当初崇祯皇帝用杨嗣昌时，本来就是特旨简拔而非出自朝廷公议，知道朝臣们必然会对此指手画脚，所以但凡上疏弹劾杨嗣昌的没有一个不严肃处理。但皇帝回护是“圣恩高厚”，杨嗣昌自己不能心里没数儿。更何况皇帝为了回护自己数次逐绌言官，因此尽自仍不屑于清流物议但杨嗣昌也几次上疏请罪，于是皇帝下令“落职冠带视事”，这比不倒翁左良玉左总兵经常享受的“降级留用，戴罪剿贼”还要轻松，而且没过多久杨嗣昌就又“叙功复之”，哪儿来的“功”啊？虽然杨嗣昌无功，但敌人长驱直入，焚掠京师帝撵祸及内地山东长达数月之久，大小七十余座城邑鸡犬不留，黑锅总得有人背。崇祯皇帝命令杨嗣昌议诸臣之罪，这是第二次越过杨嗣昌的罪责、无视他本人的失职而让他去“议”别人的罪了。同样大模大样的杨嗣昌议的罪分为五等：守边失机、残破城邑、失陷籓封、失亡主帅、纵敌出塞。这个有必要细看一下：先说第一条“守边失机”。作为边将，这个没话说。但此次敌人是从宣府大同经山西一线绕过山海关攻击前进的，而且动员兵力达到了十万的规模，这样的大动静，与之直接对垒的关宁军如果说事先一点风声都没有听到，是难辞其咎的；第二条“残破城邑”指的是坐视城陷而不顾的货色们，坐拥数万关宁铁骑在河南郊游对济南失陷见死不救的死太监高起潜就是典型例子，但他没事儿；第三条“失陷籓封”，这是没办法的事，那个被俘的“德王”是典型的要钱不要命的角色，济南危在旦夕之际仍不肯出钱犒赏死士激励士气；第四条“失亡主帅”，这个在明军中是普遍现象，初战不利往往就先退一阵，至于主帅是跟着一起跑还是扔给敌人那就是他老人家自己的事儿了，所以必须严惩以为后者儆戒；第五条“纵敌出塞”是指在敌人满载而归时没有进行有效的出击，窃以为这是最可惜的。应该知道，敌人满载北归之际也是最为怠惰之时。如果说先前的退缩与放弃是一种战术的话，那么这个时候明帝国真正的战机也就出现了——伪清前有山海关之险后有各路勤王明军，朝锐已尽只余惰归，此时如果追上去打一下的话或许能够有意外的收获也未可知。按此五条套下来，有罪的责任人分别是蓟镇总监邓希诏、分监孙茂霖、巡抚顺天陈祖苞、保定张其平、山东颜继祖、总兵蓟镇吴国俊、陈国威，山东倪宠、援剿祖宽、李重镇，以及副将衔以下包括州县主官共计三十六人。处理结果是，全部斩首。而清兵入寇时任兵部尚书统管各路勤王兵马负责全国军事的杨嗣昌既没有降级更没有罢官，和那个死太监高起潜一样，一点儿事儿也没有。一时间朝野哗然物议汹汹，但也仅止于此。

　　京师戒严时，杨嗣昌顺应朝臣所请上了一道奏疏，大意是在哪儿哪儿增设多少多少兵，如此等因，一通算计下来最后的结论是增加明军七十三万多人。皇帝同意了，也没下文了。因为当时百姓流离失所饷银捉襟见肘，所谓的“七十三万明军”，也只是停留在杨嗣昌奏折上而已。此后，皇帝采纳副将杨德政的建议，在府一级取消通判官员增设守备级别武官“练备”，在县一级取消主簿官员增设把总级别武官“练总”，以专门训练民兵自保，此类民兵专一保卫本乡本土不得调动。杨嗣昌考虑各地情形不一情势有缓有急，请命现在京畿、山东、河南、山西施行。而有了“练总”自然就要有“练丁”，“练丁”自然也得吃饭，所以也就有了“练饷”。当初杨嗣昌请命增加“剿饷”时，吹的是以一年为期。后来流寇越剿越多，皇帝下诏减半征收。时至今日，专门负责督饷的侍郎张伯鲸请求全额征收，皇帝害怕失信于臣民，杨嗣昌说没事儿，税收是从土地上出的，土地又大都归于有财力的殷实人家，一百亩的土地加征三四钱银子的赋税还能稍微抑制土地兼并呢。大学士薛国观、程国祥对此颇为赞同。于是原有剿饷之外又增加了练饷七百三十万。时人议论说，边疆各部原有额定粮饷，一律给予新的粮饷，那么旧饷归谁？况且边兵本来空额就多，现在一概按实数算，粮饷虚耗而练的兵仍然不足。而且军队应该分布防御而不能经常集结在一起，所以有抽调训练的旧例。抽调部队训练而其余的不管，况且即便是抽调训练也仍是空文，所以边防越来越虚弱。至于州县民兵更加没有战斗力，只不过虚耗粮饷而已。自明神宗万历末年辽东战事突起以来，万历朝加征五百二十万，崇祯初年加征一百四十万，统称为“辽饷”。至此，又增剿饷、练饷，实际征收的可能更多。先后加征赋税总额达一千六百七十万两，真正的民不聊生了。

