崇祯三年，傅宗龙起复。同年，受孙承宗举荐升为右佥都御史，巡抚顺天，少顷，拜兵部右侍郎兼佥都御史，总督蓟、辽、保定军务。但随即就“用小故夺官”了。
　　崇祯十年十月，流贼大举入寇四川，攻陷三十余州县。崇祯皇帝想起了傅宗龙，说：“假如当初用傅宗龙巡抚四川，贼寇之势又怎能至此呢！”起复傅宗龙，命他前往四川“却贼”。从这句话可以看出，无论后面如何，但至少说明天启朝旧臣傅宗龙之前在贵州的成绩以及他的个人能力得到了崇祯皇帝这位新老板的充分认可
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　　崇祯十二年五月，由于杨嗣昌的举荐，傅宗龙离开四川回京任兵部尚书。傅宗龙自从勘定贵州苗乱后，历时十四年才再次大用，刚刚到任一年半，地方还没遛全呢就又调回去了。
　　崇祯十二年八月，傅宗龙抵京。觐见崇祯皇帝之初，他便直说“民穷财尽”，皇帝也颇以为然，但傅宗龙仍旧自顾恳言不已、为民请命，说了一大通民情疾苦、水深火热之类的话，皇帝不高兴了，说：“你应当整理兵事才是啊。”挥退傅宗龙后，崇祯皇帝对他的举荐人杨嗣昌说：“这人怎么这样儿呢？都说傅宗龙在贵州干得不错，但听其言谈大多卑卑，都是些别人说烂了的东西（“皆他人唾余”）怎么回事儿啊！”从此傅宗龙所奏请多不允。其实也难怪，面对刚从四川回京的傅宗龙，急于事功的崇祯皇帝应该很想听听类似于当初袁崇焕那“五年平辽”或者杨嗣昌那“十面张网”之类的豪言壮语式的就职演说，但这位新任兵部尚书见面伊始便大谈民不聊生城邑残破，而且说起来还没完。这些话尽管切中时弊一语中的，但也是空洞无物的老生常谈，所以在崇祯皇帝听来既是陈词滥调，也是和他傅宗龙的本职工作毫不相干的。满怀希望竖起耳朵的皇帝听了这么一肚子“牢骚话”，自然倍感失望，所以才用一句冷冰冰的官话结束了这场跑题的君臣奏对。这个印象分减大了。

　　张献忠降而复叛，熊文灿罢免后，傅宗龙举荐时任湖广巡抚的方孔炤代替熊文灿，还建议减少新任总理讨贼军务大臣的辖区，各省督抚各统本部兵马分剿流寇，皆不准。仍然命令杨嗣昌接任总理大臣之职。
　　杨嗣昌出京督师后，上奏章请拨军粮，四面漏风八方起火的朝廷没有足额及时供应，便上疏弹劾中枢失职。傅宗龙是兵部尚书，“中枢”这个矛头自然主要是指向他的。傅宗龙也弹劾杨嗣昌徒耗粮饷消耗国家而不能有所报效，又“以气凌廷臣”。当时正赶上蓟辽总督洪承畴举荐刘肇基为团练总兵官（这个“团练”的设置，前面提过，是杨嗣昌的建议，即所谓“练饷”的由来），太监监军高起潜污蔑刘肇基畏敌怯阵。团练总兵也是“总兵”，名义上也归兵部管，因而对这一荐一劾，作为兵部尚书的傅宗龙显然需要进行一番调查核实，即便按照最简单的程序至少也是要征询一下和刘肇基共过事的其他人的看法，所以没有立即处理，稍微迟缓了些。但是崇祯皇帝急了，以“抗旨”的罪名责备他，命令傅宗龙作出书面答复。傅宗龙的奏辩折子上去后，又以“戏视封疆”的罪名将傅宗龙发交部议。明显的来者不善。我们能够看到，从上面的那次君臣召对后崇祯皇帝对于傅宗龙明显心怀不满，或许认为此人大言无实不务正业也未可知。当时出于自己的面子考虑没有立即把这位刚刚任命的兵部尚书拿下来，可也一直没有释怀，这次等到机会了，尽管很牵强。这里的疑问是，作为领导看下属不爽，自然有的是借口有的是名义拿掉，为什么出手就是杀招呢？“抗旨”和“戏视封疆”这两项罪名随便哪一个坐实了都够要了傅宗龙的老命了，没必要啊。但各部的人还是很给面子的，“部议”下来拟的处罚是戍边，皇帝不答应，一心想置之死地。

