北使团还在路上的时候，清朝的高层就对南明的态度发生了质的变化。原因是多方面的，多尔衮和他的哥哥皇太极、老爸努尔哈赤认为占领中原后，满清就可以衣食无忧了，后来多尔衮才发现，中原地区并不是中国经济最发达的地区，江淮地区才是中国经济最发达的地区，从元朝定都北京以后，北京就是个大城市，大城市之所以叫大城市，一个重要的指标就是人口多，当时北京的人口就很多，人口多了就出现了一个问题，人们可是要吃喝拉撒睡的，就拿吃的来说，北京人所消耗的粮食并不是北京周边几个县产的粮能解决的，别忘了古代可没有科学种田，完全是靠天吃饭，农民都吃不饱饭，拿什么支援首都，因此北京的粮食都是从全国各地调来的。而北京所需要的日用品也都要其它各地提供，一些日用品（如茶叶，瓷器）和其它的重要物资（如大米，木才）都要从江淮地区运到北京，棉花和布匹要从华北平原送到北京，而煤炭要从山西运到北京。北京的日用品必须依靠各地的支援，而北京城这种多方面的依赖性不是南明每年都给清朝一些金银、绸缎就能解决的。当时多尔衮也意识到了这一点，在清军进入北京后，北京的米价一涨再涨，这就是因为南方的粮食运不到北京的结果（南粟不达京师，以致北地之米价日涨）。现代的北京和其它的大城市也一样，如果各地都不给这些大城市提供应日用品，这些大城市连三天都过不了，我想对北漂们说，不要老是认为北京好，不要老是往北京跑，没有各地的人民，他们照样过不了，其实中小城市也挺好。而当时的南明就是一盘散沙，还在上演窝里反的好戏，多尔衮不灭南明那他就是傻子；再加上还有许多满、汉官员给多尔衮大谈“江南民风脆弱，不难平定”之类的话，于是多尔衮决定走统一全国的路线。

　　1644年七月二十八日清朝的一把手多尔衮让何拱薇带了一封信给史可法，信中说：我（清摄政王）能给您写信（致书于史老先生文几）我太荣兴了，当我还在沈阳的时候（予向在沈阳），就听说过您的大名（即知燕京物望贤推司马），当时我就对您非常敬仰，如滔滔江水绵绵不绝，又如黄河泛滥一发而不可收拾。后来我到了北京城，和北京的知识界、教育界、文化界和政治界的人士们都有过接解（及入关破贼，与都人士相接），后来我在政治界认识了您的弟弟史可程（清识介弟于清班），我曾经托史可程给您写过信，也不知道您收到没有（曾托其手勒平安，未审何时得达）。中原人经常说国仇家恨（夫君父之仇），不共戴天。《春秋》说过，国家有反贼，天下共诛之。李自成这个大反贼是罪孽深重的。……南明政权也太无能了，龟缩在江南，自以为有长江天堑，想看着我们大清和李自成打得头破血流，南明坐收渔翁之利。我可以明确得告诉你，大清就是要统一中国，要是你们南明不归顺大清，咱们就是敌人（今若拥号称尊，便是天有二日，俨为劲敌）。都说识事务者为俊杰，南明和大清的实力就在那罢着，傻子也明白，南明绝对是打不过大清的，希望你能劝劝那无能的弘光早点归顺大清，大清是不会亏待他的，我一定封他为王，位列所有的王候之上，这样他还能永享福禄。您是当代的俊杰，形势还看不清吗，希望您能替南明早作打算，南明的国运和南明百姓的生命就在您的一念之间，好好考虑考虑。（附一）

　　在这封信中多尔衮软硬兼施，甚至拿“联闯平南”当作胁迫南明的一张牌。理论上说，南明北使团的失败再加上这封威胁信，史可法和南明官员就应该嗅出满清的野心，但是南明的官员始终怀着“借虏平寇 ”的幻想，不肯面对现实，其实是不敢面对现实。接到多尔衮的来信，史可法让黄日芳写了一封回信，在回信中黄日芳的措辞也十分强硬，但是史可法对黄日芳说：“不要和他们发生口角，这不利于团结和稳定。”于是史可法又把回信看了一遍，删除了不少内容，史可法在回信中说：南明和大清向来友好（这是百分之一百零一在说瞎话，从万历末年到崇祯自杀，满清和明朝的战争就没停止过）， ……您想想，李自成不仅仅是南明的敌人，他更是大清的敌人。……（附二）

