此时中国军队在数量上要远远超过荷兰人。据《巴达维亚日记》中的记录，南居益已经集结了一万名士兵与两百艘船，包括运兵船、炮船与火船。更可怕的是，这次军事行动得到朝廷的支持，除福建外，包括广东、南直隶的水师也在做准备，一旦有必要也将投入到战争中。
　　荷印巴达维亚总部方面作出了如下评估：“我们考虑到中国人的坚强决心，及兵力之强大与我方力量之弱小，考虑到如下决心等待到最后，将会发生极大的困难而无法解救；另外也考虑到我方船舶在澎湖湾内无法避开中国的火船。他们派船前来，不仅我方无法在陆上守住城堡，在水上亦将被围，且因有炮船和火船，我船非冒巨大危险不能开进湾内，这样守城士兵将完全与船隔绝，即使暂时可守住城堡，终将被围而陷落……因此，决定在与中国兵开火前先自澎湖岛退出，……我们决心作出即使蒙受巨大耻辱、损失和侮辱这样的让步。”

　　在这个关键时刻，荷印巴达维亚总部做出一个决定，由马尔登?宋克接替雷约兹，接管了澎湖列岛的事务。这大概是公司总部担心雷约兹司令官狂妄自大，擅自做出与中国军队全面开战的决定。宋克抵达澎湖时，发现这里已经像是一个大火药桶了，随时都可能引爆。他及时地把自己到任的消息通知中国一方，并且请求谈判。中国谈判代表坚持荷兰人必须要拆毁城堡，离开澎湖，倘若做不到这点，那就在战场上见分晓。宋克也明白，要守住澎湖实际上是不太可能了，但这个狡猾的狐狸仍然希望能捞到些好处，他提出撤出澎湖岛的条件：中国方面允许与荷兰人在台湾大员与巴达维亚开展贸易，并禁止商船开往马尼拉等西班牙、葡萄牙控制区。

　　这里值得注意的一点是，福建当局对于荷兰人撤往台湾大员沙洲是持默许的态度。不过也有反对者，代表人物便是俞大猷的儿子俞咨皋，他曾多次要求荷兰人完全撤出澎湖与大员。但大多数官员显然明白，荷兰占据澎湖两年，绝不会空手而返，如果不能给他们提供一个去处，这群强盗是不会心甘情愿返回巴达维亚的。倘若可以稳操胜券，南居益自然也不愿意让荷兰人呆在大员，卧榻之旁有人酣睡着是不舒服的。可是巡抚大人尽管摆开进攻的架式，却没有勇气发起象样的进攻。原因很简单，在将近两年时间里，除了一次不太光明正大的算计之外，福建水师从未打败过荷兰舰队。

　　尽管有些数据对比让人很不舒服，可是我还是罗列出来。荷兰在福建沿海两年遭遇的伤亡人数，还不如进攻澳门时两个小时的伤亡人数。在澳门与葡萄牙人两小时的战斗中，荷兰战死一百三十八人，被俘四十余人，而在与福建军队的交锋中，死亡与被俘人数不会超过一百五十人，这里还包括非战斗性的死亡人数。
　　日期：2012-3-22 8:16:00
　　《怒海争锋-17》
　　文人出身的南居益没有郑成功那样坚不可拔的决心，否则他就是旷世英雄了。只是人的成就决不会逾越其心灵的高度，南居益的内心高度远不及郑成功，因此决定他的成就也无法望其项背。能收复澎湖，对他来说就万事大吉了，说到底他还是帝国老官僚，倘若他非要把荷兰人赶出台湾大员，那么红毛势必要狗急跳墙，拼死一战，这样鹿死谁手就难以定论了。

