同年，流寇进攻河南西南部的淅川，此地地处河南、湖北、陕西三省通衢，战略地位极其重要，由于左良玉坐视不救致使城池陷落。同时，山西总兵王忠率部驰援河南，路上说自己得病了没法继续进军，紧接着全军鼓噪而归。杨嗣昌这个气啊！刚弄了个十面张网四正六隅的方略，下面就这样瞎胡闹，必须刹住这股风。于是他请抓捕并干掉“失事诸帅”以整肃军令。注意这里的这个“诸”字，包括坐视城陷的左良玉。但处理结果是，王忠和前山西总兵张全昌逮捕入京。至于左良玉，因为在六安大破流贼，所以革职处分戴罪立功。此时的杨嗣昌对时局深有体会，没有一个得力的自己人在前敌压阵终究不行。而他的“自己人”又确实不大“得力”——到任后的熊文灿力主抚议和之前说的满不是那么回事儿，这就是前文所述熊总理的“杀贼偿命”和“坚壁清野”。但骑虎难下的杨嗣昌不得不为熊文灿辩解，又和皇帝海聊了一通方略，最终的结论是“期三月尽诸剧寇。巡抚不用命，立解其兵柄，简一监司代之；总兵不用命，立夺其帅印，简一副将代之；监司、副将以下，悉以尚方剑从事。”云山雾罩中的崇祯皇帝总算是被他唬过去了，暂且放下了熊文灿的茬儿，同意了杨嗣昌崇祯九年十二月到崇祯十年二月为灭贼之期的计划。

　　当时，流寇大量涌入四川，朝臣大多指责洪承畴纵敌。杨嗣昌便对皇帝说：“熊文灿到任刚刚三个月，而洪承畴就任七年仍然没有解决问题。朝野清议对熊文灿多有指摘，而很少有人对洪承畴纵敌入川有所非议。”这个话说的就太明了，向以聪查自诩的崇祯皇帝知道杨嗣昌有意左右自己以罢斥朝臣，勃然变色说：“督、理二臣但责成及时平贼，奈何以久近藉之口！”杨嗣昌没话了，也不敢接着说了。但前线的熊文灿却一刻也没有停下愚蠢的脚步，全国搜刮得来本为剿贼的饷银都被他悉数用以招抚流寇了，换句话说，这是资敌。皇帝原先可能也考虑到了这手儿，所以事先派了一名侍郎来监督落实专款专用，但这种事儿朝野皆知皇帝自然也知道，皇帝都不说话，侍郎自然乐得不得罪人。

　　崇祯十一年三月，杨嗣昌以灭贼逾期引咎辞职，皇帝不许，同时命令他考察此间诸臣功过，这问题就大了。他杨嗣昌本人就是最大的直接责任人，不提他的事儿，反过来让他这个在北京坐办公室里满地图贴小旗儿的去考察跟前线追着流寇后边儿拿刀猛砍的，谁能服气？杨嗣昌能。总觉得他这个“引罪”很有些客气的意思。就像我们在餐馆里吃饭时上菜的服务员不小心弄脏了旁人的衣服，说声“对不起，要不给您洗洗？”，还能真让你洗啊？但是杨嗣昌客气过了，也就过去了，这事儿不提了，既然皇帝让他考察诸臣功罪，他就真大模大样地给皇帝上书说：“洪承畴专办陕西流贼，而贼往来陕西、四川自如，无论剿抚都无功可言，不免有罪；熊文灿总理督剿河北、河南、湖广流贼，招降刘国能、张献忠，战舞阳（京军将令黄得功干的）、光山（左良玉辖下刘国能干的），剿抚都有功，应该免罪；河南巡抚常道立、湖广巡抚余应桂、陕西巡抚孙传庭、陕西巡抚宋贤、山东颜继祖、保定张其平、江南张国维、江西解学龙、浙江喻思恂有劳，郧阳戴东旻无功过，凤阳硃大典、安庆史可法还应该继续鞭策以期建功。河南总兵左良玉有功，陕西曹变蛟、左光先无功，山西虎大威、山东倪宠、江北牟文绶、保定钱中选有劳无功，河南张任学（前文所述那位主动要求文职转武职的）、宁夏祖大弼无功过。洪承畴本来应该逮捕入京听勘问罪，但深得军民爱戴，所以请削去宫保、尚书衔，以侍郎衔行事。曹变蛟、左光先降五级留任，和祖大弼一起限期五个月平贼，逾期与洪承畴一起逮捕问罪。硃大典降三级，史可法戴罪立功。”皇帝诏准。

