经过几个回合的磋商，厦门当局与荷兰人达成三点协议：第一，将出售足够的货物给居住在大员的荷兰人；第二，将派出特使与若干帆船前往巴达维亚会晤东印度公司总督；第三，在此期间内，将暂停商船驶往马尼拉、交阯、柬埔寨、北大年等地。
　　荷兰人对这样的结果欢欣鼓舞，厦门当局以签约为名，让弗朗森率两艘船只前往厦门岛。实际上强硬派人物俞咨皋根本不想与荷兰人签什么协定，他只是忽悠而已。当荷兰船只靠岸后，他便让手下在沙滩上搞了一个盛大的欢迎仪式，端上丰盛的酒食招待。荷兰人不知是计，开怀畅饮，喝得酩酊大醉。就在这个时候，俞咨皋悄悄地派出五十艘火船，忽然出现在两艘荷兰夹板船的周围。其中“麦登号”舰船被火船烧着，火焰又引爆了船上的火药，在几声巨响之后，这艘荷兰舰船沉入冰冷的海水中。另一艘荷兰舰船“伊拉斯莫斯号”则比较幸运，因为其船长比较早就回到船上，他指挥剩余船员把火扑灭后逃之夭夭。

　　呆在海滩上没有返回船上的荷兰船员，悉数成为俘虏。
　　这次不算光明正大的偷袭取得了明荷战争爆发以来最大的胜果：焚毁一艘巨舰，斩首八级，俘虏五十二人，其中包括荷兰将领高文律。这也是1622—1624年总共持续三年之久的澎湖军事冲突中，中国方面惟一焚毁的一艘荷兰巨舰。从后来南居益的奏搞中，我们可以得出一个结论，这次偷袭的设计者，便是这位新上任的福建巡抚。那么堂堂一位巡抚，为什么要使用这种并不光明正大的手段呢？

　　日期：2012-03-07 07:36:30
　　《怒海争锋—15》
　　南居益上任之初，便明白这绝对是烫手的山芋。前任巡抚商周祚的下台就是个例子，不要看福建水师名声在外，号称中国最精锐的水师，其实压根不是荷兰人的对手。只要看看战例就知道了，在与荷兰的战争中，中国方面损失了数十艘的战船，渔船、商船更是不计其数，而荷兰人呢？一艘主力船也没有损失！就凭着五六艘战船就足以在福建海域里横冲直撞，如入无人之境，这是为什么呢？

　　就抚福建后，向以铁腕手段著称的南居益雄心壮志，第一反应就是要以武力解决，驱逐荷兰人。可是当他深入考察双方实力对比后，不禁倒吸了口气。荷兰人的坚船利炮名不虚传，南居益写道：“夷舟坚铳大，能毒人于十里之外，我舟当之无不糜碎。即有水犀十万，技无所施。”（《总督仓场户部右侍郎南居益谨陈闽事始末疏》）分析双方的攻守形势，这位新任福建巡抚并无十足把握：“而彼方依大海波涛之险，挟巨铳坚舟之利，盘据以筑城，勾连以内向。而我积衰之兵、不完之器，汪洋澎湃之中，一彼一此，能操其必胜乎？”（《福建巡抚南居益又奏（天启三年八月二十九日）》）

　　试想想，荷兰战船可以在数里之外发动攻击，每艘船单侧舷炮有二十至三十门，倘若以五艘战船来计，便有一百到一百五十门大炮，这些大炮轰出数十斤重的炮弹，足以将一般船只摧毁。荷兰战船可以远距离开炮，而中国战船却必须要近距离才能还击，这种武器上的巨大差距在第一年的战争中已经看出严重的后果了。
　　笔者看到有些著述家出于爱国之情，往往过分夸张晚明时期中国的军事力量。最有发言权的，当然是那个时代身处其中的人物。事实上彼时有责任心的人，都不会回避一个问题，那就是帝国的军队战斗力实在太差。南居益以“积衰之兵”“不完之器”的表述，正可说明帝国无论在军队士气上或武器上都无优势可言。尽管如此，面对傲慢的荷兰人，以外交途径逼迫其退出澎湖已是不可能，只能以武力解决。堂堂正正的对阵显然是吃亏的，因此南居益不惜使出诡计，以谈判为名，暗地里偷袭，终于焚毁一艘荷兰巨舰。这种偷偷摸摸的手段，对于天朝上国来说，未免算不得光明正大，可是南居益显然认为跟荷兰这种蛮夷讲礼仪仁义，未免对牛弹琴了，要对付船坚铳利的荷兰人，最好的办法莫过于先发制人、以计取胜。