　　崇祯十二年九月二十九日，杨嗣昌抵达襄阳熊文灿总理六省剿贼军务大臣招讨大营，同日于军前逮捕熊文灿解送进京待罪听勘。和熊文灿同时起程的还有杨嗣昌为他写的一封辩白奏疏。几天后，杨嗣昌誓师，中官刘元斌、湖广巡抚方孔炤、总兵左良玉、陈洪范等与会。翌日，副将张琮、刁明忠率京军翻山九十里奔袭流寇贺一龙巢穴。正在肆意外出焚掠的流寇贺一龙部应该不是经常遇见这样玩儿命的明军，所以大惊失色之下仓促应战的结果就是全线崩溃。是役，明军率先发起攻击，一轮弓箭火枪过后，击毙穿红袍逃跑之贼两人（还记得《贼陷六合》中那个穿红袍的贼吗？不是他，但在贼群中穿红袍的大多不是一般人），而后流寇狂奔，明军也狂奔，一口气又奔了四十里，明军阵斩一千七百五十级。杨嗣昌大赏三军。

　　崇祯十二年十一月，匪号“兴世王”的王国宁率众千人前来投降，杨嗣昌于襄阳受降，将其妻子安置于樊城。为了收服人心，杨嗣昌上表保奏左良玉为平贼将军，这样左总兵之前丢印信的事就可以盖过去了，可以说左总兵对此应该是心怀感激的。鉴于剿贼明军诸将已经生出了惰气，“骄玩无斗志”，又恰逢张献忠、罗汝才、惠登相等部流寇隐匿于郧阳、兴安山中，四出焚掠南漳、谷城、房、竹山、竹溪，所以在扔给左总兵一个甜枣的同时，杨嗣昌为了整肃军纪振奋士气也举起了大棒子，鞭笞了刁明忠，并将其部监军佥事殷大白斩首。在杨嗣昌的命令下湖广巡抚方孔炤派遣杨世恩、罗万邦率部进剿罗汝才、惠登相，全军覆没，方孔炤被杨嗣昌参劾逮送京师问罪。此后，张献忠在兴安又被左良玉打得鼻青脸肿，再次要求投降，看来这位“八大王”真把大明朝廷当傻子了，好在此时的杨嗣昌好歹明白了一回，不许，但招降了其党羽“托天王”常国安、“金驰鹏”刘希原，张献忠败走四川，左总兵尾随追击。这时杨嗣昌忽然下令左良玉停止追击即刻回兵，不听。

　　崇祯十三年二月七日，左良玉所部协同陕西副将贺人龙、李国奇二部于玛瑙山夹击张献忠，大获全胜，阵斩三千六百二十级，其中包括匪首“扫地王”曹威，贼兵坠崖死者无数，“十反王”杨友贤投降。当月，崇祯皇帝念及杨嗣昌出师劳苦发饷银一万两劳军，另赐其本人斗牛衣、良马、金鞍各二套。颁赐使者尚未出京城，玛瑙山大捷的捷报便飞骑进京，龙颜大悦，再赐五万两白银，杨嗣昌叙功加太子少保衔。之后是明军一连串的胜利，最终的结果是，张献忠入川，罗汝才、小秦王东奔，一分为二。但在连战连捷的同时，明军的情况其实也并不乐观。北京兵、云南兵、湖北兵皆因久居山谷堵截流寇，时值盛夏酷暑毒瘴熏灼，夜间逃亡的很多。明面上已经反了的流寇或降或死或散或亡，可又是大旱，又是颗粒无收，又是千里赤地，自然也就又是“人相食”，又是群盗蜂起遍地狼烟。大明帝国的臣民在饥饿的威胁和吏胥的追逼下，为残存的流寇匪首们提供了取之不尽的兵员储备。

　　于是，新一轮的折腾过后虽然略有小成——混世王、小秦王相继投降，但大错业已铸成——罗汝才、张献忠再度入川并合兵攻陷四川荣昌、永川、泸州。此次流寇入川，明军剿匪诸将竟然无一敢于迎击，杨嗣昌尽自屡下严令也毫无效果。无奈之下他移师重庆亲自督剿，又是故技重施，只不过较之早先稍微高明了那么一点——下令宽赦罗汝才并且如其投降则授予官位，剿匪只针对张献忠，有擒斩张献忠者赏万金、封侯爵（这应该是请旨了的，他本人没有这个权力）。第二天，杨督师惊讶地发现重庆的大街小巷官衙乡野都贴满了张献忠的告示，“有斩督师献者，赉白金三钱”，彻底晕了，这都什么啊。但此后，杨嗣昌对身边人也开始不信任了。三次下令贺人龙部进兵皆拒不执行。贺总兵不听话是有原因的：开始时，杨督师上表封左良玉为平贼将军后左总兵开始摆架子不听话了，杨督师便希望提拔贺人龙以压制、平衡左良玉，可能也把这个意思跟贺总兵透了风，但左良玉玛瑙山大破流寇后压左提贺的计划自然也就吹了。这样一来白白被吊起老高胃口的贺总兵自然不爽了，便把杨督师的话原封不动地端给了左总兵，俩人通了个气儿。结果就是杨嗣昌被毫无悬念地晾了起来，谁也指挥不动了。当初熊文灿受命时左良玉不听招呼，好歹还有个坐镇京师的杨嗣昌给他派了些京军，此时的杨嗣昌却不知他的“杨嗣昌”在何处了。

　　流寇进犯泸州后，猛如虎（严重怀疑这位大爷的名字是自己改的）、贺人龙、赵光远率军尾随追击，敌人再次渡过南溪绕成都径走汉州、德阳、绵州、剑州、昭化至广元，又走巴州、达州。在流寇渡南溪的时候，杨嗣昌军中的一位叫元吉的评事（貌似正七品）便准确地判断敌人这是要跑，于是建议派兵从小道出梓潼在敌人的归路上以逸待劳伏击流寇，杨嗣昌不听。