　　杨嗣昌始终庇护熊文灿，但熊文灿确实不知兵事，能不打尽量选择不打。在前线剿贼明军几次大捷之后成功招降刘国能、张献忠，自此更加坚定了招抚的决心。尽管先前还觉得“这事儿或许不对”，但招降刘张二部流寇后，杨嗣昌对熊文灿的招抚策略也就转变为默许并全力支持。从此杨嗣昌本人也不再提及所谓十面张网之策了。当月的一次例行经筵后，杨嗣昌对皇帝说了一通诸如“善战服上刑”的话，皇帝怫然诘问说：“今天下一统，并非战国兵争比。小丑跳梁，不能伸大司马九伐之法，奈何为是言？”又让杨尚书碰了一鼻子灰。我估计，对于和关外的敌人互市甚至和议的事情崇祯皇帝是持默许态度的，但终究没有明确表态。所以具体操作的执行人杨嗣昌心里又急又恨，因为没有皇帝的首肯任何人都能够借此弹劾自己误国卖国。而杨尚书当时原本的意思或许是借着孟子的这句话公然引出和议的话题，然后挖个坑给皇帝跳，让皇帝公开认可此事，但没想到皇帝比他想象的难糊弄一点儿，根本就不搭这个茬儿，一开口就被顶了回去，口子封得非常严，黑锅自己还得继续背。

　　当时的明帝国内有糜烂十省流寇之患外有旷日持久北疆之忧，作为朝廷宰执的杨嗣昌暗地主持和关外的皇太极联络互市。又赶上天有异象，皇帝为此减自己的膳食以修德，杨嗣昌借机援引汉代永平、唐代元和、宋代太平兴国等年间互市的例子去煽乎皇帝。目的和前文所述一样，力求得到皇帝的公开表态。但皇帝还没表态，言官们先炸开了，给事中何楷、钱增、御史林兰友相继上疏驳斥杨嗣昌的言论，皇帝不问。应该说这个时候的崇祯皇帝如果有允许开放东北边疆互市的意思是完全可以理解的。从外讲，互市既不是称臣更不是纳贡，何况以明帝国的发展水平而论一旦开放边境贸易是稳赚不赔的，所以互市并非完全不能接受；从内说，起自崇祯元年的流寇十年间祸乱华夏大半，此间为剿匪增加的各种捐派负担早已超过了大明臣民的承受极限，所以帝国也急需休整，哪怕只是停下来喘一口气呢。而作为大明臣子，即便官居兵部尚书如杨嗣昌，擅自主持和关外的敌人联络商讨互市事宜，如果没有皇帝的首肯或默许，那么一个“里通外国”的罪名随时砸下来都能要了他的命。

　　崇祯十一年六月，杨嗣昌改任礼部尚书仍掌兵部事，同时进位东阁大学士正式位列朝廷宰辅参赞机枢。杨嗣昌当初是夺情起复的，紧接着又夺情起复了总督陈新甲。给事中何楷、都察院御史林兰友和詹事府少詹事黄道周上疏弹劾诋斥，翰林院修撰刘同升、翰林编修越士春相继也上书弹劾。皇帝急了，各降三级留翰林。此时，杨嗣昌开始反击了——刑部主事张若麒上疏攻击诋毁黄道周，于是黄少詹事被降六级，和刘同升、越士春一起贬出京城。这里说一下，黄道周时任的詹事府少詹事是正四品，降六级后一个跟头就从四品京堂跌到了正七品。这一通下来又是降级又是贬戍，要换了一般朝代估计庙堂之上就此鸦雀无声一个个儿拖着鞭子耷拉着脑袋低头忙着“揣摩圣意”、“迎合上宪”了，但大明这个朝代的确不一般，大明的臣子更不一般。眼见几只鸡血淋淋地扔在那儿，仍然没有吓住猴子们，南京御史成勇、南京兵部尚书范景文等人再次上疏弹劾杨嗣昌。同样不出所料地遭到皇帝驳斥。杨嗣昌自此更加不屑于清议。

　　崇祯十一年九月，伪清入寇。同年十二月，卢象升大人阵亡殉国。
　　崇祯十二年正月，经过三个月惨烈悲壮的绝望战斗后，济南陷落，士民百姓屠戮殆尽。同年二月清兵北归。当月，给事中李希沆上疏：“圣明御极以来，北兵三至。己巳之罪未正，致有丙子；丙子之罪未正，致有今日。”这说的是崇祯皇帝即位以来的三次伪清入寇均因为没有处理责任人而导致了日后悲剧的重演，指的是杨嗣昌了。御史王志举上疏弹劾杨嗣昌误国而且还列了四大罪，请皇帝引用袁崇焕的例子处理杨嗣昌。皇帝的处理结果是：李希沆降级、王志举罢官。