而斐立普二世就不同了，伊丽莎白一世即位后，欧洲的天主教势力就一直把希望寄托在苏格兰玛丽身上，希望能拥立她为英国女王，恢复天主教在英国的统治，作为天主教坚强堡垒的西班牙，其国王斐立普二世对在英国恢复天主教势力的愿望，尤为迫切。多年来，欧洲天主教势力想尽办法，企图拥立苏格兰玛丽，包括多次密谋刺杀伊丽莎白一世，都遭到了失败。伊丽莎白一世在英国推行新教，天主教势力必欲除之而后快。16世纪80年代初，斐立普二世与法国天主教贵族吉斯公爵亨利密谋，准备刺杀伊丽莎白一世，并计划由亨利率领法军入侵英国，后来，由于法国国内再次爆发胡格诺战争，计划作罢。但是，密谋刺杀伊丽莎白一世的密谋，一直在进行。其目的，都是为了拥立苏格兰玛丽，恢复英国的天主教江山。现在，伊丽莎白一世处死了苏格兰玛丽，斐立普二世多年的希望彻底破灭了，怎不叫他痛心疾首？！现在，已别无选择，要在英国恢复天主教，就只有西班牙亲自出马，武力入侵英国，推翻伊丽莎白一世的统治。

　　斐立普二世宣布，伊丽莎白一世处死苏格兰玛丽是对天主教的公开挑衅，同时，他宣布，詹姆斯六世作为异教徒，无权继承英国王位，他决定，立即派遣无敌舰队进攻英国。欧洲天主教和新教的决战，英西战争，正式爆发。
　　年过六旬的西班牙老国王斐立普二世和他的谋臣们制定了入侵英国的计划。西班牙在葡萄牙的里斯本集结起130艘战舰组成的庞大的“无敌舰队”，舰队搭载七千名水手和两万名士兵。无敌舰队将前往尼德兰海岸和帕尔马公爵的两万七千军队会合，然后护送这支五万人的庞大军队登陆英国。这是自罗马帝国入侵不列颠和诺曼征服战争以来，英国面临的最严重的一次威胁。

　　而英国的皇家舰队此时只有区区23艘战舰，而且长久以来一直奉行近海防御战略，从来没有远离英国海岸作战。在伊丽莎白女王召开的军事会议上，海军司令霍华德等大部分贵族主张在英国沿海严阵以待。伊丽莎白女王一如既往地犹豫不决，在这种重大决策尤其是吉凶未卜的战争决策面前，她比以往更加谨慎。
　　但是，虽然英国海军从未出海作过战，而英国海盗却早已纵横四海，天下闻名。满怀豪情的德雷克坚决反对消极防御的战略，他认为，应该主动出击，将敌舰消灭在其停泊的码头旁。1587年，英国议会在一片争论声中，终于决定，派德雷克出征西班牙，去阻止西班牙舰队。
　　1587年4月2日，德雷克率领他的海盗式舰队出发。4月19日，德雷克舰队突袭西班牙重要港口，无敌舰队第二基地加的斯。德雷克舰队一举摧毁西班牙舰船31艘，俘获六艘西班牙巨舰，并焚烧了大批军用物资。西班牙损失惨重，损失了大约100万英镑。接下来，德雷克前往无敌舰队第一基地里斯本，向西班牙舰队挑战，但是，西舰队司令圣克鲁兹坚守不出。德雷克返航，途中又在亚速尔群岛附近，抢劫了一艘西班牙宝船，截获价值十万英镑以上的财宝，相当于此次出征费用的两倍。德雷克此次出征，使西班牙损失惨重，用德雷克的话来说，这次行动，侮辱了西班牙国王。无敌舰队因这次重大损失，出征英国的行动被推迟了一年多。

　　1588年春，西舰队司令，富有海上作战经验的圣克鲁兹去世，德雷克再次请战。伊丽莎白女王终于明确了与西班牙决战的决心。英国海军的势力大为扩充。霍金斯和德雷克都被任命为海军中将。
　　西班牙的国力毕竟比英国强大很多，经过一年的准备，无敌舰队终于在1588年7月离开里斯本港，向英吉利海峡杀来。虽然无敌舰队拥有131艘舰船，规模庞大，但是，无敌舰队也有不少缺陷，舰队中，只有3艘葡萄牙战舰和4艘那不勒斯战舰是专为海战而制造的战舰；另外17艘巨舰来自加勒比海的护航舰队，平时身兼运输和护航双重任务，实际上属于大型运兵船，而其余的就都是加装火炮的武装商船了（当时，葡萄牙，那不勒斯，还有美洲，都是西班牙领土）。除了战舰少，另外，西班牙舰队的火炮都是近射程炮，火力远远比不上装备多门远射程大炮的英国战舰。

