当时，钱坦关押在杭州浙江巡抚杨昌浚的监狱里。因为按清制，案件证人也必须关入牢中以便随时提审时作证，如果要出去，必须请人担保。关于钱坦的死因，胡瑞澜在上奏中说是“在监病故”，而据有的衙役说是自缢身亡，也有同狱犯人说是被刘锡彤、陈鲁买通狱卒毒死藉以灭口。而《申报》报道说，钱宝生经胡瑞澜审讯后，交差役押解回县，回到家中，骤然腹痛，随即病逝。

　　事件真实性已经无从考出，但钱坦直接关系杨乃武是否有买砒情实，此时关键证人的暴毙，不仅给审查带来极大影响，而且外界会滋生出诸多议论，更给刑部带来巨大压力。而此前一个月，经手此案的另外一个重要人物、负责三审的按察司按察使蒯贺荪的因病去世，给此案带来的舆论压力足可证明。蒯贺荪的儿子病故后，蒯贺荪即郁郁寡欢，不思饮食，形容逐渐枯槁，于光绪元年十二月初二日病亡。他作为杨乃武案三审的主持者，遽然病逝，坊间议论纷纷，也给刑部的查办带来困难。

　　日期：2006-11-22　18:08:45
　　杨乃武与小白菜案（5)
　　刑部递解该案人犯、证人进京分三批进行。第一批是葛毕氏一人出发，兵丁衙役戒备森严，弓上弦刀出鞘，守护囚车，并安排了两个伴婆随同前往，照顾葛毕氏生活；第二批是一干证人，包括沈喻氏、沈体仁、王心培、何春芳等数十人；杨乃武一人被安排在第三批。因当时交通不变，押解犯人按规定又不能走水路，一路长途跋涉，要走两个月左右方能到京，可谓千辛万苦。故有的证人尤其是女证人实在不愿进京作证，但又毫无办法。三批涉案人员采取递解方式，每到一处，该地衙门必须提供食宿以及安保，并调出数名衙役替换原来兵丁。因系奉旨进京，朝廷还特派了一位候补知县亲自押送，寸步不离。

　　人犯、证人尚未到京，刑部调阅卷宗后发现不少疑点：其一，谋妇杀夫，事虽机密，但很难一点不漏痕迹，为何葛家邻居王心培从未见到杨乃武到葛家？其二，为什么沈喻氏最初向余杭县衙递交的诉状中，没有提到杨乃武？其三，为何未安排钱宝生与杨乃武对质？其四，葛品连如果系中毒身亡，其母当时就该看出迹象，为何直到第二天才递状控诉？如此等等，都需要调查清楚。

　　提取证人刚到京时，发生了一件事情，给本来就头绪繁杂的案件更添困难。
　　第二批被解送的证人一行于光绪二年（1876）三月二十七日抵京。按照惯例，刑部人员要对证人搜身检查。搜查时，衙役们从葛品连的母亲沈喻氏身上搜出一张纸条，写有“刑部司员文起暨浙江粮道如山宅内居住之刘殿臣，余杭县署内姜位隆恳托”字样。讯问沈喻氏，说是远亲姜位隆所写，让她来京投靠于文起及刘殿臣。经查，刑部司员中只有一个候补主事文超，并没有纸条上的“文起”其人。尽管纸张内容未涉及案件，但因案情重大，刑部奉旨亲鞫，不敢忽视每一个细节，于是在全国范围内通缉寻拿刘殿臣、姜位隆，一时风声鹤唳，草木皆兵。最后终于查明，姜位隆是余杭县署家人，与沈喻氏熟识，见其解京辛苦，无依无靠，就写了一张纸条，嘱咐她到京后找文超和刘殿臣帮忙资助生活用度和盘缠路费，一时粗心把“文超”写成了“文起”。刑部即刻派员将刘殿臣、姜位隆拘系到京，听候发落。此事虽系虚惊一场，也可看出刑部对该案的重视程度。

　　日期：2006-11-23　17:02:53
　　证人抵京后，刑部照例对其一一检查，却发现所押的詹善政竟然是冒名顶替者，就火速严饬浙江巡抚杨昌浚调查上报。经查，原系詹善政不愿进京，由杨乃武岳母詹张氏安排，让詹善政外出躲避，出钱由家里帮工王顺发冒名顶替进京，并教王顺发到京后如何作证。刑部还查明，爱仁堂药铺伙计杨小桥来之前得到杨乃武家属送的银洋600元，杨家有贿买证人的嫌疑。查明原因后，浙江巡抚立刻上报刑部，并把逃匿的詹善政押解进京。

