按照庄允城的招供，《明史》刻板已经由湖州知府收去。罗多即刻亲自至湖州知府衙门向知府索取。而此时前任知府陈永命已卸任，新任知府谭希闵刚刚到任才半个月，正忙于公务交接，还没有顾得上去盘点仓库。前任陈永命离开时也没有向他提及关于《明史》刻板的事情，所以当谭希闵见罗多前来索取该书刻板，又说什么逆书等等，不知所云，懵然无知。罗多大为光火，警告谭这不仅仅是失职，更可以被定为包庇窝藏罪，希望他好自为之。言外之意，这是给谭一个机会，让他赶紧行动送贿给他。但谭希闵性情耿直，为官清正，又带有书生气，不但不赔礼道歉说好话，反而实话直说，执拗犟硬，强调自己初到任上，不知此事。随后几天，罗多接连造访谭希闵。谭希闵被催逼急了，还不知天高地厚地抢白了罗多一顿。

　　日期：2006-10-16　8:37:55
　　罗多大怒，叫来管库的人来质问。库吏正是那个撮成庄允城和陈永命之间交易的周国泰，他只怕把陈永命的丑事抖漏出来，连自己也牵扯进去，一口咬定陈知府已经将《明史》版刻移交给谭希闵。罗多又派人询问陈永命，陈怕抖漏出自己受贿的丑事，也一口咬定已将版刻交转。谭希闵目瞪口呆，罗多冷笑而去。最后结案时，罗多有意陷害，谭希闵被判绞刑，可谓冤枉。

　　之后，罗多押解庄允城、朱佑明于是年十月抵京，交刑部询问。庄允城此时尚认为该书已经通过三部院审查，无可忧虑，准备到京师申辩，并趁有申诉的机会，揭发吴之荣的老底，却万万没料到甫抵京都，就被关入刑部监狱，倍受严刑拷掠。尽管刑部曾安排他与吴在庭堂上当面对质，但讯问者只是让他确认《明史》是否自己所编，接下来就让他供认《明史》所犯的八大罪状上画押服罪。庄深知画押的后果，决不从命，更遭酷刑煎熬。不几日，就声音喑哑，只张口不出声，唯有老泪纵横，悔不当初，又加年事已高，不胜凄楚，仅匝月，一腔怨愤无可发泄，于腊月二十三日庾死狱中。

　　再说朱佑明，自然也免不了受酷刑锤炼。在庭堂上与吴之荣当面对质时，吴之荣抓住《明史》上的“朱史氏即朱佑明”一条，咬定朱参与修订逆书。朱佑明有口难辩，极力否认，更受鞭笞火烙，只得极力用银子买通狱卒，才得以保留性命。
　　朱佑明被押回杭州，与原湖州府学教谕赵君宋被关押在一处。他知道赵君宋是率先揭发《明史》违逆的人物之一，必不会被处死，就把他作为最后的救命稻草，许诺如果赵君宋能救他出狱，自己情愿以半数家资奉送。朱佑明家资百万，半数家资的酬劳让赵君宋垂涎三尺，当即应承，表示一定尽力解救。
　　日期：2006-10-16　17:30:37
　　当时谁也不知道事态的发展趋势。不过，像赵君宋这样善于钻营投机者，是不会放过任何一个机会的。他知道认定朱佑明有罪的证据是吴之荣后来增刻上去的“朱史氏即朱佑明”一条，而自己购买的初刻本上根本没有“即朱佑明”字样，这是证明朱佑明无辜的铁证，也是自己得到至少五十万家私的通行证。第二天，赵就迫不及待地禀告吴、戴二位钦差侍郎，清兵押着他到家里取来自己保存的那套《明史》，对照勘验，果如所言。案情一下出现了逆转，不只朱佑明可以因此赦免，赵君宋首告有功也可被释放出狱，而吴之荣可以因伪造证据、诬陷他人、扰乱治安被凌迟处死。

　　吴之荣没料到这一招，心里发毛，但毕竟老奸巨猾，训练有素。他眼珠一转，以攻为守，咬定自己那本是正本，赵君宋那本被人做过手脚，并举出一个无可反驳的例子：假如朱佑明与《明史》一书无关，何以该书版心的“清美堂”与朱家门厅悬挂的牌匾一致？这就是铁证。
　　这一回马枪，戳得正准。审判员即刻派杭、严道台和乌程知县郑宗圭、协镇高鼎、总捕头顾五经等军、政、警各路随行，率领人马再下湖州南浔镇，从朱家门厅上取得“清美堂”牌匾送至杭州。朱佑明虽极力申辩，却无力回天。赵君宋只得暗暗叫苦，悔之不迭，最后以窝藏逆书久不上缴罪被置入死牢。
　　赵君宋提供的全本《明史》，将参订者名单和作序者全部公布出来，清兵即刻按图索骥，派大批军队前往湖州捉拿案犯。次年正月，鳌拜再派吴、戴两位侍郎赶赴杭州，准备会同浙江督抚按照原本《明史》所列人员名单，羁捕有关人员，严加审讯。这两位侍郎的名字和供职的部门已经无可查考。可见他们的职务不会太高，但既是由鳌拜钦点派出，就与钦差大臣相类。两人带着心腹差役，带着大队人马，日夜兼行，飞奔浙江省城杭州

