这年五月的一个傍晚，有个男子手持枣木棍，从东华门直奔内廷，一直闯入太子朱常洛居住的慈庆宫，见人就打，打倒了守门太监，又闯入前檐殿下，才被太监擒住。神宗下令法司严审。负责审讯的是浙党人、巡城御史刘廷元，审讯后报告说：犯人张差，蕲州人，语无伦次，似疯癫之人，但言语又显得奸猾，请求复审。其他几个复审的浙党人也没有提出异议，只是对案件细节进一步详化，说张差是因所积柴草被人烧掉，气愤致疯，到京喊冤，误入皇宫等等。而一贯与郑贵妃关系密切的浙党首领、首辅方从哲也不予深究，试图糊涂结案。当时郑贵妃谋害太子的传闻正在流行，所审结果竟与郑氏无关，引起东林党的怀疑。东林党人、刑部主事王之寀单独提审张差，审出张差根本不疯癫，而是受人指使。他原名张五儿，本乡的马三舅和一个李外父让他跟一个太监到京师一户宅院，交给他枣木棍，带他到慈庆宫门口，说：“见人就打，打死人自有人救。”并允诺事成后给他几亩田地等。这一报告使形势骤然紧张，朝臣纷纷请交三法司会审。而浙党人物则催促以疯癫结案。

　　日期：2007-4-12　18:05:24
　　神宗迫于压力，让刑部于五月二十一日纠集十三司会审。会审中，张差供出：那个太监一个是庞保，所到的那户宅院是太监刘成家。两人让他入宫梃击太子，说：“打了小爷，有吃有穿。”经查，庞保、刘成都是郑贵妃宫内的太监。这下，舆论大哗，矛头直指郑贵妃。东林人士认为这是郑贵妃及其兄长郑国泰谋害太子，企图更储，要求神宗追查幕后真凶。先前审讯的浙党刘廷元等也遭到弹劾。郑国泰极力辩解，说根本不认识张差，郑贵妃也坐立不安，向神宗哭诉庇护，神宗此时再也无法置之度外。他已对太子事心灰意懒，让郑氏去哀求太子。郑贵妃无奈，只好去央求朱常洛。朱常洛表示不会牵连太多，只要将案犯正法就可以。

　　五月二十八日，神宗、太子一起在慈宁宫召见文武大臣。此前，神宗已有25年没有出见群臣了。神宗责备廷臣离间他们父子，下令处死案犯，并拉着太子的手说：“此儿极孝，我极爱惜。我把他从襁褓抚养成人，如果想更立太子，何不早更？况福王已经就藩，相距千里，无诏不敢返回，廷臣尚有何虑？”太子也作了表态，说只将疯癫之人尽快处决，不要株连他人。次日，张差被磔死，几天后，庞保、刘成也被处死，马三舅等人流放。对于攀扯郑贵妃的东林人物王之寀，则遭到浙党人物的攻击，说他挑拨祸乱，被削职。梃击案草草结案。表面上，东林党人在此案中遭到打击，但他们的政治主张和精神风貌却已深入人心。在接下来的红丸案中，东林党获得了广泛的胜利。

　　日期：2007-4-12　18:08:51
　　万历四十八年（1620）七月，神宗病死，八月初一日太子朱常洛正式继位，是为光宗。围绕皇位继承权的斗争进行了数十年，光宗继位进行得如此顺利，东林党人在其中发挥了重要作用。不过登位之前，光宗已经病得很重，即位仪式也是挣扎着勉强完成的。光宗患此大病，坊间认为与郑贵妃不无干系。梃击案后，郑贵妃为讨好太子，选了八名宫女送给太子。太子耽于女色，身体日渐虚弱，虽不满40岁，已经数次卧榻。即位后，到八月十二日还能勉强临朝接见大臣，其后便不能起身。司礼秉笔、掌御药房的崔文升进药，光宗服后腹泻不止，一夜竟然连起三四十次，登时萎靡难支。而崔文升原是郑贵妃的内侍，这立刻遭到东林人士的攻击，说郑贵妃谋害太子之心不死。二十九日，光宗自感大限将至，召首辅方从哲等大臣到病榻前，并把太子朱由校叫来，安排后事。光宗将太子托付给大臣后，并问方从哲：“李可灼所献仙药何在？”原来，鸿胪寺丞李可灼自称有仙药进献，方从哲不敢轻信，未让进献。此时光宗问起，只得让李可灼进献。李可灼所进的是一粒红色药丸。光宗服用一颗后，自感效果不错，连称李可灼为“忠臣”。李可灼又进一丸，谁料次日一早也即九月一日清晨，光宗突然驾崩。消息传出，群臣纷纷追问：李可灼给皇帝的是一种什么药？他并非御医，为何要主动献药？其背后是否有人主使？应该如何处置他？

