杨佺期信以为真，便亲率八千精兵南下救江陵。可到了江陵，殷仲堪送来的犒军伙食不见酒肉，只有稀粥。知道上当的杨佺期气得大骂：“这次完蛋了！让姓殷的害死了！”也不与殷仲堪见面，直接向桓玄军进攻，想在军队还没饿肚子前打完这一仗。心里一急躁，用兵自然破绽百出，而桓玄也针对杨佺期急于求战的心理，以退为进，诱其入伏，在马头（今湖北公丨安丨县西北）大败杨佺期，随后生擒杨佺期和杨广兄弟，将二人斩首，以首级向建康献捷（又不是司马元显让他杀人，与其说是献捷，不如说是向朝廷示威）。

　　殷仲堪得知杨佺期的死讯，知道这回完了，率数百人弃江陵而逃，打算投奔后秦。逃到冠军城（今河南邓县西北）被桓玄的追兵抓获。在押送回来的途中，殷仲堪被逼自杀，他的侄儿殷道护被斩首。对他忠心耿耿的罗企生不久也被桓玄所杀，实践了自己的承诺。
　　至此，桓玄踏着两位盟友的鲜血，完全控制了江、荆、雍三个大州，梁、广等州也依附于他。桓玄已握有东晋差不多三分之二的疆域，成为最强大的地方势力。他上疏要求中央承认，履行一下让他合法占有的手续，正被孙恩弄得焦头烂额的司马元显当然不敢得罪他，特任命桓玄为都督荆、司、雍、秦、梁、益、宁、江八州兼豫、扬八郡诸军事，荆、江二州刺史。同时为了给在大牢里担惊受怕了几天的老哥桓伟压压惊，桓玄给了他个雍州刺史头衔。

　　日期：2010-04-02　07:07:33
　　海盐之战
　　谢琰战死的消息，让东晋朝廷大为震动，吴兴太守庾桓害怕孙恩首次登陆时，百姓群起响应的往事再次发生，便残忍地屠杀了几千名男女信徒，可见其惊慌失措的神态。稍后，司马元显派冠军将军桓不才、辅国将军孙无终、宁朔将军高雅之等人出兵讨伐。其中孙无终是刘裕最早的老上级，高雅之是刘牢之的女婿，均属于北府军系统。然而北府军的老大，刘牢之却没有动。因为去年底北府军才刚刚去三吴洗劫过一次，现在过去不到半年，新生的羊毛估计都还没长好，油水不会太多，所以刘牢之再次前往的动力不足，也就不会像上次那样自告奋勇了。

　　晋军没有出动真正有力的劲旅，战事便拖了下去。但到了隆安四年（公元400年）十一月，孙恩与高雅之大战于余姚，高雅之大败，士卒十折八九。东南局势再度恶化，司马元显只好加封刘牢之都督会稽等五郡军事，请求他出兵对付孙恩。女婿让人欺负了，老丈人也不能不管啊，于是刘牢之终于出兵了。
　　孙恩一向畏刘牢之如虎，听到他要到来的消息便心生惧意，再加上已经登陆大半年，可能也抢掠积蓄了不少物资，便不与刘牢之交战，率领所部提前撤回舟山，基本没有损失。北府军兵不血刃，收复各郡县。
　　为了防备孙恩再来，刘牢之决定在沿海几个要点，筑城守备：一、刘牢之本人驻防上虞（今浙江上虞县）；二、命参军刘裕，驻防句章（在今浙江宁波市南鄞江南岸）；三、命吴国内史袁崧在沪渎（今上海市西旧青浦镇附近古吴淞江）筑城设防。
　　在这三个要点中，句章的守兵最少，不足千人，距离孙恩最近，与舟山群岛几乎是隔海相望，驻守此处实在是一个危险性很高的苦差事。但对刘裕来说，这却是他难得的机会，他终于能够指挥一支军队，独挡一面，充分展示自己的将才了。
　　刘裕一到句章上任，就显出了他的与众不同。当时，因为刘牢之放纵士卒暴掠，北府军在三吴诸郡的名声极差，不想这位刘参军的人马却军纪严明，所到之处秋毫无犯，当地百姓大喜。人在肚子饱胀时，满汉全席也没什么味道，快要渴死时，一杯自来水也会甘美无比，因此刘裕很快在久历兵灾的当地人中赢得了美名，也得到他们的积极配合，很快做好了迎击孙恩来犯的准备。