　　这里说一下，这位遭到死太监高起潜污蔑“恇怯”的刘肇基，东北人，承袭指挥佥事世职，后官至总兵。武将世家出身的刘肇基一生转战各地，清兵南下时独自率兵赴援扬州与史可法并肩作战，城破之际亲自投入白刃巷战，面对伪清骑兵力战不屈，殉国。
　　傅宗龙在监狱里待了两年（不知是刑部天牢还是锦衣卫东厂的诏狱，如果是文官集团控制的前者多少还算幸运些，是后者的话那就杯具了），崇祯十四年春，杨嗣昌忧疾而死，时任兵部尚书的陈新甲再次举荐傅宗龙收拾河南陕西局面。崇祯皇帝没有立即答应，沉吟良久才说：“朴忠，吾以夙负用之，宜尽死力。”这句话肯定了傅宗龙的志节，也表露了皇帝些许的歉疚之意。皇帝是不能认错的，尽管崇祯皇帝数次下诏罪己，可真的面对某一个具体的个人时他也是不会认错的，所以这个“夙负”对于皇帝而言也就算到头了。傅宗龙出狱后，以兵部右侍郎兼右佥都御史衔代替丁启睿任陕西三边总督。

　　当时李自成已经与罗汝才部合兵，“有众五十万”，在河南一路攻陷洛阳归德围攻开封府，皇帝命令新任陕督傅宗龙专门负责剿灭李自成部。刚刚得脱囹圄重见天日，便领印挂帅直面强敌，好一个“出生入死”啊，崇祯皇帝的饭碗真不好捧啊！
　　按惯例，每一个新任北疆边帅或者内地剿贼大臣离京赴任，至少都会有一份略微像样的粮饷带到任上，作为“嫁妆”也便于新领导开展工作，从孙承宗到袁崇焕再到熊文灿、杨嗣昌历来都是这样。这个新任“总理大臣”或者“总督”看似管辖多省、威风八面、位高权重、一言九鼎，可在朝中诸公看来那就是个替死鬼，有他在前面挡着玩儿命的差事就不会落到自己头上，他不去，别人就得去，弄不好就得自己去！那份上任粮饷与其说是“嫁妆”不如说是“纸钱”更恰当，所以尽自拆东墙补西墙、有今天没明天，那些大佬们也会尽力把这份钱粮备足的。无奈的是，时至崇祯十四年，大明朝廷已经连这点微薄的“嫁妆”都拿不出来了。尽管朝廷部议的结论是把陕西省的粮饷全部拨给傅宗龙，看起来很好很强大，可实际情况是，连年蝗灾旱灾兵灾匪灾下，陕西各州县早已经无力支应了。筹粮无措的傅宗龙找到陕西巡抚汪乔年（挖了李自成祖坟的那位）调兵，但是陕西的精兵已经调的差不多了，够级别的将官也没有能用的。于是朝廷出面协调，最后的结果是将河南李国奇、贺人龙二部划归傅宗龙辖制。

　　崇祯十四年九月四日，筹粮无措筹兵也无措的傅宗龙还是带着勉强拼凑起来的两万四川、陕西兵出师了。这支队伍东出潼关走东南方向，抵达河南新蔡，与崇祯十二年代替孙传庭的保定、山东、河北剿贼军务总督杨文岳会师。此后，其部将贺人龙、李国奇率领陕西兵、杨文岳部将虎大威率领保定兵于汝河上搭建浮桥东渡汝宁，合兵北上前往河南项城。由于缺乏船只，或许也和各部之间的协调问题、部队本身的军纪松弛有关，反正明军足足用了很长时间才全部渡河登岸。李自成、罗汝才部也在汝河上游建起了浮桥，准备前往汝宁，发现明军兵到后，将精锐埋伏在河岸树林中，佯装带领部队从浮桥西渡逃窜。贺人龙派出的侦查骑兵回报说：“敌人将前往汝宁，正在搭浮桥渡河。”傅宗龙、杨文岳得报后连夜与贺人龙、虎大威诸将会师，准备天明赴战。