怀特叛乱很快被镇压下去，而怀特在临上断头台前，终于承认伊丽莎白与叛乱毫无关系。不过，在玛丽一世看来，伊丽莎白仍难脱嫌疑，于是，玛丽一世下令，将伊丽莎白关进了伦敦塔。安妮•波琳在伦敦塔被送上断头台的恐怖阴影重现，令伊丽莎白感到极为恐惧。她竭尽全力，写了一封极为恳切的信给玛丽一世，发誓说自己从未听取过任何企图颠覆女王统治的阴谋，也决不允许有任何对女王和国家有害的事情发生。她还希望姐姐不要受小人蛊惑，使姐妹手足相残。

　　但是，这封言辞恳切的信并未起到作用，伊丽莎白还是被用船押解到了伦敦塔前的河岸边。在瓢泼大雨中，伊丽莎白拒绝进入塔内，她宣布：“我作为囚犯在这里登岸，但是，我是忠诚正直的。”在场的许多人都被落难的都铎朝公主仍然保持的那种高贵和尊严感动得流下热泪。伊丽莎白昂首进入塔内，开始了她的囚徒生活。
　　经过一段时间，玛丽一世实在找不到伊丽莎白谋反的证据，只好将伊丽莎白从伦敦塔里放了出来，但是，立即又将她软禁在玛丽一世自己的庄园内，其看守严密程度，尤甚于在伦敦塔。伊丽莎白忍无可忍，给玛丽一世写了一封表示愤怒的信，玛丽一世回信将伊丽莎白严厉斥责了一顿，此后，她继续寻找伊丽莎白谋反的证据，以图剥夺伊丽莎白的继承权，一劳永逸地解除这个对天主教最大的威胁。

　　但是，任玛丽一世如何绞尽脑汁，想方设法，伊丽莎白谋反的证据一直没有找到，所以，玛丽一世一直无法剥夺伊丽莎白的王位继承权。另一方面，如果玛丽一世生下一男半女，伊丽莎白的继承权也就可以立即剥夺，但是，玛丽一世又迟迟不见生育，所以，也就无法将伊丽莎白彻底从王位旁赶走。
　　1558年，玛丽一世最终也没能剥夺伊丽莎白的继承权，在遗憾中离开了人世。经过艰苦的等待，伊丽莎白终于等到了胜利的到来，在举国欢庆声中，她登上了英国王位，成为英国女王伊丽莎白一世。
　　伊丽莎白一世一登上英国王位，立即宣布重立英国国教，她在议会的支持下，先后颁布《至尊法案》和《顺从法案》，重新确定英王为英国教会的领袖，不承认罗马天主教廷的权威，要求一切教职人员和所有官员，都必须宣誓效忠英王。伊丽莎白一世的法令，语气比较温和，满足了大部分人的愿望，在最大程度上，尽可能争取了对英国国教的较广泛的支持。

　　伊丽莎白一世即位之初，面对的形势非常严峻，玛丽一世追随西班牙对法国开战，结果丢掉了加来，英国在国际上威信扫地；而英国在苏格兰也非常失败，法国势力控制了苏格兰，古老的法苏同盟联手对付英国的威胁重现，当时的英国人说，法国国王，“一只脚立足加来，另一脚踏在苏格兰，横跨在英国头上”；而天主教认为安妮波琳与亨利八世的婚姻非法，所以普遍质疑伊丽莎白一世即位的合法性；在财政上，爱德华六世和玛丽一世，给伊丽莎白一世留下了二十万英镑的巨额债务，英国的财政状况深陷危机。

　　面对如此混乱局面，伊丽莎白一世不慌不忙，以惊人的智慧，逐一解决。她首先解决了宗教问题，使英国恢复了英国国教，首要的方向问题解决了，接下来就可以放手解决其他的问题。
　　紧接着，伊丽莎白一世改组了枢密院，驱逐了把守要津的那些天主教徒，起用了一批忠诚能干的新教徒。伊丽莎白女王以男人的理智和女人的直觉，选择了今后的助手，如首要的大臣塞西尔，掌玺大臣尼古拉斯•培根，坎特伯雷大主教帕克等。当时38岁的塞西尔，忠心耿耿为女王效力四十年，深得信任，死后还由其子接任。女王对他的信任被很多人嫉妒，如女王的宠臣达得利就多次说塞西尔的坏话，但是，女王把感情和事业分得很清楚，并不听信谗言，始终信任塞西尔。

