佐佐在贱岳之战时站到了柴田一方，但在胜家死后并未遭到秀吉报复，仍然领有越中。小牧长久山之战时，他又在越中起兵策应信雄和家康，攻打由前田利家麾下老将奥村家福驻守的末森城，久攻而不下，结果在守军和援军的内外夹击下一败涂地，灰溜溜地逃回了本居富山城。
　　为了与家康取得联系，佐佐带领数十名家臣在冬季冒险翻越了白雪覆盖的飞驒和信浓山地，千辛万苦到达了三河。不料，当时家康在信雄的斡旋下已经开始与秀吉议和，山穷水尽的佐佐只得降伏在秀吉的金葫芦马印的光芒之下。
　　此时，原织田家的老臣中可堪与秀吉以平辈相称的人已经不多了。筒井顺庆，丹羽长秀，池田恒兴，柴田胜家，泷川一益都不在人世，除了细川藤孝和前田利家外，就只有这位佐佐陆奥守了。
　　佐佐被剥夺越中的领地后，带领三千家臣在大坂城里已经蛰居了近两年时间，也确实需要一大片领地来安置这批人，所以对于秀吉的安排自然是感激涕零。

　　肥后之地，民风剽悍，地方土豪在这一带仍旧有着很强大的势力，这一点和京畿，东海等发达地区大相径庭。将佐佐这样的老臣封到肥后，足以可见秀吉是寄予何等的厚望了。此外，秀吉还有另一个更深层的考虑，那就是把肥后变成日后侵略朝鲜，乃至明国的战略基地，所以，秀吉希望肥后在五年内必须保持稳定。
　　秀吉给佐佐立下了五条誓文，作为治理肥后的政策基准，即所谓的“肥后五制书”，其内容如下：
　　一，给当地国人发放知行地，尊重他们的权利。
　　二，三年内不得推行检地，以安定人心。
　　三，体察民间疾苦。
　　四，避免激化矛盾，严防一揆的发生。
　　五，三年内不得以中央名义干涉国人事务。
　　秀吉将佐佐的居城定在了隈本城，原城主城久基随秀吉返回大坂。

　　也不知道是有意还是无心，秀吉似乎完全淡忘了在九州战事中立下赫赫战功的清正。当听说自己中意的隈本城被封给他人，清正立刻有了一种莫名的失落感。
　　日期：2008-6-21　15:00:39
　　15 肥后易主
　　即将赶赴筑后上任的统虎看出了清正心中的不快，于是在临行前一天在住处宴请清正。
　　席间，统虎百般安慰清正。
　　“照我看，陆奥守未必能镇得住肥后。” 统虎如是说。
　　“哦！？”清正似乎是有了兴趣，连忙问道：“何以见得？”
　　“肥后民风剽悍，而且非常排外，服软不服硬，有点象萨摩人的臭脾气。我观陆奥守大人，是个刚正直率之人，却不够圆融世故，只怕会激起肥后人的抵制。”统虎非常认真地说道。

　　统虎这样一说，着实令清正的心情宽慰了许多，但清正也是将信将疑。况且，以他的性子，如果要在肥后安定和自己乘乱入主肥后当中选择，清正十之八九会选择前者。所以，对于好友的分析，他更多地将之视作一种安慰。
　　但仅仅过了一个多月，统虎的预言竟然变成了现实。
　　和统虎预测得差不多，佐佐在进入肥后的头一个月内，大体是忠实遵照秀吉定下的“肥后五制书”办事，在形式上承认了当地国人的本领安堵及其他权利，并不急于检地，所以双方大体相安无事。
　　但又过了一个月，佐佐就有些坐不住了，因为他从越中带来的三千家臣还没有得到土地。可要想赐给他们土地，就必须实施检地，把土地从当地国人手中收回，再赐给家臣。
　　“肥后人有啥了不起的？当初也不过是岛津，大友和龙造寺三家砧板上的一块肥肉罢了，从来就没出现过一个强大的家族来统一肥后，怕这些家伙做甚？莫说五十二家国人，就是五十二万国人，我们越中众也不放在眼里。”佐佐家臣中有人放出此等狂言。
　　终于，佐佐被说动了，决定从六月底开始在肥后全境进行检地。
　　日期：2008-6-22　13:08:45

