崇祯五年二月，熊文灿因功加兵部右侍郎衔，仍以右佥都御史身份总督两广军务兼巡抚广东。在此期间，海盗刘香趁红夷为患福建的机会接连进犯福建广东沿海。此时的熊文灿已经不是单管福建一省吃饱了不饿、杀光了不闹的地方官员了，东南沿海大半都是他的责任，而面对的也不仅仅是咸带鱼海盗，时不时地还有金枪鱼荷兰人跟着瞎掺和。首尾相顾之际捉襟见肘，奉有皇帝严旨申斥又眼见无力讨伐，穷极无奈之时又想起了招抚。但是这次天上掉下来的不是馅饼而是鸟屎，刘香根本就没想过投降。在熊文灿的命令下，从三品广西参政洪云蒸、正四品按察司副使康承祖、参将夏之本、张一杰四人一起登上刘香贼船宣示朝廷招抚谕旨，不出所料地肉包子打狗了。事后，熊文灿人性的阴暗面第一次展现出来，在给皇帝的奏疏中说那四个人是因为轻信贼人投降的许诺才误入贼船被俘的。这话不仅愚蠢，而且阴险。按照熊文灿的逻辑，四名下级官员“轻信”贼人在没有上级命令的情况下主动登船受降的唯一目的，也就是抢功了，而且是以违抗命令的方式去和上级抢功，这是阴险；四个人同时白痴症状发作“轻信”了敌人一起上贼船如果说是为了临时凑一桌麻将或者砸红一的话，那么洪云蒸参政必定是不会去凑这个手儿的，因为之前他曾经亲自带人在广西搜捕并干掉了刘香三十多个人，他去受降只能是激化矛盾，这是愚蠢。所以这种p话在人精云集的朝廷里很自然地引来一片唏嘘，给事中硃国栋上疏弹劾，一下子扔进去四名朝廷中级官员的熊文灿总督被降级留任戴罪立功。直到崇祯八年，金牌打手郑芝龙会合广东明军在福建田尾外海夹击刘香，被海盗用作人质胁迫明军退兵的广西参政洪云蒸大呼“我矢死报国，急击勿失！”后遇害，好汉子！刘香兵败投海自尽，被俘后一直裹挟贼中的副使康承祖、参将夏之本、张一杰等三人被救回。

　　熊文灿在两广福建为官多年，厚积财货，同时以重金广结权贵，以谋求在那个山高皇帝远又有沿海工商鱼盐之利的地方多待些年。福建田尾获捷干掉刘香后，由于之前失陷四官时熊文灿的信口雌黄满嘴胡喷，崇祯皇帝对他的捷报并不完全相信，派了个太监假借采办贡物的名义前往其两广治所窥探。对于这个内廷太监熊文灿总督给足了面子，亲自迎迓热情款待，酒酣耳热闲谈之际拍案而起直斥中原诸臣玩寇误国。本来这是哪儿说哪儿了当不得真的酒后戏言，但这位貌似非常正直的太监当真了，就此认定非熊文灿不足办贼，在说明了自己的来意之后表示将向朝廷隆重推荐他这位经天纬地定国安邦的盖世奇才。酒醒了，熊总督吓坏了，但他毕竟是官场老油条，赶紧着又抛出了“五难、四不可”的论调，装疯卖傻以鄙薄浅陋自污。只是已经晚了，正直太监回京就把熊总督给举了。

　　崇祯十年四月，熊文灿被调离两广，以兵部尚书衔兼右副都御史，代替王家祯总理河南、山西、陕西、湖广、四川、南畿六省军务。但是熊文灿也并非孤身一人。早年蛰居湖北时结下的姻亲姚明恭素来和杨嗣昌关系很好，而杨嗣昌正深蒙圣眷言听计从，在朝堂上是位一呼百诺说一不二的角色，也知道皇帝急于剿灭流寇平定内乱。他当然希望有个得力的自己人出面把事情办妥了，这样一来不仅自己在皇帝面前会更有面子也能够培植自己的有力党羽，所以和姚明恭一拍即合，在太监举荐之后又以内阁大学士的身份向皇帝隆重推荐了熊文灿。这样，熊文灿出兵上任之前就已经有了一个强有力的内援。所以他和卢象升不同，他不是一个人。

　　明代重文轻武，因此文官大多轻视武将，甚至后期出现过以正六品通判文官监军从二品副将武官的事情。而出生入死阵前杀敌的武将们对于既无缚鸡之力又无杀鸡之胆的书生文官大多也不怎么客气。所以对这位白面书生科举进士出身、养尊处优诗词歌赋起家的“总理六省讨贼军务大臣”，至少常年在前线上马杀贼、下马抢民的左良玉是不怎么当回事儿的，而他的部下也和熊文灿招募的广东部队不和，经常内讧不断严重影响战斗力。或许是作为听命的交换，踌躇满志又举步维艰的熊文灿走了招臭棋，他居然直接遣返了广东兵，这样一来原本就“待价而沽”的左良玉立即发现自己“奇货可居”，更不买账了。这里插一句，部下之间的矛盾，对于很多领导而言本身就未必是件坏事，但是从官场一路摸爬滚打上来的熊文灿居然没有尝试对此加以利用，或许又自知威不足以服众也没有尝试斡旋，直接采取了消灭争执一方来平息争执的办法，这不能说是高明的。但“朝中有人好做官”，毕竟言之不虚。左良玉不听命、广东兵回家了，眼看熊总理就要坐地变成光杆司令，这个时候“内援”的强大效用立即显现，杨嗣昌又为他送来了冯举、苗有才两名将领及其所属的五千人马。

