1560年，年仅十六岁的弗朗索瓦二世去世，其弟即位。是为查理九世。玛丽这年已经十八岁了，她回到了苏格兰，正式就女王之位。
　　几年后，当年的纯洁小姑娘已长成一个欲望齐全的成熟女青年，她这才发现，当年与弗朗索瓦二世的婚姻有名无实，于是，女青年春心萌动，爱上了同为斯图亚特家族的英俊堂弟，达恩利勋爵亨利。这个23岁的傻姑娘很快就和达恩利于1565年结了婚，婚后才知道嫁错了郎。
　　原来，这位达恩利，是绣花枕头一包草。他什么本事也没有，唯一的爱好就是在爱丁堡逛窑子嫖娘们儿。玛丽失望极了。她家庭不幸，而她在苏格兰的统治也极为艰辛。苏格兰是个新教国家，又是个闭塞落后的国家，那些保守傲慢的大贵族们，对这个外国天主教宫廷长大的黄毛丫头十分不屑，玛丽经常暗自垂泪。而终日阴雨绵绵寒气逼人的穷乡僻壤苏格兰，也让在法国高雅宫廷长大的玛丽很不习惯。为了解除精神压力，她开始找情人，这更让民风保守的苏格兰人看不惯她。

　　1566年3月，一伙贵族和达恩利软禁了已经怀孕的玛丽，玛丽寻机逃出宫殿，平息了叛乱。
　　1567年2月，达恩利公爵被杀。达恩利之死，是千古之谜，但是，当时有人一口咬定是玛丽所为，而玛丽又很快嫁给了她的情人博斯韦尔伯爵，这下局势更坏了，那些保守的苏格兰大贵族们都认为玛丽不守妇道，于是联起手来，一举推翻了苏格兰玛丽，并把博斯韦尔抓了起来，后来一直囚禁到死。
　　玛丽刚出生的儿子詹姆斯被立为苏格兰国王，是为詹姆斯六世（1567-1625年在位，1603年兼英格兰国王，在英格兰是詹姆斯一世）。
　　1568年，被推翻的玛丽逃出苏格兰，这个糊涂女人，关键时刻，又出昏招，竟去投奔伊丽莎白一世。伊丽莎白一世候个正着，立即将这位对自己王位威胁最大的苏格兰女王，关了起来，这一关就是十九年。
　　因为苏格兰玛丽是亨利七世的曾外孙女，而天主教势力又不承认伊丽莎白女王的合法性，所以，欧洲的天主教势力，都认为苏格兰玛丽才是合法的英国王位继承人。

　　自1568年伊丽莎白一世软禁苏格兰玛丽开始，天主教的活动就日益频繁。1569-1572年间，英国充满了阴谋和动乱。
　　1570年，教皇开除了伊丽莎白的教籍。1571年，英国针锋相对地最后完成宗教改革，最终建立了独立的英国国教。
　　被软禁的苏格兰玛丽整日靠绣花打发时间，看起来，倒也没有谋反的迹象。
　　1580年，教皇宣布，清除异教徒不算罪恶。于是，此后几年，针对伊丽莎白女王的暗杀密谋频繁起来。面对这种状况，女王意识到，决不能让玛丽一世的失误在自己身上重演，导致身后江山变色。用一句今天的话来讲，这真是两条路线的你死我活的斗争。
　　1586年，苏格兰玛丽与西班牙驻英大使和教皇驻英代表，以及与英国旧贵族和天主教教士勾结，谋杀女王的证据，由英国情报部门呈送伊丽莎白女王。伊丽莎白女王思考了三个月，最终决定，把苏格兰玛丽，送上了断头台。

　　苏格兰玛丽之死，震动了欧洲的天主教势力，也激怒了一个人，他决心要为苏格兰玛丽报仇，这个人，就是强大的西班牙国王斐立普二世。
　　且说十六世纪，几乎可以说是西班牙世纪。早在斐立普二世的曾外祖母，统一西班牙的伊莎贝拉女王时代，西班牙就开始了海外探险。1492年，在伊莎贝拉女王的支持下，热那亚人哥伦布开始远航探险，发现了美洲新大陆。1519年，葡萄牙人麦哲伦，在西班牙国王卡洛斯一世（皇帝查理五世）的支持下，开始海外远航，他们一行人，用了四年时间，实现了人类第一次环行世界。而西班牙人的邻居葡萄牙人，也同时进行海外远航，1486年，在葡萄牙国王若昂二世的支持下，葡萄牙人迪亚士，到达了非洲最南端的天涯海角，葡萄牙国王亲自命名为“好望角”。1497年，在葡萄牙国王曼努埃尔一世支持下，达•迦马到达了印度。1500年，葡萄人又发现了巴西。

