郑庶吉士的同学，一甲状元文震孟修撰可能看到天启皇帝对于工程的特殊兴趣，所以上了一封奏折，告诉皇帝不要干那个、应该干这个、不要那样干、应该这样干。皇帝看了之后就没下文了，直接“留中”了。这个留中，也就是我看了、我知道了，但是我什么也不说，连回骂都不，直接不理你。所以初入仕途就碰了个软钉子的文同学很不爽，但是他没想到郑同学比他还不爽，你皇帝怎么能这样呢？人家说的对你倒是听啊，人家说的不对你倒是反驳啊。所以跟着就在天启二年十月上了一封《谏留中疏》，大意是：“留中很不好，文哥说的对。动不动就留中，你也不看看都什么人才留中啊？武宗和神宗！那是权臣奸佞当道才那么干的！还有，皇上你刚登基没几年就养成了两个毛病，一个是内监排斥直臣，一个就是还没被排斥的直臣上书你连回都不回，不用问，肯定是有坏人撺掇。我是新来的，本来这话不是该我说的，但是他们都不说所以我也就说了。对了，我最近不忙，赶紧给个回话啊。”总之，这封奏疏的语气不算很客气，表达不算很婉转，引经据典不算很含蓄，有点儿愣。但也不新鲜，郑家有这个传统。早在万历三十六年郑鄤时任工部主事的父亲郑振先就上过一封《直发古今第一权奸疏》，矛头直指当朝的两位内阁大学士朱赓、李廷机，后直接被一脚从帝都北京踢到了四川永宁。

　　当时死太监魏忠贤炽焰方兴，郑鄤奏疏中所谓的坏人，也就是他了。那个时候的魏忠贤虽然已经得势但还远没有天启六年陷害杨涟、左光斗等六君子时的权倾朝野爪牙密布，也远没有那么权势熏天嚣张跋扈，而贸然干掉这个两位进士的儿子、侄子、两位大学士的外甥、外孙子、礼部尚书的女婿显然是不明智的，因此魏忠贤忍了，但如果就此放过他，魏忠贤也就不是魏忠贤了。所以奏疏上去了，郑鄤就出去了——削职降级回乡候补。才进士登科没几个月，连翰林院还没转悠熟呢就回家了。当时的内阁首辅官场老油条叶向高对此很惋惜，劝皇帝这不过是书生意气心法古人而已，不管用，郑鄤该走还得走。

　　其实那个时候登科中第真的不是什么好事儿，相反卷铺盖回家也未必就是什么坏事儿。原因很简单，天启那几年，确实不好混。如果郑鄤这次没说话也没走，挺到看见那位要求将魏太监列为圣人的国子监陆同学的话，还不定怎么着呢，或许就是“七君子”也未可知。
　　天启六年，杨涟左光斗遭魏忠贤诬陷入狱，郑鄤同情之余作诗咏叹，遭人告发削官为民，这回连“候补”都没资格了，在天启朝算是被彻底“击沉”了。原本这就算完了，但当时的魏忠贤已经今非昔比，早就不用在乎那些尚书、大学士之类的文官了。这里或许可以说，尽管史籍没有明文记载，但郑鄤还是遭到了或许“不太专注”的追杀的。因为在阉党所列的《东林点将录》中郑鄤也名列其中，“地异星白面郎君翰林院庶吉士郑鄤”是也。好在郑鄤还算机警，没等魏忠贤的人到直接就跑了。先到江西，一看形势不对，接着跑到了广东，在外一躲就是三年。

　　崇祯元年，死太监死了，郑鄤回到了家乡。和他先后被贬的“地文星圣手书生翰林院修撰文震孟”当年就回京官复原职了，而后接连晋升侍读、左中允、右庶子、少詹事直至内阁大学士，而郑鄤在崇祯皇帝登基之后曾经被召回京城复职，很快便因父丧丁忧又回家去了，继而母亲去世（疑为就是那位被他“杖”了的继母），继续丁忧守制，直到崇祯八年才正式回归官场。

　　但是崇祯八年的官场已经和他当初也并不熟悉的官场不一样了。早八年回朝的文震孟在前期一帆风顺之际锋芒毕露，关说人情、插手人事，甚至到了“片纸灵于敕语”的地步，为此得罪了温体仁。同年进京的郑鄤也因为言语得罪了温体仁，事儿就大了。而当事者或为了孤立郑鄤的老丈人孙淇澳，或为了借此打击文震孟，或为了打击复辟的东林党，把突破点选定为郑鄤。