　　佐佐犯了两个致命错误：第一，肥后虽然屡屡被岛津各家争夺，但本地的五十二家国人却从未被打垮过。岛津也好，龙造寺也罢，都是征服容易治理困难。而入吉城主相良氏依靠肥后丰富的资源和勇猛的士兵，在三雄争霸中仍旧能够生存下来，这就很能说明肥后绝非砧板上的鱼肉，任人宰割；第二，肥后五十二家国人相比起整个丰臣家自然很弱小，但要对付佐佐家的区区三千家臣还不至于有什么大问题。

　　检地最终激起了反抗。
　　其中反抗最激烈的是隈部亲永,亲安父子。这对父子一个是隈府城主，一个是山鹿城主，两城兵力加在一起就有三千多人，到了七月初，肥后国的国人一揆终于全面爆发了。
　　佐佐自然没敢将实情上报秀吉，他自忖凭借越中众的兵力，应该可以对付叛乱，所以他选择了单独镇压。
　　他首先选择拿始作俑者隈部父子开刀，亲率主力两千人攻打隈府，山鹿两城。隈部父子虽然在兵力上占据优势，但被分割包围在两处，而且也不及越中众善战，一时间反倒被佐佐军打得不敢出城。
　　然而，佐佐军毕竟兵力有限，同样不敢主动攻城，所以对这些笼城之敌无计可施，双方就这样在城墙内外僵持起来。

　　此时，北肥后的甲斐宗立和菊池武国也率领原阿苏家和原菊池家的旧部起事，整个北肥后竟然有三万五千人参战，相形之下，佐佐的三千兵力实在少得可怜。甲斐和菊池乘佐佐在外征战之机，攻击了守卫空虚的隈本城。
　　佐佐迅速回师，居然击退了近两万肥后国人众，但叛乱并未因此而平息。佐佐就象一个孤独的消防员，在单独面对着一座起火的城市。哪个街区有火情，他就得跑去灭火。刚刚得以喘息片刻，又会接到新的火警。佐佐在肥后大地上左冲右突，疲于奔命，最后干脆缩进隈本城不出来了。
　　事发两个月后，消息终于还是传到了秀吉的耳朵里。
　　日期：2008-6-23　10:53:20
　　秀吉在大坂发布了讨伐令，让北九州的大名进入肥后平定叛乱。

　　军令一下达，整个北九州都乱了起来。
　　筑前的小早川，筑紫家，丰前的黑田家，筑后的立花，高桥家，肥前的锅岛，龙造寺家，甚至连毛利家的安国寺惠琼和伊予的正则也率军从领地出发，向肥后浩浩荡荡地杀来。
　　大军一出，兵势甚猛，担任先锋的统虎居然在一天之内持续作战十三次，接连攻破七座营寨，斩杀了六百五十名叛军。
　　势如破竹的平叛大军用了两个月时间终于扫平了肥后全境。到了十二月，随着田中城主和仁家的开城投降，轰轰烈烈的肥后国人一揆大体上结束。起事的国人们纷纷潜回本领，伺机再动，但立花军和小早川军的存在令他们不敢轻举妄动。
　　天正十六年正月，小早川隆景和黑田官兵卫接到秀吉的命令，离开九州，启程赶赴大坂参加秀吉的军议会，讨论肥后的善后问题，清正和小西也被邀请参加。

　　“肥后大局已定，可要想长治久安就得从长计议了。”说话的小早川隆景作为西国霸主毛利辉元的叔叔，却有着侄子难以比拟的政治地位，是秀吉颇为器重的少数外样大名之一，年轻时就以智谋著称。
　　“陆奥守一味逞强，不遵守主公的五条计策，才会有今天的叛乱。”官兵卫愤愤不平地进言道。
　　“先前在越中就起兵作乱，主公顾念旧情，没有深加追究，去年还把肥后交给他，可谓仁至义尽，可他却惹出这样大的乱子！”从秀吉做近江横山城守备时就追随左右的浅野长政也是满肚子的火。
　　日期：2008-6-24　12:19:07
　　浅野是秀吉正室宁宁养父母的儿子，这样算来秀吉还得管他叫小舅子，是个颇有经济头脑，同时又具备武士气概的人。

　　“佐佐现在在哪里？”秀吉脸色阴沉。
　　“陆奥守已经在来大坂请罪的路上，现在大概到了备前。”
　　“去！去摄津守着，告诉佐佐，我不想再看见他那张脸，让他到尼崎去隐居吧！”秀吉吩咐左右。