天启七年（1627）八月二十二日，天启帝朱由校病死，年23岁，因无子由17岁的弟弟朱由检嗣位，改明年年号为崇祯。崇祯帝一上台，就展现出了不同于天启帝的姿态，准备励精图志。他在东林余党的支持协助下，将阉党一举击溃，魏忠贤被赐死，其党羽被称为“逆党”，或杀头或革职。被阉党排挤罢免的大臣又得起用，冤死的大臣得到平反。人心大快，朝政为之一变。崇祯帝也被臣民称为是“中兴之君”。是年十一月，崇祯帝起用袁崇焕为都察院右都御史，管兵部添注右侍郎事。

　　次年即崇祯元年四月，再升袁崇焕为兵部尚书兼右副都御史，督师蓟辽、登、莱、天津军务。按明制，军官必须由文臣担任，主要是担心武官掌握兵权威胁皇位。带兵的文臣衔级最高为督师，一般必须以大学士兼任，宰相或首辅除外带兵才称督师。袁崇焕不是大学士，却有了大学士方能得到的军事最高官衔。兵部尚书是国家最高军事行政长官，督师是最高军事指挥官，袁崇焕身兼军政两个高职，可谓权倾朝野，达到其军旅生涯的顶峰。此时距他做知县时仅六年时间，提拔速度之快令人瞠目。

　　这年七月，袁崇焕从广西家中赶到京师，崇祯帝在宫城平台召见袁崇焕及亲信大臣。崇祯帝慰劳一番后，问袁崇焕，从满洲起兵已经十余年，我朝失土丧师，生灵涂炭，朕把你从万里之外召来，你有何方略平辽？袁崇焕见新皇帝礼贤下士，态度诚恳谦和地咨询于他，一时很是激动，脱口而出：“方略已具疏中。臣受陛下特眷，愿假以便宜，计五年全辽可复！”崇祯帝大喜，当着群臣的面许诺，只要能“复辽，朕不吝封侯赏。卿努力解天下倒悬，卿子孙亦受其福。”群臣也随声附和，称袁崇焕赤胆报国，是“真奇男子”。

　　日期：2006-12-6　17:32:38
　　崇祯此时稍感疲倦，就宣布休会片刻。给事中许誉卿私下里问袁崇焕用什么计策仅用五年时间就可以恢复辽土？袁崇焕一怔，只得答道：“圣心焦劳，聊以是相慰也。”意思说，考虑到皇帝为辽事日夜焦虑，我随意回答以宽慰皇上。许誉卿一听，立即责怪道：“上英明，安可漫对？异日按期责效，奈何？”袁崇焕一听，才知道有些说大话，很有些不自然。等皇帝出来继续谈话时，袁崇焕就改变口气，说陛下把辽事委托于我，我怎敢说难？但五年内，必须事事应手，户部要供应军饷，工部要供应武器，吏部要妥当安排人事，兵部要调兵遣将，都应随处配合。崇祯帝当即命令在场的户部尚书王家桢、工部尚书张维枢、吏部尚书王永光、兵部尚书王在晋全力配合袁督师，不得懈怠迟误。

　　袁崇焕又提出自己的担心：“以臣之力，制全辽有余，调众口不足，一出国门，便成万里，忌能妒功，夫岂无人。即不以权力掣肘，亦能以意见乱臣谋。”意思是让皇帝保证他不遭到奸佞小人诬陷弹劾。这话当着群臣的面说给皇帝听，有些规劝皇帝不要听信谗言、警告众臣和“将在外君命有所不受”的意思，皇帝不觉站起来说：“卿勿疑虑，朕自主持。”

　　群臣见皇帝力挺袁崇焕，齐声请皇帝赐袁崇焕尚方宝剑以便宜行事。当时持有尚方宝剑的有王之臣、满桂和毛文龙三大将帅。皇帝当即应允，宣旨收回王之臣和满桂的尚方宝剑，交袁崇焕把持以统一军权。在崇祯看来，辽东一平，大明中兴也就指日可待，只要能收复辽土，所有条件均可答应。
　　袁崇焕几乎承担了崇祯帝的全部期望，自己也感到担子沉重。在临赴关前，他又向皇帝上疏陈述自己治辽的方略和担忧，方略仍是他以前所用的“以辽人守辽土，以辽土养辽人”和“守为正著，战为奇著，款为旁著”，同时又指出平辽不能急功近利，要稳扎稳打，务求实效，“法在渐不在骤，在实不在虚”，这是他总结和后金之间的战役而得出的持久作战的方略。接着，他一针见血地指出朝廷在边疆用人方面的顾虑：一是要“任而勿贰，信而勿疑”，皇帝和大臣不能根据片言只语指摘边将，二是兵不厌诈，前线情况虚虚实实，“图敌之急，敌亦从而间之，是以为边臣甚难”，敌人可能用反间计，散播谣言，挑拨离间，也请皇帝和大臣注意。崇祯接到奏章，优旨褒答，赐袁崇焕蟒袍、玉带和银币。