　　荷兰人在中国军队的重重包围之下，仍然狮子大开口，这令明荷双方谈判陷入僵局。在这个时候，有一个人出面了。
　　这个人在荷兰人的记录中称“支那甲必丹”，这其实是日本人对华人海商头领的一种称呼，这位甲必丹是大海商李旦。李旦是一个很传奇的人物，他原本是泉州人，早年在吕宋（马尼拉）经商。1603年西班牙殖民者担心吕宋华人势力太强，大开杀戒，约有二万五千名华人死于非命。在这次事件中，李旦侥幸未死，但被西班牙人投入监狱并没收财产。后来李旦到了日本平户，东山再起，成为华人海商集团领袖。由于荷兰人与西班牙人势不两立，他自然选择与荷兰人结为盟友。雷约兹的舰队占领澎湖后，扰掠福建沿海，曾邀请李旦相助，李旦派出自己得力的助手、义子郑芝龙以翻译的身份前往澎湖岛打探虚实。南居益主事福建后，也积极争取李旦为己所用（《明史?南居益传》），这位大海商是明、荷双方都极力讨好的人物，因而他便成为明、荷谈判调停的最合适人选。

　　李旦对宋克提出建议，在谈判条件中删去“禁止中国商船开往马尼拉”这一条，因为这一条款是对中国方面的威胁，南居益绝不可能答应。特别是明军在兵力上居于绝对优势的情况下，中国一方更不可能作出让步。荷兰人不再坚持己见，同意拆毁城堡，退出澎湖列岛。值得注意的一点，中国方面并没有与荷兰人签订任何书面上的条约或协定，这无疑令荷兰人很不习惯。宋克曾派人与明军代表谈判，想签订正式的协定，可是中国代表认为毫无必要，因为有信件与口头承诺，这已经足够了。

　　大明帝国在外交上与欧洲国家有着很大的差别。欧洲国家十分注重签订条约，并对细节严加推敲，未来若出现纠纷，则以条约文本为准则。大明帝国的外交思维则是不同的，很少对细节有明确的规定，弹性空间比较大，这种不够审慎的粗放型外交为日后的争端留下很大的后患。对南居益或福建当局来说，不愿意与荷兰人签订详细的条约，而只是以口头约定的方式，除了外交方式不同外，或许还有避重就轻的想法。

　　在两个重大问题上，福建当局的态度都是含糊不清。第一个问题，中国与荷兰是否达成正式的贸易伙伴关系呢？在荷兰人撤往台湾大员后，福建当局遵守承诺，发商船往大员贸易，但是这种贸易仅仅是福建当局默许下的贸易，并不具备坚定的合法基础，因此在后来，双方关于贸易仍然残留很多问题，最后不得不又通过战争的手段来解决。

　　第二个问题，便是荷兰占领台湾大员的问题。对于福建当局来说，他们意识到要彻底把荷兰人赶走是很费力的事，因此便想了一个折衷方案，把中国的土地分为“汛守之地”与“非汛守之地”，如果是“汛守之地”，便不充许荷兰人驻留，这包括所有大陆部分与沿海岛屿，而“非汛守之地”则是孤悬海外又无驻军的岛屿，这又以台湾岛为代表。对南居益来说，台湾不过是未开化的地区，即所谓的“未化大岛”，不妨暂时借给荷兰人停泊。在一份奏搞中，南居益是这样写道的：“（荷夷）寄泊东番（即台湾）瑶波碧浪之中，暂假游魂出没，不足问也。”

　　日期：2012-03-25　08:30:06
　　《怒海争锋-18》
　　允许荷兰人撤退到台湾，这么一个重大事件，在南居益看来却成了“不足问也”的小事。这可以看出当时官员对台湾岛的认识有其局限性，认为不过是个荒岛，对其战略、经济等意义严重估计不足。在这一点上，南居益与前任巡抚商周祚是不谋而合的：“但不系我汛守之地，听其择便抛泊。”这种说法含糊不清，后来差点导致台湾从中国领土分离出去。显然福建官方的态度避重就轻，从文字表面意思来看，是允许荷兰船只停泊，可是既然船只可停泊，那势必荷兰人就可以长期呆在这里，而且对荷兰人在台湾的行动有哪些限制，都没有做出严格的规定。西方国家在条约或协定中，对细节十分注意，往往考虑十分周到，而明帝国这种粗放式的辞令，埋下无穷的后患。