　　西班牙和葡萄牙掀起了铺天盖地的扩张浪潮。为了避免两国因为争夺而发生战争，罗马教皇特于1494年颁布敕令，将世界分为两部分，分界线位于佛得角群岛以西，线西属西班牙，线东属葡萄牙，这条分界线，被称为“教皇子午线”，以此为界，两大帝国几乎瓜分了世界，至16世纪中期，西班牙已经攻灭印加帝国和阿兹特克帝国，征服了美洲大部分地区，来自美洲的金银财宝源源不断流入西班牙；葡萄牙则占据了巴西，还在西非、印度、印度尼西亚等地建立大批贸易据点，垄断了丝绸、香料、茶叶等东方奢侈品的贸易。西班牙和葡萄牙，各自建立了庞大的帝国，而西班牙比葡萄牙更为庞大。1580年，西班牙吞并了葡萄牙，西班牙帝国占据了世界大部分地区，极为庞大，成为世界头号强国，西班牙帝国是当时的世界霸主和欧洲霸主，是历史上第一个“日不落帝国”。

　　斐立普二世，是当时世界上最显赫的君主，从1543年斐立普十六岁开始，他就在父亲西班牙国王卡洛斯一世出征后担任摄政。1556年，他即位为西班牙国王，为斐立普二世。斐立普二世和法王亨利二世延续了他们的父辈，皇帝查理五世和法王弗朗索瓦一世之间的长期战争。1557年，斐立普二世率军出征法国，在圣昆丁打败法国国王亨利二世，至1559年，斐立普二世胜利结束了哈布斯堡家族和法国之间长达六十多年的意大利战争，哈布斯堡家族彻底占据意大利。随后，斐立普二世将力量转向土耳其，1571年，在勒颁多海战中，以西班牙为首的天主教联合舰队战胜土耳其，取得地中海霸权。1580年，斐立普二世又兼任葡萄牙国王。他统治的庞大的西班牙帝国，领土遍及世界大部分地区。

　　16世纪的欧洲，西班牙是当之无愧的霸主，独力支撑着广大的天主教世界的天空，远非今天的西班牙可比。1570年，第四次威尼斯——土耳其战争爆发，为援助威尼斯，称霸地中海，西班牙出兵助战。1571年，由西班牙、威尼斯共和国和教皇国等国组成的天主教联合舰队的217艘战舰，与土耳其阿里帕夏指挥的275艘战舰激战于希腊勒颁多海域。斐立普二世派其异母弟唐•璜担任联合舰队司令。唐•璜是皇帝查理五世兼西班牙国王卡洛斯一世的私生子，颇有才干。他把各国舰队拆散，重新混合编队，此举有利于各国舰队的合作和互相监督，提高了联合舰队的战斗力。双方成千上万的将士互相砍杀，将士们的鲜血染红了海水。联合舰队在此战中大胜土耳其海军，土耳其军队损失舰只224艘、军队4万人，这是奥斯曼帝国横行欧洲两百年来第一次战败，此战打破了奥斯曼帝国不可战胜的神话，经此一战，西班牙登上世界霸主的宝座。

　　顺便提一句，创作了不朽名作《唐•吉诃德》的西班牙伟大作家塞万提斯，也作为一名军人参加了这次海战，并在战斗中失去左臂。
　　与庞大的西班牙帝国相比，当时的英国，在欧洲政治版图上则只是个偏远地区的二等国家。但是，在伊丽莎白女王的有力统治下，英国也在一步步增强实力。另外，这一时期风起云涌的宗教革命改变了欧洲的政治格局，新教与天主教全面对抗。英国作为新教国家，是新教阵营中的重要成员，这也大大提高了英国的国际地位。伊丽莎白女王上台以后，对内巩固英国新教的地位，对外支持荷兰等新教国家取得民族独立，于是，英国和西班牙在政治上发生越来越多的冲突。