　　无敌舰队的统帅是麦第拿公爵西多内亚，他是一流的管理人才，将无敌舰队的筹建工作做得井井有条。但是，西多内亚的弱点是缺乏海战经验，他对此也颇有自知之明，几次向斐立普二世请辞，但是，由于他建设无敌舰队的工作非常出色，斐立普二世实在看好他，认定他是继圣克鲁兹之后最合适的人选，所以他的请辞未被批准。
　　虽然英国海军寡不敌众，但在伊丽莎白女王保卫祖国的号召下，大约有一百多艘民船云集普利茅斯港，主动请战，其中包括海盗船主们的三十多艘新式快舰。海军司令霍华德将英国军民一百多艘战舰分为四个舰队，由他自己、德雷克、霍金斯和弗洛毕歇分头指挥。霍华德以800吨的“皇家方舟”号战舰作为他的旗舰；霍金斯坐镇800吨的“胜利”号 ；弗洛毕歇指挥1110吨的“凯旋号”，这是英国海军为数不多的西班牙式巨舰之一；德雷克则指挥著名的500吨的“复仇”号。

　　与此同时，英国全国上下全民皆兵，16岁到60岁的男子都征召参加正规军或民兵武装，分兵把守全国各个可能被敌人登陆的地点。英国军民在泰晤士河从伦敦到入海口90公里长的河段两岸修建了各个堡垒，敌人胆敢入侵，就把他彻底埋葬。55岁的伊丽莎白女王披盔甲，骑白马，在贵族和卫队的簇拥下四处巡视，到处发表演说鼓舞士气，在场的军民无不群情振奋，斗志昂扬。

　　表面上看起来，西班牙是庞大国家，英国只是中等国家，似乎胜负已定，其实不然。英国实际上拥有真正不可估量的潜力：岛国的性质，统一的政治，使得英国能集中使用力量；女王政府唤起了民众的热情，英国上下，同仇敌忾，士气高涨；亨利八世起就一直不断壮大的英国海军，和伊丽莎白时代先进的海军作战战术相结合；霍金斯德雷克等富有作战经验的海战专家对战舰的突破性改革；英国海军那海洋般的宽广，自由，灵活变通，还有个人权利，所有这些，都是古老僵化狭隘落伍的西班牙政府和舰队所远远不及的。

　　无敌舰队离开里斯本以后不久，就遭遇风暴，一些船只受到损伤，不得不在西班牙北部的科卢那港停留几天，进行休整。德雷克得知这个情况以后立刻提议突袭科卢那港。此时，女王和议员们都决心冒险一战，大家全力支持英国海军。
　　1588年7月7日，霍华德和德雷克率领90艘战舰，驶离普利茅斯港，向比斯开湾进发，当他们接近西班牙北海岸时，风向转为西南，将他们又吹了回来。
　　强劲的西南风在把英国舰队送回普利茅斯的同时，也推动着离开科卢那港的无敌舰队，一步步向英国进发，向英吉利海峡驶来。庞大的无敌舰队排成一个7海里宽的新月形队列，实力最强的巨舰，排在两翼，较小的舰船，行驶在中间，阵势极为壮观。无敌舰队的任务，，是沿英吉利海峡北上，与尼德兰总督帕尔马公爵的军队会师，然后合兵进攻英国。而英国舰队的使命是，阻止两支西班牙军队的会师，并阻止其建立作战基地的企图。

　　7月19日，无敌舰队逼近普利茅斯港。无敌舰队统帅西多内亚，发现英国舰队都集中在普利茅斯港内，于是他和部将商议，打算把英舰队堵在港内，来一个翁中捉鳖，一举全歼。英国人发现了发现无敌舰队的企图后，当即有65艘英国战舰冲出普利茅斯港，逆风航行，迅速绕到无敌舰队的侧后方，占据了上风向。这是英国人出色的航海技能和英国快舰的速度起了作用。航速缓慢的西班牙舰队，只好眼睁睁看着英舰突破围堵。无敌舰队只好放弃围堵，折向东北，按原计划，去和尼德兰的帕尔马公爵的军队会师。

　　英国舰队在后紧紧追击，德雷克冲锋在前，发动攻击。霍金斯和弗洛比歇压阵。英国战舰采用了日后被称为“战列线战术”的全新海战战术，以纵列向无敌舰队逼近，依次从西班牙队列旁驶过，英国快舰一侧舷炮齐发，然后迅速掉转头来，再发射另一侧舷炮，这样周而复始，不间断地炮轰无敌舰队。西班牙两翼的战舰则以一侧舷炮和尾炮进行还击，但由于西班牙火炮射程短，而英国战舰目标小、速度快，西班牙人很难命中英舰。西班牙军舰速度慢，只有眼睁睁看着英舰快速掠阵，而自己则被动挨打。经过一天的激战，西班牙两翼的战舰创伤累累，人员伤亡数百，但是，西班牙巨舰非常坚固，虽累累中炮，却无一击沉。

　　西班牙无敌舰队继续缓慢地向尼德兰前进，而英国舰队每天以相同的方式尾随攻击，迫使西班牙人错过一个又一个能够登陆英国的地点。但是，英国舰队始终不能冲散西班牙舰队的阵形。就这样经过8天相持不下的航行，无敌舰队来到法国加来外海。这时，西班牙入侵计划中最大的疏忽出现了，无敌舰队大多数战舰体形庞大，吃水太深，只有停靠深水港，而离无敌舰队最近的深水港弗拉辛，却在荷兰人和英国人的手里，无敌舰队无法靠近尼德兰海岸。