由于众叛亲离，足利茶茶丸迅速兵败。据《北条五代记》一书所载，长氏仅用两个时辰就顺利的攻下了堀越御所，并且当场斩杀了足利茶茶丸；而较早的正统材料《鎌仓九代记》中则说茶茶丸趁乱脱逃，走海路到达了相模豪族三浦氏的保护，直到三浦一族被长氏消灭时才死；另传一说茶茶丸逃向甲斐接受武田氏保护，现日本史家已证实此为错误之说法——但不管怎么样，这件事情的结局就是茶茶丸最终被伊势长氏给灭了，然后崛越公方作为官方组织宣告正式作废，其领地伊豆国由伊势长氏吞并。至于茶茶丸究竟死于是那一年，由于史料本身问题，我个人觉得应该是本年，因为茶茶丸没有在历史上留下任何正式的名字，这说明他可能死时都没有元服（元服是必须取正式名字的，不会还小猫小狗小丸子的喊）。而他弟弟，唯一一个活下来的那个，生于1480年，今年就有13岁了。那么茶茶丸至少在13岁以上，再逃亡几年还不元服就不合情理了。当然，也有可能是他年纪有，只是没有举行元服仪式的缘故，而且根据后世高松松平家编纂的史料《历朝要纪》，足利茶茶丸有着“足利政纲”这一正式名，但具体情况仍然待考。但不管怎样，鉴于其在后来的历史中湮没无闻，所以我们就当他今年死了——如果没有，请当事人息怒。

　　在博览史书的当代人看来，长氏奇袭崛越御所实在是一件没什么特别的事情，毕竟这样的事在历史上太多了。但是假如我们设身处地想一下的话会立刻意识到事情的严重性。打个不恰当的比喻，如果哪一天湖南省省长的舅舅突然进攻广州，杀了广州军区总司令，然后宣布吞并广东省，你还敢“觉得没事”吗？虽然茶茶丸本身是非法夺权，但无论如何中央也没有下达任何征讨命令，不管怎样也轮不到伊势长氏这种身份的人（邻省省长舅舅）来干这事啊！深入剖析，我们要得出两个结论和一个推测：

　　结论1：这是一个乱世。
　　结论2：乱世出英雄。
　　这两个结论没什么好说的，但猜测却很重要——
　　猜测：伊势长氏是否得到了另一些人的支持？
　　首先今川家应该是知道内幕的，一来长氏借兵绝对要说明理由，二来长氏没必要隐瞒，因为后来的历史证明他姐姐和侄子一直支持他到去世，足以说明双方关系是相当相当铁的。今川家大概是想赌一把，赢了可以免除自己东面的威胁，输了茶茶丸也打不过今川家。但问题是，除了今川家外，长氏是否还得到了别的援助——比如，细川政元。

　　和上次消灭小鹿范满一样，很多人怀疑长氏的这次行动是在细川政元的支持下发动的。而根据我的推理，此猜测可以说有理，但又不全有理。说有理，是因为细川伊势两家关系密切，而政元也不希望一个强势的崛越公方在茶茶丸的统治下脱离他的计划体系。但问题是，在1492茶茶丸自立到1493年灭亡之间伊势长氏似乎没有也没空离开骏河（忙着装和尚实地勘察），所以两人之间的来往应该是书信或口信之类的，长氏不太可能从政元处获得多少实际帮助。而鉴于茶茶丸败亡之快，细川政元大概也不会算计得这么准确然后遥控关东。更重要的是，此时政元正忙于如何处理与新将军足利义材之间关系这个大问题，实在难以抽出时间精力出来调度关东的部署。但是，我们有理由相信，政元大概是给了长氏类似口头承诺之类的话语，支持其在关东对付茶茶丸，而长氏行动之快估计也大为出乎政元意料，于是此事就这样成了。

　　而更可疑的一点是：崛越公方虽然灭绝了，但并不意味着崛越足利家灭绝了，因为大家不要忘了，足利政知生前还有一子。按道理伊势长氏灭了茶茶丸，理应由这个孩子即位，但事实是没有——为什么呢？如果大家看到下面一件更大的事之后会更加怀疑长氏与政元在这次事件中的关系问题了。
　　但是对历史进程来说，这件事意义相当重大：因为从这一刻起，伊势长氏正式成为了一国之主，开始了其家族称霸关东的百年大业。
　　日期：2011-04-27　16:10:51
　　——近畿。
　　2月15日，应管领畠山政长邀请，刚休息3个月的全国最高领导人、征夷大将军足利义材马不停蹄地出兵近畿，讨伐“逆贼”畠山基家。此事应该是新老旧账一起算的结果，本来畠山义就作为应仁之乱主谋，在战乱后理应接受国内法庭的审判，但这厮不但不思悔改，还纠集军队在近畿打了十几年，又直接引爆了山城国一揆，实在罪无可恕，现在他倒是死了，剩下的帐理所当然得算到儿子头上；与此同时，义就父子死对头畠山政长与新将军关系甚好，而足利义材又火气正盛，两人一拍即合，决定再发动一次大规模军事行动，这样一来政长可以消灭心头大患，二来义植可以再次提高自己的威信，何乐而不为？于是新将军第二次军事打击行动正式拉开了帷幕。

