后金军一撤，如何处置袁崇焕就被提上议事日程。明末一直持续的党争随着战事的每况愈下更见白热化。崇祯即位之初，在东林党的协助下，曾雷厉风行地惩办魏忠贤阉党，这起事件被人称为“逆案”，由阁臣钱龙锡办理。当时御史高捷、史塟也名列阉党，其后以贿赂得免。后来，高捷、史塟得到吏部尚书王永光的推荐，却遭到钱龙锡的阻挠。三人怀恨在心，因袁崇焕与钱龙锡关系密切，就想借袁崇焕打击钱龙锡。在袁崇焕下狱的第五天，高捷和史塟就攻击钱龙锡，说其与袁崇焕相互勾结，杀死毛文龙，引敌入侵，是幕后人物，最后迫使钱龙锡辞职。其后，另一阉党余孽周延儒任吏部尚书，阉党势力大增。当时，具有东林色彩的除袁崇焕的座师韩爌外，还有钱龙锡、成基命、孙承宗和李标等，寥寥无几。而阉党与东林党的斗争集中在袁崇焕身上。不久，温体仁取代周延儒成为内阁首辅。他与毛文龙是同乡，对袁崇焕极为痛恨。因温体仁行事不端，常常受到大臣攻击，他就向崇祯标榜自己是“孤臣”，不依附任何党派。对党争深恶痛绝的崇祯认为温体仁是中立派，对其言听计从。温体仁先后五次上疏，请求崇祯诛杀袁崇焕，以排挤韩爌和孙承宗等。他联合阉党余孽，试图借袁崇焕案发动一个“新逆案”，把东林余党一网打尽，就罗织了袁崇焕的不少罪名，如假领军饷、恃功谋叛、自立为王、勾结后金、和谈通敌等等。兵部尚书梁廷栋曾与袁崇焕共事于辽东，两人发生了一些矛盾，一直怀恨在心，此时他上疏请立斩袁崇焕，“则逆奴之谋既诎，辽人之心亦安”。而且，当时的京城百姓承平日久，受到此次惊吓，听信了袁崇焕勾结敌军的谣言，对袁崇焕恨之入骨，请求将卖国贼千刀万剐的呼声前所未有的高涨。这些都令崇祯逐渐坚定了诛杀袁崇焕的决心。当然，最根本的是，袁崇焕的屡次触犯龙威让崇祯帝如坐针毡，这才是崇祯下定决心除去袁崇焕的根本原因。崇祯发现了阉党的阴谋和两党之争，平素最恨党派争斗，一时大怒，下令限五天之内了结袁案。尽管新逆案最终没有做成，但钱龙锡依然被捕论死，后改为充军。

　　日期：2006-12-15　17:41:37
　　主持袁崇焕案会审的，正是与袁有嫌隙的梁廷栋。他决定公报私仇，拟将袁崇焕夷三族，即要将犯人家族、母亲家族、配偶家族满门抄斩。兵部郎中余大成一直为袁喊冤，此时去威吓上司说：“袁崇焕并非真的有罪，只不过清兵围城，皇上震怒。我在兵部做郎中，已换了六位尚书，亲眼见到没一个尚书有好下场。你做兵部尚书，怎能保得定今后清兵不再来犯？今日诛灭袁崇焕三族，形成先例，清兵若是再来，您的尚书位子也要当心啊。”梁廷栋果真害怕，不敢独断，于是和温体仁商议设法减轻处刑，改为袁崇焕凌迟，家属充军。

　　袁崇焕蒙冤下狱时，不少大臣都为之呼冤。崇祯在平台下令逮捕袁崇焕，70岁的礼部尚书成基命当时也在场，当即跪下叩头请皇上慎重，无奈崇祯坚持己见。孙承宗、祖大寿、王来光等等都上疏鸣冤。袁崇焕的一个部将何之璧帅全家40余口申请，愿以全家入狱顶替袁崇焕。兵部职方郎中余大成上《剖肝录》极力为袁崇焕辩白。而平民百姓程本直与袁崇焕素昧平生，只因对其钦佩便拜其为师。此时，他写了一篇《漩声记》为袁崇焕辩冤，其中说：“举世皆巧人，而袁公一大痴汉也。唯其痴，故举世最爱者钱，袁公不知爱也；唯其痴，故举世最惜者死，袁公不知惜也。于是乎举世所不敢任之劳怨，袁公直任之而弗辞也；于是乎举世所不得不避之嫌疑，袁公直不避之而独行也。而且举世所不能耐之饥寒，袁公直耐之以为士卒先也；而且举世所不肯破之体貌，袁公力破之以与诸将吏推心而置腹也。……予谓掀翻两直隶，踏遍一十三省，求其浑身担荷，彻里承当如袁公者，正恐不可再得也。”他申请与袁帅同死，并说：“予非为私情死，不过为公义死尔。愿死之后，有好事者瘗其骨于袁公墓侧，题其上曰：‘一对痴心人，两条泼胆汉’，则目瞑九泉矣。”崇祯帝成全了他，将他投入狱中，最后杀害。

　　日期：2006-12-15　17:49:55
　　崇祯三年（1630）八月十六日，崇祯帝在平台召见大臣，宣布了对袁崇焕的处置意见：“以袁崇焕托付不效，谋叛欺君，结奸蠹国。斩帅以践虏约，市米以资盗粮，既用东酋，阳导入犯，复散援师，明拟长驱。及戎马在郊，顿兵观望，暗藏夷使，坚请入城，致庙社震惊，生灵涂炭，神人共忿，重辟何辞？其家属本当依律正法，姑赦不论，妻子流二千里，安置福建，财产尽没入官。”