　　然后，伊丽莎白一世开始解决与法国和苏格兰的外交问题。伊丽莎白一世的运气也很不错，她在位时，法国正是弱主弗朗索瓦二世在位，大权旁落，权力落在天主教贵族吉斯家族手中。女王敏锐地发现，虽然法国吉斯家族在法国和苏格兰都有很大的权势，但是，它们也面临着极大的挑战，在法国，属于新教的胡格诺派，与吉斯家族势不两立，法国内战一触即发；而在苏格兰，已接受新教的苏格兰人，对朝廷掌握在法国天主教势力手里，极为不满，起兵反抗。这样的形势，使伊丽莎白女王看到了解决与苏格兰关系问题的曙光。她利用这种形势，暗中支持苏格兰起义军。而面对法国和苏格外兰的质问，伊丽莎白女王使出她几十年外交的第一件法宝，耍赖，不认帐。法国和苏格兰一时倒也无可奈何。

　　到后来，女王干脆直接出兵支持。而这时，法国爆发了严重的危机，1560年3月，法国胡格诺派发动起义，遭到天主教贵族吉斯家族的残酷镇压，长达三十六年的法国内战，到了一触即发的边缘，法国自顾不暇，哪里还顾得上管苏格兰的事？而当时欧洲最强大的西班牙的斐立普二世，虽然不希望新教英国兼并苏格兰，但更不希望世敌法国兼并苏格兰。伊丽莎白一世利用这种有利的国际形势，派出重臣塞西尔出使爱丁堡。塞西尔不辱使命，1560年7月16日，英法苏三国签订《爱丁堡条约》，承认伊丽莎白一世的英国女王地位。这是英国外交的重大胜利。这时，伊丽莎白女王刚刚即位不到两年，这年她二十七岁。

　　伊丽莎白一世的统治，逐步稳定下来。
　　此后，伊丽莎白一世在资产阶级和新贵族的支持下，推行一系列有利于国家富强和资本原始积累的政策。她在政治上，强化专制王权，重用塞西尔等大臣 ，逐渐把议会变成专制统治的工具；在经济上，伊丽莎白一世实行重商主义政策 ，保护和发展本国毛纺织业和其他新兴工场手工业。她特别鼓励造船和航海业，鼓励建立各类海外贸易公司，扩大英国呢绒等商品的海外市场。继续鼓励圈地运动，颁布各项法令，力图用国家政权控制或干预社会经济变革。在国际上，伊丽莎白一世统治的早期，采取使法国和西班牙两大强国互相牵制的政策，使英国一度较少卷入欧洲大陆纠纷，这有利于英国争取和平的国际环境，全力以赴发展国力。

　　伊丽莎白一世，摸索出了一套她独有的统治方法。她耐心地倾听，但是，牢牢掌握着最后的决定权；她信任臣下，让他们放手做事，但是，她不会把最后的权力完全交给他们；女王对待议会，也是笑脸与蛮横相结合，女王善于将坚持与宽容巧妙地结合在一起，在与大臣们打交道时，她善于将政治化为感情攻势，利用女性优势，使那些绅士们自动放弃意见；女王融合了男性和女性的特点，这大大有利于她的统治；女王是宽容的，而在触犯了女王的权威时，她则会勃然大怒。

　　即使是对女王最宠爱的来斯特伯爵达得利，在他与女王发生争吵时，女王也会大怒道：“我一手提拔起来的人，也可以一手把他打下去！”其语气与亨利八世如出一辙。
　　伊丽莎白女王的一个特点是犹豫不决，这并不是她的弱点，反而是她的过人之处，因为站得高，看得远，所以才能比常人发现更多的问题，要把这些问题都考虑清楚，才能最后做决定，所以，女王经常面对问题长时间犹豫。不过，我们不妨认为这是女王的深思熟虑，因为，如果草率决定，结果是错的，那后果可就严重了。所以，在没有明确的根据之前，女王通常不会轻易下决断。这也与女王的经历有关，她的王位得来不易，所以她做任何事都格外小心，不敢稍有疏忽，以免酿成大错。

　　英国的发展和国家安全，取决于王位的顺利传承，所以，从伊丽莎白女王登基开始，她的婚姻大事，就成了大家关注的焦点。她对这个问题，显示了她性格的坚强与复杂。因为都想得到英国，所以，各国的国王和王子纷纷向伊丽莎白女王求婚。