　　因监生吴玉琨已经于本年五月初一日病逝，就由其妻吴张氏及邻居亲戚作出证明画押，加盖余杭县衙印结，带到刑部。钱坦母亲钱姚氏患有癫痫病，不时发作，请求不赴京作证，葛毕氏的母亲喻王氏因有年幼女儿不便入京，也请求能不赴京。浙江巡抚杨昌浚为此向刑部请示，说“案系因奸谋命，事属隐秘，本非外人所知，应取正犯确供为凭。纷纷提解，徒滋拖累”云云，请求免提钱姚氏与喻王氏进京，只写出证词画押即可。刑部对其提议断然拒绝，说该案是皇上、太后钦批，不敢稍有疏漏。杨昌浚不得不令新任浙江按察使兴奎与新任杭州知府龚嘉俊，清点证人，由候补知县刘维福带领衙役伴婆，分批将证人递解到京。未想，杨昌浚这一为民着想的举动也成为他后来获罪的原因之一。

　　日期：2006-11-23　17:09:28
　　此时刑部压力极大，严密谨慎，对卷宗进行严格审核，对查找发现出的前后供述不一的地方，更重点究查。所有涉案人员全部抵京后，刑部进行了一次大审。杨乃武见案件转交刑部审办，知道有申冤时机，就推翻前面的有罪供述，称自己十月初五日在南乡岳母家参加立继仪式，初六日午后才返回，根本没有通奸谋毒之事。其堂弟杨恭治、监生吴玉琨、民人詹善政在余杭县衙呈有公禀，现在药店钱宝生虽死，还有药铺伙计杨小桥和钱坦之母钱姚氏可以作证。葛毕氏也交待出实情，说明葛品连去世前后情况，并说验尸时，仵作并未指明是服何毒毙命。沈喻氏也交待出实情，说当时盘问葛毕氏，见她坚不承认，就到县衙控告，请求查验是否被毒身亡。又提讯王心培、王林、杨詹氏、叶杨氏等证人，都供出实情。刑部就据此上奏，请求再委员到浙江将涉案证人杨恭治、吴玉琨、詹善政、杨小桥、钱姚氏、喻敬天、喻王氏及仵作沈祥等人押解到京。

　　经过几次庭讯，各人犯、证人都交待出了自己所知实情。刑部又调查出余杭生员陈湖即陈竹山与案件关系重大，即刻饬浙江巡抚递解到京。审讯中，仵作沈祥供认，验尸时见有口鼻流血，脸色青黑，腹部有大液泡十余个，与《洗冤录》所载“服砒身死，牙根青黑，七窍流血，嘴唇翻裂，遍身发小泡”情形不符，用银针刺探喉部，也呈青黑色，就认为是服生烟土毒致死。但门丁沈彩泉坚持是服砒毒致死，县令未令擦洗银针，勘验不准。刑部又讯问当时在场的街坊邻居，都说见到沈祥与沈彩泉争执，未擦洗银针。检查余杭县衙上报案卷，只报服毒身死，没有指明何毒，又查杭州知府上报案卷，均写“七窍流血”。讯问药店伙计杨小桥及钱宝生母亲钱姚氏，确认该店没有卖过砒霜。由此种种证言，刑部确知，葛品连是何种原因死亡，难以确认。

　　见案犯、证人与原审出入甚大，刑部尚书皂保上奏请将余杭知县刘锡彤及门丁沈彩泉递解到京，同时请求将葛品连的尸棺也押运到京，准备重新勘验。
　　日期：2006-11-24　18:09:08
　　为确保勘验的准确真实，刑部强调挖掘葛品连尸棺必须小心谨慎，要求派出兵丁押送，沿途各州县必须严密配合，并贴上封条，以防尸棺被调包。同时，命进京的证人滞留在京，以便由亲属确认所验是否葛品连的尸体，并抽调北京最有名望的仵作参与勘验。
　　光绪二年（1876）十二月初九日，以刑部尚书皂保为首的刑部官员，偕同五城兵马指挥等地方官，在朝阳门外神会路海会寺前，对千里迢迢从余杭押运抵京的葛品连尸棺，进行当众开验。前来围观者人山人海，包括两个要犯、全部证人、余杭知县刘锡彤、原仵作沈祥、门丁沈彩泉等都排在前排。