　　当时是崇祯十年四月，正值杨嗣昌“四正六隅”十面张网、拉开架势多省追剿兵锋正盛的时候，各路流寇对于朝廷的此次重大举措无不畏惧。此时，熊文灿得用，继而受命总理六省讨贼军务，一时间，要人给人要钱给钱。上任伊始熊文灿就上书请命，要求把百姓粮草都迁到城内，流寇到来时无所掠夺自然就退了。远在北京的崇祯皇帝不干了，这都什么啊？这才哪儿到哪儿啊？虽说兵家有“未料胜，先料败”的说法，但您这块料“料”得也太早了点儿吧？所以“帝怒，谯让文灿”。杨嗣昌此时也有点儿后悔了，吹得蛮大的啊，怎么刚到任就来这么一手儿？但是用也用了，没办法，只得在皇帝面前曲为解释。在又给熊文灿加派了六千兵马的同时告诉他办事靠点儿谱。但毕竟明军势大，接二连三增兵加饷，所以借着这股大风，剿匪明军诸将打了几场大胜仗，也就是在这个时候张献忠本人及其匪众被左良玉所部重创。熊总理眼看着一群不懂诗律不通典籍不明经史不习八股的粗人们刀砍斧剁厮杀建功，急忙喊停——又开始招抚了。为了显示他个人的诚意甚至以总理讨贼军务大臣身份下令“杀贼者偿死”，这是杀贼偿命的意思了，既然被贼杀没命、杀贼还得偿命，那谁还玩儿命啊？

　　作为业绩，熊总理先后招降了近日来连吃败仗的“八大王”张献忠部、“曹操”罗汝才部和刘国能部，以及惠登相、王国宁、常德安、杨友贤、王光恩、一丈青、小秦王、一条龙等诸部流寇，形势貌似一片大好。锦上添花的是，闯将李自成的好运似乎也走到了极限，其在陕西被洪承畴督率孙传庭、曹变蛟等部大败于南原，仅有十余名骑兵随他突围而出，再往后一年的时间里闯将消失在各种记载中，谁也不知道他跟哪儿眯着呢。一切貌似都很好，眼看为患中原十余年荼毒生民无算的流寇之祸即将彻底扑灭，成功在即——如果没有崇祯十一年年底的那次伪清入寇的话。在那场凛冽的北风中，原本打得各路流寇满地找牙胡说八道的明军名将们大多被紧急召回京城入援勤王，包括熊文灿下辖直属京军和左良玉所部的。同年十二月，卢象升大人于河北巨鹿阵亡，这是明帝国和伪清正式交战以来第一位战死沙场的高级文职指挥官。不幸的是，卢大人并不是最后一位。那次的伪清入寇明帝国损失巨大，敌人攻掠城池数十，焚毁乡邑无算，包括济南那样的城市都被攻陷劫杀一空。但对于帝国而言真正致命的还不在此，由于抽调剿匪部队入援京城造成的实力真空在短时间内无法有效弥补，原本对于已降各贼的有力威慑消失了。崇祯十一年十一月底，马士秀、杜应金降而复叛，崇祯十二年三月，左良玉部回归建制，当月，大破复叛流寇再次逼降马士秀、杜应金。崇祯十二年五月，张献忠复叛于谷城，罗汝才部继而九营复叛响应。同年七月底，左良玉冒酷暑出兵追剿张、罗部流寇，遇伏兵败，熊文灿招抚终告失败。至此，内忧外患交替攻逼之下，一通折腾下来，“剿”是“剿”不成了，“抚”也没有最终“抚”住，所谓“四正六隅”之策算是彻底瞎了。

　　顺便说一句，此次全国张网，新动员的兵力是十二万，新增的军费是二百八十万，著名的“剿饷”和“练饷”就是这个时候出台的，加上原有的税赋，大明帝国的臣民们一年的总税负在两千三百万两白银上下。就这么扔了。
　　从崇祯十年四月受命总理六省军务，到崇祯十二年五月张献忠复叛、同年七月左良玉遇伏兵败，折腾了两年多，多次、甚至在五个月之前还憧憬着熊总理画的那个比月亮还大的饼却连个面渣儿也没吃上之后，气急败坏的崇祯皇帝下令将活宝总理熊文灿逮捕回京。昔年的太子属官詹事姚明恭已经于两个月前也就是崇祯十二年五月以礼部尚书身份拜东阁大学士，正式进入内阁成为宰辅一级的中央高官。但即便如此，他对于营救熊文灿或许做过些许努力，也最终无果而终。值得注意的是，多种文献几乎都没有杨嗣昌出手搭救的记载。熊文灿被关押了一年多，于崇祯十三年十月被执行斩首。

　　这里说一下小秋对于熊文灿所涉人、事的几点浅显看法：