　　日期：2006-12-7　17:15:25
　　袁崇焕刚到宁远，就遇到了棘手的士兵哗变。其实这次兵变在袁崇焕赴任前就已经发生了，起因是朝廷连续四个多月不给兵士发放军饷。四川兵和湖广兵忍无可忍，把巡抚毕自肃、总兵朱梅、通判张世荣、推官苏涵淳等捆在谯楼上，胁迫明廷发饷。其他十三个营的士兵也群起哗变，形势十分危急。
　　明代征兵采取招募制，明初的卫所制度和兵源征募法已经名存实亡。到明末时只有生活无计的人才去当兵，不仅素质无法保证，而且多数人是冲着军饷而来，靠军饷养活自己和家人。发军饷是户部即中央财政的职责，但明末中央财政匮乏，虽然年年加征用于平辽的“辽饷”，但都被集中到了皇帝私家的仓库中。此时欠饷已逾四个月，发生哗变也是可以预料到的。

　　为稳定士兵的暴怒情绪，宁远军部取出库房的银子并向宁远商人百姓借了七万两白银发下去，暂时止住哗变，让他们放了毕自肃等人。八月，袁崇焕赶到宁远，当机立断，赦免了鼓动兵变的首要分子，让他们立功赎罪，只惩罚了几名哗变的从犯，同时斩了明知兵变而不及时上报的中军，将兵变平息下来。巡抚毕自肃自感治军不严，自缢身亡。

　　但朝廷的军饷依然没有发下。袁崇焕等得心焦，上疏朝廷请饷。崇祯帝一听要发内库之银作饷，大为不悦，但又不好明确拒绝，召集群臣商讨。吏部侍郎周延儒奏说：古人虽罗雀掘鼠，而军心不变。现在各地军卒动辄鼓噪，其中必有缘故。
　　日期：2006-12-7　17:19:46
　　罗雀掘鼠是唐代张巡的典故。安史之乱时，大将张巡被安禄山围困在睢阳，苦守月旬，军中绝粮，兵士只得张网捕雀，掘穴捉鼠来充饥，但仍死守不屈。周延儒此时提出这一典故，暗示袁崇焕有以兵变要挟的企图。崇祯帝颔首会意，但也不好发作。正在这时，又传来锦州和蓟州的兵士发生哗变的消息，袁崇焕再次上奏催促发饷，直接提出“军欲鼓噪，请发内帑”。崇祯见袁崇焕接连上疏，颇为不满，当着群臣的面怒道：“将兵者果能待部署如家人父子，兵卒自不敢叛，不忍叛。不敢叛者畏其威，不忍叛者怀其德，如何有鼓噪之事？”他认为，将帅如果能对待兵士如父子、家人一样，不说没有军饷，士兵即便饿死也不会吵闹。

　　但不管怎样，军饷问题还得解决，中央财政空虚，皇帝又不肯拿出内库之银，最后还是周延儒献策：“饷莫若粟，山海粟不缺也，缺银耳。何故哗？安知非骄弁拘煽，以胁崇焕邪？”最后，朝廷以粟充作银两代发兵饷，崇祯也发了些内库帑之银，以示对袁崇焕的倚重。兵变告一段落。
　　日期：2006-12-7　17:23:32
　　袁崇焕罢官家居时，皇太极逐渐稳定局势。他见最棘手的对手已被罢职，趁机降服蒙古诸部，并放弃称汗而改称皇帝。袁崇焕回任后，因兵变军队有待重整，无力开战，打算重新借和谈以为缓兵之计。他致书皇太极说明此意。皇太极也打算利用和谈强化自身，巩固辽沈，发展生产，富国强兵，时机一到，就可“破竹长驱”，平定天下，因此对袁崇焕的提议积极回应。袁崇焕提出和谈条件，要皇太极先除去帝号，恢复称汗。

　　不过皇太极对袁崇焕的复出很警惕，当时的形势对满洲并不利，如果错过这一次议和机会，袁崇焕挥师北上，满洲很可能立时成为齑粉。他对议和态度很是积极，显示出极大的诚意，表示甘愿称汗，自居为明朝藩邦。在此后不到一年的时间里，他先后发出八封议和书信，其中给袁崇焕的六封，给明朝诸大臣的两封。他提出的议和条件一是划定两国国界，二是明朝给后金铸造金国汗印，三是讲定修和之礼数目。袁崇焕回书说，和议之事“非一言可尽”，必须上奏朝廷方可。