　　两个月后，即隆安五年（公元401年）二月一日，孙恩军在浃口第三次登陆，兵锋直取句章。原以为这么一个才几百兵镇守的小城，自然应该是手到擒来，谁知道这里的守将非常扎手。不但作战英勇，身先士卒，而且异常狡诈，诡计百出，孙恩数万大军的几次进攻全被打退，不能前进半步。这样糟糕的经历也让孙恩和他的属下们，第一次记住了刘裕这个名字。不过由于刘裕的兵力太少，孙恩军损失也不大。不久，刘牢之率军前来支援句章，孙恩不敢迎战，又连忙上船，逃回海岛。

　　日期：2010-04-02　07:09:59
　　孙恩的第三次登陆一无所获，他的部众迫切需要解决的补给问题依然严峻，因此仅仅过了一个月，孙恩大军倾尽全力，发动了最大规模的第四次登陆。这次再来，孙恩决定不再就近登陆，去碰句章那颗硬钉子，而挥师向北，在今杭州湾北岸的海盐（今浙江海盐）上岸。海盐，顾名思义，以“海滨广斥，盐田相望”而得名，制盐业在古代是一直油水极大的行业，所以这里还是很值得一抢的。

　　不料驻守句章的刘裕情报工作干得也不错，事先探得消息，当机立断，率句章守军星夜北上，赶在孙恩军到达之前，抢先进驻海盐。孙恩刚到不明情况，以为海盐无备，没做什么准备便直接攻城。此时刘裕的兵力不满一千，虽然海盐县令鲍陋临时征召了民兵约千人，但与孙恩的十几万人相比，兵力仍十分悬殊，而且那些新召民兵是没多少战斗力的，情况不容乐观。

　　不过刘裕既然敢来，就不会被困难吓住。他组织数百名敢死队，由自己亲自带队，全都手持短兵，脱去甲胄（可能是为了行动迅捷，同时不易发出声响），潜伏在城门处，而城上只布置了稀稀落落几个人。孙恩军不知刘裕已到，见此情景，以为不会遇上像样的抵抗，便放心前进，正在他们的松懈当口，刘裕突然打开城门迎头痛击，击败孙恩军，斩其部将姚盛。

　　初战告负，损兵折将，让孙恩怒不可扼。从他打败谢琰和高雅之来看，孙恩也是有一定将才的，老被这样弱小的敌人欺负，面子也挂不住啊！于是，孙天师下令猛攻海盐，刘裕率部坚守，苦战数天，虽然连续打退孙恩军的进攻，但城内守军也感到压力越来越大，毕竟双方兵力太不对等了。
　　刘裕决定再出一次老千。数日后的一个清晨，早起准备接着攻城的孙恩部众发现今天的海盐城有点儿异样：城门竟然是开着的，原先飘扬的旗帜不见了踪影，平时戒备严密的城头上只有几个老头在当门卫。这种唾手可得的样子让孙恩的人有点疑惑，便向城头上那几个老头打听：“刘裕到哪儿去了？”
　　城头上的老头回答：“因为大军攻城太急，他兵少难以抵挡，所以昨天夜里偷偷开城逃走了。”孙恩的人大喜，总算把讨厌的刘裕打跑了，于是争相入城。倒霉的孙恩部众又没想到，刘裕早已经将海盐城内的街道小巷打造成了一个大陷阱，等他们入城，兵力被街道分割，丧失了有效指挥，而且又没有防备之时，刘裕突然率埋伏的精兵杀出，大败孙恩军，将他们再次赶出了海盐城！

　　又吃了一次败仗之后的孙恩服了，也清醒了，论打仗他怎么也玩不过刘裕，但他现在兵力雄厚，而刘裕兵少，暂时也不能给他致命打击。海盐打不下来，我可以去其他地方试试啊，大军岂能老耗在这儿等死？这么大的柿子林，就不信捏不到软柿子！于是，孙恩放弃攻打海盐，挥军北上，进攻沪渎。
　　日期：2010-04-05　07:08:55
　　嗣之争功
　　发现孙恩军将北攻沪渎之后，刘裕也放弃海盐，尾随追击。海盐县令鲍陋感激刘裕的救助之恩，特地派儿子鲍嗣之率一千民兵前来助战。但好心也会办坏事，事坏就坏在这一千援兵的主将鲍嗣之身上。