　　对厦门之役的辉煌战果，南居益十分满意，令人恐怖的荷兰战船终于沉没于海底。他大造声势，大搞宣传，把荷兰战俘押往北京。明朝皇帝才懒得理会所谓的“大捷”是怎么来的，有俘虏送到，足以震慑百夷了，因而天子有模有样地搞了“祭告郊庙，御门受俘”的盛大仪式，倒霉的荷夷头目高文律被斩于西市，传首九边。
　　厦门之役后，荷兰人显然意识到低估了明帝国的抗战决心。尽管他们在武器上占有优势，可是要以区区千把人屈服一个大帝国，这无疑是异想天开。
　　这个教训让荷兰人不得不又做出第二种方案：贿赂。他们对中国官场的腐败风气颇为了解，通过福建商人池贵递交一封书信给南居益，另附上贵重的贿品。可是这回他们找错人了，巡抚大人当众将贿品烧毁，并将奸商池贵就地正法，以强硬的立场回应荷兰人，表明官方在澎湖问题上绝不会做出半点让步。后来荷兰人懊恼地说：“我们若只赠送重礼而无强权作后盾，也将一事无成。”

　　狗急跳墙的荷兰人又一次向中国宣战，派出三艘战舰沿着漳州港南下，沿途袭击多处军事据点，并登陆搞破坏活动。
　　“羁縻之术已穷，天讨之诛必加。”对荷兰人的进攻，南居益已做足充分的准备，“申明大义，奖率三军，就见在营寨之兵，聊为战守之具。檄行各道将，略抽水兵之精锐五千，列舰海上，以张渡澎声讨之势。仍分布水陆之兵，连营信地，以为登岸豕突之防。”
　　这些备战措施是到位的，荷兰人在沿海发动的进攻并没有取得任何成效，只是他们又一次扮演强盗的角色，在海上与陆上抓获了二百二十名中国人，其中有一百九十五人被押运至巴达维亚，其余二十几人估计又死于非命。
　　日期：2012-03-19 17:28:02
　　《怒海争锋-16》

　　可以看出，自南居益到任后，福建军方在防御上有了很大的改进，兵力不足的荷兰人也难以获得可以吹嘘的战果，这无疑大大鼓舞了南居益收复澎湖的决心。
　　天启四年（1624年）正月初二，旧历新年的第二天，收复澎湖的军事行动展开了。
　　福建水师从漳州、泉州起航，登陆澎湖列岛中的吉贝屿与镇海屿，并在镇海屿上修筑起一座石堡，作为进攻荷兰人的前线基地。荷兰人的基地设在澎湖岛，这个岛也是澎湖列岛中最大的岛屿，这里有个海湾称为风柜仔，红毛城就修筑于此。对于这次军事行动，南居益的定位是以武力威慑为主，以达到不战而屈人之兵的目的。只要荷兰人放聪明点，知难而退，自动放弃澎湖岛，那么就大功告成了。因此，尽管中国军队摆开大举进攻的架式，但实际上就只是架式罢了，除了零星的交火外，并没有大规模的交锋。

　　可是荷兰人未没有知难而退的迹象。中国军队虚张声势地发动佯攻，希望以这种威慑手段吓唬荷夷，但效果微乎其微。福建水师的行动持续了一百天，到四月份，南居益开始感到担忧：一则是师久无功导致士气下降，二则是因为缺乏足够的军费打一场旷日持久的消耗战。巡抚大人亲自渡海抵达前线，重新制定武装收复澎湖岛的计划。他仔细查看地形，拟定一个方案：一部分军队在澎湖岛登陆后，威胁荷兰城堡与战船，水师则在镇海港严阵以待，等待有利风向出现时，与陆师合力夹击。