元兴二年二月，桓玄为提高威望，上表请求率领军队扫平河、洛，然后指示朝廷下诏制止，便对外宣称“奉诏故止”。
　　九月，使朝廷拜自己为楚王，封十郡，加相国，总百揆，备九锡，出国置丞相以下官署。
　　正当桓玄得意之际，一连串的打击接踵而至，其兄桓伟病死，桓伟最受桓玄信任，是桓玄的左膀右臂，所以桓玄的死对桓玄的打击不小。
　　不久殷仲堪余党叛乱，桓玄之侄自立。虽然这两件事很快被平定下去，但却给了桓玄巨大的精神压力。
　　形势在逆转，如果不赶快禅代，皇帝梦难免会成为泡影，桓玄已急不可待。
　　元兴二年十二月三日，桓玄一脚把晋安帝踢到一边，即皇帝位于姑孰，改年号为永始，国号：楚，追尊其父桓温为宣武帝，庙号太祖。立其妻刘氏为皇后，大封桓氏兄弟子侄为王。文武百官加官进爵，这是桓玄在告诉满朝文武：跟着我混，我保证不会让你们做恶梦。
　　次年二月，安成王桓修带一人入朝，桓玄以为用怀柔政策就可以打消这个人的不满情绪。究竟是什么人？值得娇矜的桓玄如此重视。这个人就是北府军的中级将领——刘裕。
　　刘裕出身贫苦，但以汉高祖刘邦后人自居。他原本是个赌徒，但是后来参加了北府军，参与了平定孙恩的农民起义，如今在北府军的地位都是提着脑袋在刀山火海里拼出来的。

　　当时北府军的高级将领都被桓玄杀的差不多了，所以桓玄只能看看刘裕对他篡权有没有意见。
　　刘裕不是傻子，直到如果表示不满就会遭至杀身之祸。所以明里表示支持，拖住桓玄。其实暗中对桓玄篡夺地位很是不满，做了很多准备工作，加进了起兵维护晋室的步伐。
　　不久，刘裕以旧伤复发为由，与何无忌同船而回，密谋复兴晋室。于是刘裕与其弟刘道规，还有何无忌、刘毅、孟昶、魏咏之、檀凭之、诸葛长民、太王元德、辛扈兴、童厚之等共同谋划起兵。
　　当时桓修弟桓弘为征虏将军、青州刺史，镇守广陵，刘道规担任桓弘的参军，孟昶担任桓弘的主簿。刘裕暗中派刘毅去江北，起兵后与二人共杀桓弘；诸葛长民为豫州刺史刁奎左军府参军，刘裕命令他起兵时干掉刁奎，占据历阳；王元德、丰扈兴和童厚之则在京城活动，作为内应。
　　过了一段时间，刘裕以游猎为由，与何无忌等人再次相聚，一共有一百多人。
　　第二天清晨，京口城门打开，刘裕与何无忌等一举袭杀桓修。刘毅与孟昶等人在广陵干掉了桓弘。刘裕被推举为盟主，并且有了追随自己的人马，虽然说当时只有两千多士兵。于是遂传檄文至京城：

　　夫治乱相因，理不常泰，狡焉肆虐，或值圣明。自我大晋，阳九屡构。隆安以来，难结皇室。忠臣碎于虎口，贞良弊于豺狼。逆臣桓玄，陵虐人鬼，阻兵荆郢，肆暴都邑。天未亡难，凶力繁兴，逾年之间，遂倾皇祚。主上播越，流幸非所；神器沉沦，七庙毁坠。夏后之罹浞、豷，有汉之遭莽、卓，方之于玄，未足为喻。自玄篡逆，于今历年，亢旱弥时，民无生气。辅国将军刘毅、广武将军何无忌、镇北主簿孟昶、兖州主簿魏咏之、宁远将军刘道规、龙骧将军刘籓、振威将军檀凭之等，忠烈断金，精贯白日，荷戈奋袂，志在毕命。益州刺史毛璩，万里齐契，扫定荆楚。江州刺史郭昶之，奉迎主上，宫于寻阳。镇北参军王元德等，并率部曲，保据石头。扬武将军诸葛长民，收集义士，已据历阳。征虏参军庾赜之等，潜相连结，以为内应。同力协规，所在蜂起，即日斩伪徐州刺史安城王修、青州刺史弘首。