　　尽管舆论汹汹，首辅方从哲却依旧我行我素，不仅不惩处李可灼，反而拟赏赐其白银50两。东林人士愤起责难，骨干高攀龙、杨涟、惠世扬等先后上疏，指出李可灼与崔文升均为弑逆，应该处以极刑，而且崔文升本是郑贵妃的心腹，李可灼又是方从哲引入宫中，与该案难脱干系，直斥郑贵妃进献女色也是包藏祸心，还将矛头对准浙党首辅方从哲，弹劾他曲庇案犯，是与郑氏勾结谋逆。他们还将几年前的梃击案重新拾起，攻击浙党与郑贵妃沆瀣一气。

　　日期：2007-4-13　15:44:57
　　方从哲万历四十一年（1613）晋升为礼部尚书兼东阁大学士，次年，首辅叶向高致仕，方从哲继任。《明史》说他“性柔懦，不能任大事”。梃击案时他立场摇摆不定，被东林党斥为郑妃派系。现在红丸案又将他直接牵涉进去，他知道李可灼是自己所进，担心牵入弑逆罪名，极力申辩，说李可灼乃先帝所召，服药后也夸李为“忠臣”，首辅有权代拟遗诏赐赏。东林人士不依不饶，认为他轻荐狂医，后赏银两，系自掩罪行。方从哲无奈，只得判李可灼罚俸一年。东林诸人认为应当将崔、李二人移送法司，追查真凶。方从哲认为此举太重，改由司礼监处理，更引起东林诸臣攻击。高攀龙、魏应嘉等力言崔、李罪该万死，方从哲徇情包庇，无视国法。东林骨干孙慎行、邹元标等也言辞激烈地进行攻击，给事中惠世扬更直言方从哲有十大罪，可斩三次。方从哲的浙党也不甘示弱，说东林人物污蔑先帝非因寿死，是置先帝于不义之地。双方斗得不可开交，方从哲处境尴尬，只好上疏乞去。这年十二月，经过六次请求，最终获准致仕。浙党大败。而关于红丸案的争辩并未停止，最后还是当时在场的韩爌详细说明当时情景，最后，熹宗判李可灼流戍，崔文升发往南京安置。红丸案也算结案。

　　日期：2007-4-13　15:46:00
　　红丸案中，东林党人大获全胜，并以其耿直刚硬、无所畏惧的品行赢得了不少大臣的尊重，东林党队伍更见庞大。随着几乎与红丸案同时发生的移宫案的进展，东林党人纷纷登台，几乎操纵了朝政大权，占有绝对优势。
　　光宗作了一个月的皇帝突然驾崩，应由16岁的太子朱由校继位，而在朱由校继位前后发生了移宫案。
　　顾名思义，移宫就是从一个宫殿迁移到另一个宫殿。当时，光宗即位之初，郑贵妃赠送其八位宫女，其中有两个姓李的选侍，由于居所一东一西，被称为“东李”“西李”。东李老实本分，不受宠爱，西李则精明活泼，备受光宗恩宠。她恃宠骄横，在光宗在世时为得到皇后身份，竟然不择手段，和郑贵妃相互勾结，商定两人共同央求光宗封郑氏为太后，封自己为皇后。西李泼辣阴险，早在万历年间就将朱由校的生母王氏殴打欺凌致死。光宗病重时，李选侍到乾清宫侍侯，料知光宗将不久人世，开始拉拢、挟制皇长子朱由校，企图“挟皇长子自重”，等皇长子继位后，她垂帘听政，操控大权。与东林党关系密切的太监王安得知李选侍意图，告知东林骨干杨涟、左光斗、刘一燝和吏部尚书周嘉谟。东林诸臣提高了对李选侍的警惕。

　　日期：2007-4-18　14:55:03
　　九月一日清晨，光宗暴亡。按制，先帝一去世，太子继位，先帝的妃嫔就应迁出乾清宫，由继位的新皇帝居住。当时因光宗在位时间短，皇长子朱由校还没有举行太子册封仪式。按规定，继承皇位必须有太子身份。当日上午，杨涟、方从哲等大臣前来哭临，并为皇长子举行册封仪式。孰料竟然遍觅皇长子不得，太监王安悄声告诉杨涟是李选侍将其藏匿起来，并自告奋勇去寻找。他入宫从李选侍处将长子骗出，李选侍回味过来，一路追出，被王安甩开。朱由校被带到廷内，群臣拥立为太子。