　　在史可法的回信中，史可法反复强调二点，一是弘光朝廷的合法性，史可法在信中说弘光朱由崧是“即神宗（万历朱翊钧）之孙、光宗（泰昌朱常洛）之子，而大行皇帝（崇祯朱由检）之兄也。名正言顺，天与人归”。二就是史可法愿意和大清“联兵西讨”，然后南明和大清两国世通盟好。
　　史可法回信的软弱态度，更加坚定了多尔衮出兵南明的决心。
　　北使后南明的军事、政治
　　南明北使团失败后，南明朝廷有许多官员已经看到了满清的野心，他们认为南明应该积极做好应对准备，沈廷扬给弘光朱由崧的奏书中说：“我督办水务多年，有一百多艘船，这些船都是大船，每艘船都可以容纳二百多人，若能组建水师，只要加以简单的训练，就可以作战，这样一来我们南明就有二万多人的水师，这样一可以加强长江的防卫力量，二可以由海路出师北伐。组建水师这是一举多得，百利而无一害，何乐而不为呢。”可是朱由崧并没有接受沈廷扬的建议，他就是不为，你有什么办法。朱由崧拒绝组建水师，是有原因的，组建水师是要花钱的，朱由崧把钱花在吃喝玩乐上他原意，花在国防上他一点也不愿意，朱由崧不爱人民，他只爱人民币。

　　沈宸荃也上书说：现在一定要防着大清（以防虏为实着），现在的情况是满清对南明的威胁比李自成对南明的威胁大得多（虏势已急，贼势已稍缓也），现在南明应该处处提防满清。
　　可是大好人史可法现在还在犯着错误，史可法认为：如果南明和清朝为敌。大顺必然会同清朝结为联盟，那时候南明就有两个敌人。不如先于大顺争取到与清朝合作的机会，共同对付李自成。
　　其实单从军事和经济实力上讲，南明是占优势的，首先南明统治的地区是当时中国经济最发达的南方，其次南明各地将领手中的兵力也相当可观。但是南明各地的军队都成了各地将领扩张自己利益的工具，他们不敢和清军、大顺军打仗，但是在南明军队打南明军队上（为争夺利益私斗时），他们从来都不含糊。许多当时的文人留下的书稿，都清楚记录了南明军队私斗，而老百姓遭殃的场面。

　　南明的各地将领不敢收复土地的时候，打的都是“粮饷牌”，他们都以没有粮草和军饷为名，不原出师北伐。他们说：“就知道让我们去打仗，朝廷又不给钱，现在是经济社会，没钱谁给你去卖命（但知催兵，不为计饷，天下宁有不食之兵、不饲之马），想让我们出兵打仗，先拿钱来，你出钱我办事。而实事上，各地的军队根本就不缺粮饷，南明朝廷拨给各地军队的粮饷是非常充足的，再加上各地将领驻守地的赋税大权都归了各地的将领，他们怎么可能没有粮饷呢。没粮食，这纯粹就是上坟烧报纸——糊弄鬼呢。

　　弘光政权在军事上毫无作为，但军费开支却极度膨胀，而这些军费都去哪了？事实上这些军费都进了各地守将的腰包，各地的守将都大兴土木建造自己的超级别墅，刘泽清建造庄园的豪华程度不亚于皇帝的宫殿，据说当年史可法微服出访到了刘泽清的驻地，正赶上刘泽清捉壮丁，可怜的史可法就被捉走了，后来刘泽清去工地检查，史可法扔下手中的活，大叫：“泽清兄弟，泽清兄弟，快来救救我，我在这都干了三天活了。”如果当时刘泽清想整史可法，来一句我不认识您，估计史可法连死的心都有了。

　　就在刘泽清建造自己超级别墅的时候，黄得功和高杰正打得不可开交，不知道的还以为黄得功和高杰在搞联合军事演习呢，其实这是黄得功和高杰在争夺扬州。北面既有李自成的叛军；又有满清的军队；西边还有张献忠的军队。二狼一虎都虎视眈眈地看着南明，南明的将领们还有心情来自己人打自己人，真是服死他们了。
　　黄得功和高杰私斗的经过是这样的，有一次黄得功的好友兼亲戚黄蜚要进京面圣，正好走到高杰的驻地，黄得功带着三百人前去相见，就是这三百人坏事了，高杰认为这是黄得功来抢地盘来了，于是杀出，结果杀了个黄得功措手不及，仅黄得功一人活着逃了出去，高杰发扬了痛打落水狗的精神，追着黄得功打，结果追到黄得功的地盘上，黄得功发动了反击，高杰损失了不少人马。于是黄得功和高杰都准备了所有的家底，打算和对方拼了。最后还是史可法出面和稀泥，说了一通都是误会，互有损伤就算了之类的话，就这样高杰和黄得功的大战是免了，但是两方的小冲突从没停过。