　　出身高干家庭，连早期魏忠贤都敢拐着弯儿骂的郑鄤向来不大鸟地方官，“居乡多不法”把柄自然不少。而要对他这种人一击致命的话，一般的抢棒棒糖、吃霸王餐之类的由头是不够的。于是“系于狱”，郑鄤稀里糊涂地就进去了，好在进的是刑部大牢而非锦衣卫诏狱，但这一关就是三年没动静也没人理了。
　　要说这位郑鄤确是才子，以至于当时的北京警备司令吴孟明把两个孩子送到刑部牢房受教于他。郑鄤先讲了一课，父子三人拍手称赞，于是命子辈潜心就学于郑鄤（这倒省事儿了），此二子后来竟由此登科中第。所以这位吴孟明对于郑鄤非常推崇，当然由于工作原因照顾起来也非常方便，据说他一个人在狱中的伙食费已经达到了每天“六金”，吃得比皇帝都不差。后来，京师大旱，皇帝下诏各部门“陈弊政，宣冤抑”。吴孟明认为这是为郑鄤伸冤的机会，便上奏皇帝，本部门的问题自有法司衙门平允，我不敢插手，但郑鄤幽禁已经三年了，应予释放以应天和。说实话，郑鄤死就死在他的手里了。如果没有他自作聪明的善意提醒，已经被下狱、对任何人没有任何实质威胁的郑鄤或许就被忘了，或许就能躲过最终的悲剧。这一下，皇帝忽然间想起来了，嗨！这儿还放着一个郑鄤呢！但那已经是二十多年前的事情了，于是命令常州府在京的人员秉公回话。当时在京为官的有刘光斗、刘呈瑞、王章正三个常州人，刘光斗母亲新丧回籍丁忧，剩下刘、王二位得知皇帝谕令后真发了愁，一个是内阁首辅温体仁，一个是从未指实罪名的同乡，思来想去，这汪浑水趟不起。刘呈瑞回奏皇帝：“臣出身官宦世家，六岁开始念书直到二十岁中第，很少离开过书房。郑鄤的事没怎么听说过。”王章正也回奏：“臣出身布衣农家，在常州的住所离着县城百十里地，郑鄤的事是官宦人家的内廷家务，臣身处草泽没有亲眼见过。”而这个时候另一位老乡出现了，一个“背后插一刀”的“老乡”，同是常州武进人的中书舍人许曦上书弹劾郑鄤“杖母奸妹”。皇帝下令，审。

　　初审由刑部尚书冯英主持，查明事实是“假箕仙幻术，蛊惑伊父郑振先无端披剃，义假箕仙批词，迫其父以杖母”，结论是“事属影响，言出谤忌，革职太轻、遣戍太重，惟候圣裁”。应该说，“杖母”事件确实是郑鄤的错误。即便他的继母虐婢确实应该予以惩处，即便他顾及家门声望不愿行诸公事，他也不该亲手执杖，无论如何就算是继母作为子辈也不应该以杖加之，这就是错。因此冯大人的这个初审结论还算客观，审问方法也很客气。而崇祯皇帝的另一性格特点在此案件中又得以充分体现——“刑杖未加，不得实情指驳”命令发回重审，这位冯大人也被罢官。有了冯英的例子比着，继任者就不那么客气了，丝毫不讲情面上来就严刑审问。其实他们这样不讲情面大概也有忤逆罪名法律从来没有轻纵的原因在里面，他们认准了郑鄤起不来了，如果坐实了案件，甚至郑氏一族都要因此受到影响也未可知。不知再审人员向皇帝报告了些什么，但皇帝认为亲属还没有当面对质，所奏拟议仍然粗疏案件还不能结。但这一回，郑鄤被关到了锦衣卫镇抚司的诏狱。郑鄤所涉“杖母奸妹”罪名，“杖母”的事郑鄤一开始就承认了，有这么回事儿。至于“奸妹”，完全是莫须有，所以郑鄤最终也没有招认，也因此在锦衣卫诏谕里吃了很多苦头。

　　狱中的郑鄤也展开了一些自救，花重金打通了国丈周奎的关系让皇后去说情。一日见到皇帝后，皇后说听说常州有个郑鄤，还没说完就被皇帝打断了，你在宫中怎么知道了郑鄤？一句话就噎了回去，皇后无话。
　　崇祯十一年八月初六，案件所涉男女老幼全部被押于公堂之上当堂对质。最终的审理结果是，大辟。
　　后郑鄤由崇祯皇帝亲自下旨，凌迟，剐三千六百刀。
　　凌迟袁崇焕的一幕又出现了，京师人争着买郑鄤被割下的肉做药引子，以至于时人叹曰：“二十年前之文章气节、功名显宦，竟与参朮甘皮同奏肤功，亦大奇矣。”