崇祯五年夏，杨嗣昌加右佥都御史衔提督军务，巡抚永平、山海关等地。此间发生了一件事，使得本与阉党毫无瓜葛的杨嗣昌得罪了东林党。事情的起因是这样的：在崇祯朝初期的“大报复时代”，时任兵部侍郎郭巩因魏忠贤逆案被贬戍广西，当时有人为他鸣冤，杨嗣昌代其伸冤上奏于朝廷，遭到东林党人言官给事中姚思孝（插句题外话，这人书法厉害，他的字现在一副卖好几万呢）严词驳斥。自此杨嗣昌始与东林不睦。这只郭巩，河北迁安人，天启初年任户科给事中，因弹劾熊廷弼被贬官，至熊廷弼事败传首九边后起复。此人曾经弹劾过因阉党之乱殉难的杨涟，一起被弹劾的还有周宗建、刘一燝、邹元标、周嘉谟、周朝瑞、毛士龙、方震孺、江秉谦、熊德阳等数十人，一并扫为“熊廷弼余党”欲一网打尽以献媚魏忠贤。当然作为回报，这家伙很快就被独揽朝政的阉党提到了兵部侍郎的位子上。这样的一个人，说他是“阉党”真的不冤枉，这样的一种处理，说成是宽容，也真的不过分。我非常奇怪，为什么这种货色仅仅就是个贬戍呢？“大报复时代”的东林党人真的忙昏了头把他给漏了？后来，伪清入寇攻陷迁安，郭巩没有像以往常见的那些罢官归乡的大臣们一样抗敌死节，跑了。其实跑了也就跑了，面对穷凶极恶来势汹汹的辫子们十余万勤王大军都奈何不得，他一个两手空空的前兵部侍郎又能要求他怎么样呢。但这只阉党余孽的无耻本性再次爆发，刚刚躲过清兵屠刀居然紧接着就给朝廷上了一封《却聘书》——他也配？不出所料地遭到以兵部尚书梁廷栋为首的朝臣驳斥，本已忘了它这个茬儿的东林们忽然想起来这儿还放着一只郭巩呢，将其下狱论了死罪，此时杨嗣昌以巡抚身份出面替他喊冤求情，所以捡了一条命，充军遣戍去了。奇怪，为自己失职流放的亲爹求情都没能恩准，为阉党余孽求情却一求一个准，崇祯皇帝这是怎么了。但杨嗣昌因为回护这个毫无利用价值的阉党余孽也就从此公开站到了东林党的对立面上，以至于日后入阁时遭到以黄道周为首的东林党人的极力反对。不明白杨嗣昌这样做的动机，他的父亲杨鹤在天启朝曾经因为回护熊廷弼而遭到魏忠贤报复罢官，直到崇祯朝才起复，他本人在阉党权势熏天的天启朝也没有跟着掺和，这样的一份身家背景在东林党人看来本来是极其清白的，甚至是可以引为朋党的“根正苗红”，但他却在阉党挨着个儿地翘辫子的崇祯朝趟了这么一汪浑水。因此，崇祯五年杨嗣昌的这一手彻底惹翻了与之本无嫌隙的东林党，为自己日后的道路树立起了一个强大的敌人。

　　崇祯七年秋，拜杨嗣昌为兵部右侍郎兼右佥都御史，总督宣府大同山西军务。这个时候孝子杨嗣昌仍然不忘流放江西袁州的父亲杨鹤，上书皇帝说臣父因总督任上失利流放江西已经三年，现在我又有什么心情来做总督呢。这是第四次替父求情了，对这位孝子兼忠臣，皇帝很欣赏很客气地做了一番抚慰，但是想放了杨鹤？甭废话。小秋冷眼旁观，如果排除杨嗣昌思念远戍在外的父亲的因素之外，此举其实大可不必。原因太简单了，以他当时的品级官衔实权而论，他父亲杨鹤干什么都吃不了苦受不了罪，在哪儿“贬戍”当地巡抚一级的高官不得远接高迎？谁敢真拿他当个小p兵使唤？即便排除他这个高官显贵的儿子的因素，曾经的中央级高官从二品兵部右侍郎兼三边总督因罪贬戍，谁知道这家伙会不会再起复？这是明摆着的事儿。

　　当时中原因连年用兵加上干旱，大量农民流离失所，大片土地颗粒无收，群盗蜂起，民不聊生，兵也不聊生。所以很多明帝国正规军士兵因无粮欠饷而加入到了自己原本的作战对象——流寇的行列中，开始了抢掠。这些行伍出身的前正规军士兵的加入，让原本小打小闹抢个县城、砸个米店、只能欺负欺负拿绳子的衙役、碰到提枪抄刀的明军调头就跑的流寇有了质的变化，对于其战斗力起到了显著的提升作用，从此流寇也开始和明军野战了，偶尔也开始追着小股明军跑了。为此，杨嗣昌在上书请求开金银铜锡矿以安置流民瓦解盗寇后，六次上书陈说边疆军事，而且头头是道非常专业。这样一来，原本就对这位三次请求代父受罚的孝子刻意提携多方磋磨的崇祯皇帝更加坚定了自己的看法——这是个孝子，更是个可堪大用的人才。不巧的是，恰在此时杨鹤故去，杨人才不得不丁忧回籍，紧接着继母故去，杨人才继续丁忧。