　　当天，由刑部侍郎涂国鼎任监斩官，将袁崇焕押往西市执行磔刑，即凌迟处死，俗称活剐、杀千刀。京城百姓对袁崇焕这个私通夷狄、引敌入京的最高军事指挥官欲啖肉饮血而后快。刑场上人山人海，呼声震天，百姓齐声咒骂袁崇焕“奸贼”“叛徒”。刽子手刚割下鲜血淋漓的肉就被蜂拥而上的群众抢去，或者以一文钱一块的价格买去，到手后就塞进嘴里大嚼特嚼一气，咽进肚里。刽子手剖开袁崇焕的胸膛，取出肠胃，发疯的群众互相撕扯，抢得一段就生吞下去。袁崇焕眼睁睁地看着自己倾注全部心血保卫的百姓在解恨地啖食自己的血肉，热泪横流。肉体的惨痛可以忍受，心中的惨痛却让他难以忍受。相传袁崇焕在临刑前还口占了一首诗：

　　一生事业总成空，半世功名在梦中。死后不愁无勇将，忠魂依旧守辽东。
　　48岁的袁崇焕被执行死刑后，朝廷搜查其家，“崇焕无子，家亦无余赀”，只得将其70多岁的老母、弟弟、妻子、4岁的女儿流放到2000里之外的福建。
　　日期：2006-12-17　17:06:08
　　袁崇焕是否被按照磔刑的一贯做法剐了三天才毙命我们不得而知，只知道他的皮肉被削得一干二净，只剩下骸骨弃在地上，也被人用砖头砸碎。他的头颅被挂在城头的旗杆上，准备象熊廷弼的脑袋一样传首九边。他的一个姓佘的部下冒着诛灭九族的危险晚上盗下其头颅，埋葬于广渠门内。这位姓佘的义士此后辞官守墓，并嘱咐子孙世代为袁督师守墓，不许读书做官。世道沧桑，袁崇焕墓屡毁屡建，佘家一直守墓，至今已有376年。现在在守墓人是佘义士的第17代孙、67岁的老人佘幼芝女士。她说：“守墓不为别的，只为‘忠义’两字。”

　　袁崇焕死后，明末党争更一发不可收拾，国事日非，边事日坏。明廷再也找不出一个象袁崇焕一样的将才，更重要的是，这使得将士对腐败的朝廷万分寒心，开始有整个部队投降后金的事情发生。他死后的第二年，投降的明朝将士给满兵带去了红夷大炮，从此明军丢失了武器装备上的优势。各路勤王兵军心大乱，山西和陕西的两路援军竟然沦为流寇，加速了明廷的覆亡。此后，不可一世的崇祯帝再也没有过上一天舒心的平稳日子，十四年后终于吊死煤山。因此，历史学家以“自毁长城”来评价崇祯帝剐死袁崇焕的这一作为。《明史》云：“自崇焕死，边事益无人，明亡征决矣。”对于明朝而言，杀袁崇焕无异于自斩手足，自毁长城，此后再难以谋求足以克敌制胜的帅才，辽事更为艰难，正如时人所说：“封疆之事，自此不可问矣。”

　　日期：2006-12-17　17:11:47
　　不仅如此，在很长一段时间里，袁崇焕被世人认为是死有余辜的汉奸、卖国贼。当时虽有个别人为其鸣冤叫屈，但更多的人却相信袁崇焕的确立下了赫赫战功，但其通敌谋叛也证据确凿。明末不少文人如张岱、董其昌等都相信两个太监挖出了一个大汉奸。而到了南明，已经没有人再为袁崇焕呼冤，无论是高官显贵还是普通百姓，都认为袁崇焕是叛贼，崇祯杀袁崇焕是毋庸置疑的铁案。当时的小说家们还编造了袁崇焕通敌的故事梓行。著名历史学家孟森说：“ (袁崇焕)遂以便宜诛毛文龙。于是崇焕一身，在明诋为罪大恶极之人，而清太宗反间之计得行。阉党余孽，媒孽其间，思宗愚而自用，诸臣意气用事，崇焕至以磔死。定罪时本兵之疏如此，犹日一时君臣之愦愦也。乃至北都既覆，崇焕功罪一日不明。”一个真正的民族英雄，一个曾作出“欲知肺腑同生死，何用安危问去留？杖策必因图雪耻，横戈原不为封侯”诗作的豪杰，一个以“十年以来，父母不得以为子，妻孥不得以为夫，手足不得以为兄弟，交游不得以为朋友。予何人哉？直谓之曰大明国里一亡命之徒”自视、将自己的全部身心交给祖国的志士竟然遭到他所效忠的朝廷的如此对待，而且从崇祯一直到南明，又到清初，始终没有人为他鸣冤叫屈，不能不让人辛酸落泪。

　　日期：2006-12-18　17:24:47
　　这种情形一直持续了一个半世纪。直到乾隆年间，清人张廷玉根据《清太宗实录》编写《明史• 袁崇焕传》才初次透露了皇太极的反间计。几十年后的乾隆四十九年（1784），乾隆皇帝阅读到此传，深受感触，特下旨：“昨披阅明史，袁崇焕督师蓟辽，虽与我朝为难，但尚能忠于所事，彼时主昏政暗，不能罄其忱悃，以致身罹重辟，深可悯恻。袁系广东东莞人，现在有无子孙？曾出仕否？著传谕尚安，详细查明，遇便覆奏。”自此，人们才开始知晓袁崇焕之冤，千古奇冤真正大白天下。此时已经距袁崇焕死155年。