　　同时，刘裕派孟昶留守京口，自己亲率一千七百余人进驻竹里。
　　桓玄得到刘裕起兵的消息后，命扬州刺史桓谦为征讨大都督。因桓谦力主出击，先发制人。桓玄乃遣顿丘太守吴甫之、右卫将军皇甫敷相继自建康北攻京口。
　　日期：2012-01-02 09:17:30
　　桓玄之乱（中）成败覆舟山
　　桓玄自从听说刘裕起兵，甚为忧惧，有人劝慰他说，刘裕等实力弱小，何虑之甚！桓玄却说：“刘裕足为一世之雄，刘毅家无担石之储，摴蒲一掷百万；何无忌，刘牢之甥，酷似其舅。共举大事，何谓无成”
　　三月，刘裕与吴甫之在江乘遭遇。吴甫之是桓玄手下骁将之一，他所率军队更是精锐。阵前，刘裕手执长刀，阵列在前，大呼而冲，所向披靡，以及就灭掉了吴甫之。刘裕追至罗落桥，皇甫敷率数千人迎战。宁远将军檀凭之与刘裕各率一部，与皇甫敷展开血战，檀凭之战死，其众溃散。而刘裕却越战越勇，军队士气高昂，阵斩皇甫敷。

　　桓玄听说这二将相继兵败战死，那个心疼啊。可是桓玄知道现在还不是心疼的时候，立即再遣桓谦与何澹之屯兵东陵，侍中、后将军卞范之驻军覆舟山以西，合计兵力共二万余人。刘裕知道还要打更难打的仗，所以让三军饱餐一顿，带上三天的干粮，轻装前进至覆舟山以东。
　　可是，就在此时，刘裕军的军旗突然折断，所有人都认为这是不详之照。刘裕力排众议，坚持进攻。
　　于是派老弱病残大张旗鼓的向山上发起佯攻，掩盖自己的真实意图。桓玄竟然当真，以为刘裕已经派主力进攻覆舟山，急调武卫将军庾赜之率精兵出援。醒谦的士兵大多都是北府人，素畏刘裕，所以听说对面指挥的是刘裕，几乎都丧失了斗志。刘裕与刘毅等将军队分为数队，向桓谦军发动突击。刘裕身先士卒，以鼓舞士气，将士们见老大冲在最前，无不死战，各个以一当百。正好当时东北风挂的很大，刘裕借风纵火，“鼓噪之音震京邑”，大破桓谦。

　　桓玄见再次失利，无心再战，为了保住小命，只能卷铺盖走人了，带着其子侄演讲南下。刘裕率军进入建康，并遣兵追击桓玄。
　　五月，刘毅与桓玄在峥嵘洲遭遇，刘毅以少击众，再次因风纵火，击败桓玄主力，使其部溃不成军，夜烧辎重而逃。
　　义熙元年正月，刘毅等到达江津，击破桓谦、桓振，收复江陵。
　　三月，刘裕迎安帝复位。为奖励刘裕再造晋室之功，安帝进刘裕为侍中、车骑将军、都督中外诸军事，掌握朝政。
　　桓玄从称帝到兵败出逃，共经八十天;从称帝到被杀，前后不足半年，死时方三十六岁。可怜桓玄，赔了身家性命，却成就了刘裕。如果没有桓玄之乱，刘裕不知还要多少年才能混出头，可见时势造英雄啊。
　　现在东晋这个舞台，主角只会一个，那就是——刘裕。
　　至此，刘裕平孙恩，灭桓玄，力挽狂澜，再造晋室，功高盖天。当然，即便如此，刘裕在东晋的政坛上还没有做到一人独大的地步。毕竟和他一起打桓玄的人马还有好几路，再说当时司马氏宗室还是有一定影响力的。好在桓玄和孙恩的残余力量还在催死挣扎，使得刘裕可以“养寇自重”。朝廷还用得着他，自然不敢动他。所以刘裕这个仅靠四年就异军突起的政治新星的地位还算稳固。但在一个此消彼长的乱世，如逆水行舟，不进则退啊。因此刘裕还需要继续建立更多的功劳来巩固他的地位。他不会像桓玄一样玩虚的，他要靠他的本事来打天下。

　　日期：2012-01-03 11:54:24
　　桓玄之乱（下）运筹帷幄
　　刘裕四处寻找猎物，第一个目标出现了。谁呢？后秦。为什么会选择这个表面上看起来很强的后秦呢？这就体现了刘裕惊人的战略眼光。
　　397年，后凉分裂，段业建立北凉，之后又分出西凉，但其统治者都依附东晋。当时的代国也是东晋的附属，拓跋珪的弟弟拓跋仪就是一个亲晋积极分子。当年姚兴攻打洛阳的时候，拓跋珪就派了穆崇率六千铁骑支援晋军。
　　由此可见，一旦开打，后秦将三面受敌，晋国必然会攻占后秦大片领土。所以刘裕就给后秦的老大姚兴来了个先礼后兵，派使者向后秦求和，条件是让后秦割让南乡等诸郡。