　　崇祯九年秋，原兵部尚书张凤翼带兵出征抗击清兵途中服毒自尽。崇祯皇帝环顾左右，看看这个摇头，看看那个也不如意，忽然想起来了，那儿还一大孝子兼大才子杨嗣昌跟家里猫着呢，马上召回来！但是大孝子不能是白叫的，三召三辞推脱了三次——臣心里还很悲痛呢，这个时候怎么能够远去呢？皇帝要此不孝之子又有何用呢？反正就是不来。皇帝非常理解，但仍旧不答应，应该移孝作忠啊，回来吧。在双方心照不宣地往复遛了三趟跑腿太监之后，杨嗣昌终于回来了。但是即便回来也不能走得太快，秋天下的谕旨，直到转年三月杨嗣昌才磨磨蹭蹭恋恋不舍地离家回到了京师。这是传统套路，双方都心知肚明，可祖宗就是这样定的规矩。当年凶猛强悍如万历首辅张居正也因为丁忧夺情被一群唧唧歪歪的小破言官折腾得七荤八素颠三倒四，如果不是皇帝出手帮忙打架张大首辅弄不好也就“丁”在那儿了。所以说假如一道谕旨就回来，那显然是重利忘义刻薄寡恩，假如推脱三次之后，当月就屁颠儿屁颠儿地颠儿着回来了——组织上准备怎么安排我？那更是滑稽。所以必须推脱，也必须推脱三次，还必须慢慢地走。顺便说一句，此次杨嗣昌夺情，照例遭到了东林党人的交章弹劾，什么“大逆不道”、“忘亲悖伦”、“不祥之人”，总之什么难听骂什么，而这个茬儿直到两年后的崇祯十一年七月还被何楷、黄道周等东林们拿来说事儿。只是熟谙套路的杨嗣昌料知必然有此一手因此也早就预留了地步，三次推脱之后才慢慢地走，做足了文章，所以东林们骂过一时也就算了。但是，从崇祯四年以从三品右参政衔整饬山海关兵备到崇祯九年拜为正二品兵部尚书 ，一个三甲末名同进士六年的时间升了三级，应该说升的快了点，这和当年上书代父受罚而在皇帝心中树立的孝子形象应该有直接关系。中国传统道德和现在提倡的东西正好相反，那时的中国人认为，忠臣必出于孝子，奉亲不孝必不能事君以忠。所以这个“孝”很重要。而家居丁忧期间的杨嗣昌也没闲着，毕竟是进士出身，他原本就才思敏捷文笔极佳，又充分地利用了这个时间博览群书遍识先朝旧事。而晚明士大夫大多空言无物华而不实，谈起春秋大义孔孟先师头头是道口若悬河，言及粮谷钱赋安民御敌瞠目结舌不知所云。此时忽然冒出个杨嗣昌来，既是进士出身又有广博的课外书籍阅读量还做过外任官有丰富的实践经验，所以几次召见奏对之际方略有加规划有术，忠孝有余锐气尽显，崇祯皇帝惊喜之余大加赞扬：“恨用卿晚。”之后，言听计从，所奏无不准。不知这算不算是“因言幸进”。

　　就在这个时候，杨嗣昌正式向皇帝提出了那个著名的“四正六隅”剿贼方略。即“以陕西、河南、湖广、江北为四正，四巡抚分剿而专防；以延绥、山西、山东、江南、江西、四川为六隅，六巡抚分防而协剿；是谓十面之网。而总督、总理二臣，随贼所向，专征讨。”——这是个宏伟的计划！大的方向也是对的，不可否认。因为之前的各路剿匪明军大多数情况下都在各行其是，偶有协调配合也只是在朝廷直接命令或者地方高级长官的督导下临时进行的。这样各扫门前雪的方法对付机动性极强、破坏性极大的流寇显然是力不从心的，因此明军累次小胜之下流寇之祸逐渐糜烂开来。杨嗣昌清醒地认识到，流寇之祸蔓延多省，要根治流寇也必须从全国大局上着眼，通过各路明军多方配合协同作战才能从根本上穷尽流寇。这是对的，皇帝当然也非常赞同。而后，他向皇帝隆重推荐了“讨海贼有功”又自称足以“办贼”的两广总督熊文灿，熊总督这个牛吹大了，但是朝廷不管那些，正愁没人顶缸呢，何况又有新贵杨嗣昌的举荐，就是你了！命令以熊文灿代替驻节河南的王家桢。

　　为了落实这个宏伟的剿贼方略，杨嗣昌计划增兵十二万，增饷二百八十万。他同时给出了四个筹措饷银的办法：在原有的基础上，向地方百姓加派缴粮任务，此其一，名“因粮”，每年增加税收一百九十二万九千多；因为日久年深，土地从属及其区划早已变更，朝廷应重新核实民间土地计量征税，此其二，名“因地”，每年增加税收四十万六千多；允许有钱富民以现银捐监生资格，此其三，名“事例”，后受到朝野猛烈抨击，一年就终止了；从此前裁撤驿站省下的银子中直接拨二十万做军饷，此其四，名“驿递”。这四招，第四个没说的，从国库里掏银子是正项，另外三个办法，也就以重新核实民间土地计缴税赋为主的“因地”还靠点儿谱儿。