　　日期：2006-10-17　09:03:42
　　刚过元宵节，大队人马就已经开进了杭州城，立即与杭州巡抚商谈行动计划。他们日夜商谈，制定了详尽的抓捕方案，任务十分繁重：包括将凡与《明史》有丝缕牵扯的人，诸如主编的、参订的、刻板的、印刷的、卖书的、买书的、作序的、审查的、谈论的等等，一律满门拘捕，关入大狱，集中会审。
　　康熙二年（1633）正月二十日清晨，湖州城门在大白天关闭。湖州城与南浔镇正沉浸在新春欢庆中，人们互相拜年，走亲访友，其乐融融，一片喜庆。随着吴、戴两位钦差的到达，繁华江南顷刻堕入人间地狱，刀光剑影、人喊马嘶，陷入一片紧张恐怖的氛围当中。
　　吴、戴二人在浙江、杭州官府的配合下，调动当地军队，布下天罗地网，进入杭州、湖州、南浔等有关人员家中抓捕，按照书中列名各家，无论父子兄弟祖孙及奴仆内外男女，全部拿获，大有宁可错抓一千，不可漏过一人的势头。
　　参与修订的吴炎、潘柽章被逮捕时，还穿着明朝服饰，一人方巾大袖，一人儒巾蓝衫，气宇刚毅，从容就缚，并把全家人都召唤出来，让衙役捆绑。
　　为《明史》作序的李令皙家住湖州，被抄家时为正月二十日，当时前来拜年的人络绎不绝，都在李家大院里，有七十多人。浑然不觉中，上千名士兵已把李家围得水泄不通。李家百余人连同拜年的亲朋都被抓捕。
　　庄廷钺自北京日夜兼程回到南浔，正好自投罗网，与他的五个兄弟一起被关入死牢。
　　江南书商陆德儒正在家置办嫁女喜事，全家及迎亲亲朋所有男女钧被逮捕。
　　……
　　日期：2006-10-17　09:06:05

　　这场正月里突如其来的抓捕行动，使整个湖州府尤其是南浔镇地动天摇。整个抓捕行动持续了一个多月，其他不在湖州的，也都追拿到案。两千多名罪犯被拘系，大多数关押在杭州驻防清军虎林军营内，等待案情审理清楚后发落。
　　朱佑明见倚仗赵君宋，“聪明反被聪明误”，仗着家资殷实，相信有钱能使鬼推磨，把目光投向了手握重权的浙江巡抚朱昌祚。随着案情的进一步深入扩大，当局的态度日渐强硬，朱佑明知道求朱昌祚按无罪释放自己已无可能，只求能让他“一身流徙，不累家口，不致籍没”。朱昌祚是汉军镶白旗人，其妻子是浙江潘协镇富户的女儿。当时著名的武进士龚廷元恰巧也是该镇的女婿，两人也算是连襟，又很能说得上话，关系颇为密切。朱佑明的一个亲戚与龚廷元相识。朱佑明就委托这个亲戚贿赂龚，让龚去买通朱昌祚，算了一下，前后至少要花费五万两银子。朱佑明虽有些心疼，但暂无其他的路子可走，又渴盼早些出狱，只能咬牙狠心走这条路。朱昌祚倒也爽快，满口答应只要一拿到银子，将竭力相助，从轻处罚，最多只是流放，并且是很近的地方，不株连全家。这与其他获死刑和被抄家的相比，已经强出百倍。一来一往，事情进展得异常顺利，让朱佑明有些怀疑是否给价太高了？而事有凑巧，朱佑明的长子朱彦绍妻子的一个姑表兄弟王羽听说此事，极力反对，说自己与官场一些要员很有交往，与杭州城南的满人图赖也很熟。图赖掌握大权，又是真正的满人，比起朱昌祚这个镶白旗强出很多，更重要的是，图赖与两个从京师派来督办此案的钦差大臣吴、戴两位侍郎关系都很硬，而且花费绝对不高，最多三万两银子就足够。一席话让朱佑明心动神摇，他一贯嗜财如命，此时能省出两万两银子，如何不省？于是就对朱昌祚这边冷了下来。朱昌祚等了半月毫无动静，托龚廷元一打听，才知道自己早给甩了，登时恼羞成怒，发誓要给朱佑明些颜色。

　　日期：2006-10-18　08:29:47