就这样，对外开战的形势已定，现在只是进一步统一思想正式宣战的问题了，但清廷还是召开了两次御前会议进行商讨，毕竟同外国宣战事关重大，且这一战关系到清廷的生死存亡不得不让人再三斟酌。
　　在第三次御前会议上，反对开战的联元慷慨陈词：
　　“甲午一战，我北洋水师已经丧失殆尽，如开战南北咽喉断绝军械粮饷无从运至，敌兵自沽至京其势甚速，那些只懂得巫术的拳民如何抵挡的住？”
　　“臣以为使馆万不可攻，万国公法规定凡使臣性命不保它日城破鸡犬不留”
　　说的多好呀，有理有据！慈禧的答复就一个字“斩！”，简洁、明了、干脆。幸亏联元的岳父庄亲王载勋在场，带头恳求慈禧开恩才得以免于一死。
　　在最后一次御前会议上，慈禧太后最终决定宣战。会议结束后令许景澄、联元、立山等人前往外国公使馆晓以利害，表明清廷可以一战的立场，“限令在北京使臣24小时内出京，并派兵保护”。
　　此时的光绪帝显得格外激动，他从龙椅上站立起来走到许景澄面前拉住他的衣服，让他再等等，再等一等也许大清国还能多存几个时辰。
　　“朕一人死不足惜，如天下何！”光绪帝且言且泣。一个末世皇帝在自己成为傀儡之后，也许只能用这种方式来表达对自己的国家，对自己臣民的深切关怀了，除此以外他还能做些什么？本来就极力反对开战的许景澄拉着光绪帝的龙袍跪在地上哭泣。堂堂一国之君竟然在众目睽睽之下和自己的臣子哭成一团，确实有失体面，但又有什么办法，被逼的！
　　看到这幅情形，慈禧太后也不怕有伤龙体，大喝一声“许景澄不得无礼！”。
　　昨天就差点被杀头的联元又冒死上前力谏：“法兰西为传教国，衅外启自法，既战只能雠法，断无结怨十一国之理，果如是国危矣！”言且泣，额汗如雨。

　　凭此一片赤胆忠心足以入祀召忠祠、加封谥号、宣国史馆立传，但是没人记得他的冒死力谏、铁胆忠心，战争开始不久联元就和立山、徐用仪、许景澄、袁昶等人一起被杀掉了。
　　1900年6月21日，清廷正式对外宣战。慈禧太后在颁布的宣战诏书里宣称要“与其苟且图存，贻羞万口，孰若大张挞伐，一绝雄雌”，一口气向所有在中国的帝国主义国家宣战。这也是中国有史以来主动对外宣战国家最多的一次战争，不仅是空前的也可能是绝后的。
　　慈禧太后对外宣战后，23日任命庄亲王载勋、刚毅为统帅义和团大臣，在庄王府设立义和团总坛，并且还拨给义和团粮饷、枪支制定团规，团规规定团民的一切行动都要听从统帅大臣调遣，否则轻则驱逐，重则严惩，加强了对义和团的控制。战斗打响后清军和义和团强攻紫竹林、死守东局子、决战老龙头、血战八里庄，但不管如何血拼就是摆脱不了失败的结局，八国联军从天津打到北京仅仅用了10天时间。

　　开战后的慈禧太后较之以前更为困顿，她比谁都明白要想武力取胜简直就是痴心妄想，原以为还可恃一战的义和团也不是传说中的刀枪不入、法力无边。但洋人的照会既要自己把自己打倒，又要自己把大清国卖掉不宣战又有什么办法？有些路也许在你踏上的第一步起，前途就已经注定，只不过你自己不知晓或者不承认罢了！
　　慈禧太后对内外形势形势是有着清醒的认识的，因此从战争一开始就给自己留了条后路。开战后仅数天她就向外国求和，为了表示议和的诚意她下令停止围攻外国使馆，并且还给他们送去瓜果蔬菜，在使馆界树了一块上面写着“钦奉懿旨，保护使馆”的木牌，此外她还屡次电令在南方任两广总督的李鸿章北上主持议和大局（外国一入侵李鸿章就会开始自己的卖国事业）。
　　在攻打外国使馆时慈禧太后也始终留了一手，在战争进行的两个多月的时间里，董福祥的甘军和无数义和团民众一直都没能攻破东交民巷的使馆区，而使馆内共有外国军队约500人，直到战争结束使馆内的外国军官合计死伤151人。
　　8月15日八国联军攻占北京城，当日清晨慈禧太后挟光绪帝等人打扮成村妇模样冒雨仓皇而逃，慈禧太后在逃跑的过程中极其狼狈，她一直从后宫走到西华门才坐上马车，并且直到走到昌平才吃上一顿饭，当时“民或献蜀黍，以手掬之，太后泣，上亦泣”，由于慈禧太后害怕落入八国联军手中，一直逃到古城西安才停下来，在逃跑的过程中她又以光绪帝的名义颁布罪己诏，并还下令剿灭义和团，最后的结局大家都是知道的，被迫与十一个国家签订《辛亥条约》。

　　而对义和团到底是“剿”是“抚”，清政府统治集团内部一直都存在不同意见，清廷内部以载漪为核心，载勋、刚毅、徐桐等人为主体的“大阿哥党”，一直都是主张利用义和团对付外国人的，而身在朝廷的袁昶、联元等人以及身为疆臣的刘坤一、张之洞、李鸿章、袁世凯等人一直都是主剿的，于是当慈禧太后对外宣战的上谕颁布后，双方的矛盾彻底暴露。
　　宣战当天荣禄就私自告诉李鸿章，谕令“不必阅读，予以重视”，而李、刘、张等人则宣布招抚上谕为“矫诏”、“断不奉”。此外更重要的是他们通过盛宣怀在他们和洋人之间穿针引线，与各国驻上海总领事进行紧急磋商议定《东南互保条约》，使东南地区超脱于战争之外。后来袁世凯经常对他的幕僚说“此次变乱中，若无我辈四人为支柱国事尚可问呼”（此话确实不假）。
　　对于东南督抚的举动，慈禧太后是极为震惊的，地方督抚竟然敢公然违抗朝廷谕令，地方割据已出现端倪，众叛亲离之感油然而生。虽然如此但慈禧太后现在连北方的联军入侵都应付不过来，且还在不断电令李鸿章北上议和，也就无暇顾及他们违抗圣意了。在败局已定之际，李鸿章等人的作为确实使南方地区免遭战火蹂躏，还是颇有积极意义的。