好像自己一开始就非常支持朱由崧一样，其中拿到“奥斯卡”最佳男主角的是李沾之，李沾之当着众大臣说：“今天不立朱由崧为皇帝，我就撞死在这。”后来他就开始找柱子，最奇怪的是柱子就在李沾之面前，并不近视的李沾之找了半天愣是没找到；拿到“奥斯卡”最佳男配角的刘孔昭（刘伯温之后）演技一点也不差，他也要自杀，并四处找利器，表示如果朱由崧不当皇帝，他一自杀。后来又出现了面条上吊，降落伞跳楼，撞豆腐等一系列的死法，大家的目的就一个，表明自己是拥立朱由崧的功臣，就是死也拥立朱由崧。我对这一帮人的评价是：唉，不去演电影真是太可惜了。

　　1644年四月二十九日福王朱由崧在史可法陪同下，乘船来到南京城外的燕子矶，在燕子矶南京六部、督察院等文武大臣朝见了福王朱由崧。注意，这时的朱由崧为了给人们一点神秘感，根本就没有下船，文武大臣们只有够级别的见到了朱由崧，大多数文武大臣只看破到了朱由崧的船，朱由崧长得什么样，自己根本就不知道。五月初一，朱由崧终于可以上岸了，上岸后朱由崧先去孝陵拜谒了一下自己的老祖先——朱元璋，然后从朝阳门进入南京城，暂时住在南京守备府。

　　当时朱由崧进入南京城时，人们看到朱由崧的衣服是半旧的（角巾半污旧），手里拿着扇子（手摇白竹扇），人们纷纷说朱由崧有隐士（暗指诸葛亮）的风彩（有陇亩风），这时人们看破到朱由崧的形象，都暗暗高兴，认为他会是个好皇帝。而以后的事实是：人们的希望越大，失望也就越大。朱由崧不是个好皇帝，而是昏到极点的皇帝；如果要作对比较的话，那就是朱由崧比刘阿斗还刘阿斗，吃喝嫖赌抽样样都拿手。他当初的“角巾半污旧”是因为懒，好久没洗衣服，“手摇白竹扇”是在装酷，“有陇亩风”那也是装出来的。

　　朱由崧到了南京，国终于可以有主了。但是，这时的南京又出现了窝里斗，在朱由崧究竟应该是立即继位还是暂用监国名义时，文武大臣有了争议。监国和皇帝是有区别的，朱由崧若是当了皇帝，以后谁也不能把他怎么着，既便以后崇祯的儿子来了，朱由崧还可以安安稳稳地当他的皇帝，根本用不着让位，这时他就可以告诉崇祯的儿子们：想当皇帝吗？现在别想了，等我死了，你再来继承吧；“监国”拿现代的话说就是“准皇帝”，朱由崧当了监国那就不一样了，就是不用崇祯的儿子不来，只要大臣们不高兴，一样可以把你拉下马。

　　马士英等人为了自身利益主张朱由崧马上继位，而东林党则认为应该暂用监国，现在东林党的骨干分子们选择了沉默，因为他们知道，不管怎么说，人家朱由崧赢了，自己输了，在这种情况下“沉默是金”。
　　最后，决定朱由崧暂时先当监国，以后还没有崇祯儿子的消息就正式登基为皇帝。
　　1644年五月初三朱由崧在南京出任监国，当时的玉玺在李自成进北京时不知道弄哪去了，就算在李自成的手里，我估计南明的官员也没人敢去要。（准）皇帝登基了，就必须制办一套办公的家当吧，最起码先得弄个玉玺吧，如果现在还用萝卜刻的萝卜玺办公，那就有点说不过去了。于是南京的大臣就用黄金铸造了个玉玺，玉玺之所以叫玉玺是因为它一般性况下是用玉做的，南明用的黄金玉玺还算是比较有新意的。

　　既然新皇帝登基了，那就得按规矩来，先来个诏谕，再来个大赦天下。诏谕说白了就是告天下书，大赦天下就是把关压的犯人都放出来。而这次大赦天下放出来了一个人，他叫朱聿键，因为带兵勤王犯了点小错误，成了罪宗，被关了起来，为什么要提一提朱聿键？因为朱聿键将成为南明第二任皇帝，在这提前给大家打下招呼，先混个脸熟。