　　战争很顺利，24日幕府军便包围了基家的大本营，看来不出意外基家即将成为第二个六角高赖。
　　但此时义植不知道，一个巨大的阴谋正在酝酿之中。
　　就在义植准备着第二次凯旋回京之时，京都出现了一系列异常举动，而所有的事件的中心围绕在一个人的身上——细川政元，同时大家不要忘了前阵子的“谣言”：细川政元与畠山基家结成了联盟。
　　3月，细川政元与政“四职”家赤松政则，政所执事伊势氏，大和豪族古市澄胤、越智家荣，前将军夫人（兼老妈）日野富子秘密取得了联系。与此同时，细川政元命其异母姐还俗嫁与赤松政则，双方缔结同盟。这些举动在日本社会见怪不怪，不过是两家缔结美好姻缘，很正常，所以没有什么人注意。然而，等到所有的事件一起引发的后面的结果发生时，大家都被彻底地震惊了——

　　4月22日，幕府管领细川政元宣布：废除大将军足利义材日本国最高领导人职位，改立足利政知最后一个儿子——足利义澄为室町幕府第11代征夷大将军，将前将军足利义材流放，史称“明应之变”。次日，细川政元剥夺细川政长所领的河内、纪伊、越中守护职位，将其视为反革命，宣布全国共诛之。
　　现在大家知道足利政知最后的儿子为什么没有去当“关东公方”了吧？因为他有更重要的工作：当征夷大将军。这足以为令人怀疑长氏与政元“合谋灭茶（茶丸）说”增加了一份佐证。
　　说回来。政元迅速派兵开进河内，攻打正在前线与自己盟友畠山基家作战的足利义材和畠山政长。此时最郁闷的莫过于足利义材：自己昨天还是全国最高统帅，结果一夜之间便成为了废人。不过没时间想这么多了，因为细川家的军队已经开进了。此时的情况有点像当年司马懿诛杀曹爽的感觉，如果当年曹爽愿意反抗一下，还是有机会翻盘的。义材显然比曹爽有种，当即就准备反攻首都。但是，他却失败了——为什么呢？

　　凡是精通兵法的人都知道，前线作战后方被捅的消息是不允许肆意传播的；就算要，那也得是欺骗士兵，谎报军情。吴王夫差是懂兵法的，所以当越国奇袭背后时他果断地斩了报军情的人；关羽是不懂的，所以当吕蒙白衣渡江后竟然还让使节在军中随意走动，以致将士都无心恋战，最后败走麦城。我们不清楚足利义材在“明应之变”发生后是否采取了类似应急措施的行动，但是我们可以知道，事变发生后不久，各路大名的军队纷纷撤出了前线。比如大内家，就立马回师，结束了第二次近畿之行。而更有甚者，比如斯波氏、武田氏（若狭）撤往堺港，转而支持足利义澄。义材晕了，现在支持他的人基本上就只有畠山政长了——然而，1493年闰4月25日，细川政元军攻破了正觉寺，畠山政长自杀，其子尚顺逃亡纪伊，“前”将军足利义材“彻底”降伏。

　　然而，当足利义材回到京都时突然发现了一个问题，同时细川政元等人也发现了：废立将军，本应得到天皇的圣旨，那政元拿到圣旨没有？没有。
　　后土御门天皇相当郁闷，因为细川政元的废立大事完全没有同公家商量，天皇完全不知情，于是他一下就给气倒了。其实这事也没什么，只要政元事后再跟皇室打声招呼，然后对外宣称是天皇的意思就行了。但问题是，政元完全不打算这样做，不但事前不做，事后也没这个意思。政元此举是赤裸裸地蔑视天皇的权威——能怎么着？即便如此，天皇能有什么办法呢？他只是名义上的“天下第一家”，而政元则是“正版”的。不过天皇是有尊严的，他也倔起来了，死活都不承认此次政府换届的合法性，同时第5次提出退位。政元这时才发现问题的严重，于是立刻发动他的“御用公家”们轮流劝说天皇，威逼利诱：您老不承认就不承认呗，退位的事就别提了。天皇无奈，毕竟自己还要领人家的工资吃饭，所以只好作罢。

　　但义材发现了这点，他看到了机会。于是，他做出了决定。
　　6月29日 足利义材乘暴风雨出逃，于7月窜逃至比加贺国还要靠北的越中国，投靠了越中国守护代神保家。